Basic Information:

  VIRBase ID:  

HHID00073034

  Virus:  

Human gammaherpesvirus 4 (Epstein-Barr virus, EPV)

  Host:  

Homo sapiens

  Confidence Score:  

0.4752

  Interaction Type:  

Host-Host interaction

  Predicted Binding:

 

      hsa-miR-3609:  MIMAT0017986          ATP6V0E1:  NM_003945     

      *It may take a few minutes to display results.

Interactor Information:

	Interactor1	Interactor2
Symbol	hsa-miR-3609	ATP6V0E1
miRBase Accession/Entrez ID	MIMAT0017986	8992
Organism	Homo sapiens	Homo sapiens
Category	miRNA	mRNA
Alias	-	ATP6H//ATP6V0E//M9.2//Vma21//Vma21p

ncRNA SNP information:

Resource	Symbol	SNP ID	SNP Position	Ref/Alt
miRNASNP-v3	hsa-miR-3609	rs1201010739 chr7:98881721    C/A rs1379314154 chr7:98881711    G/T rs1433840969 chr7:98881723    G/A rs1360895354 chr7:98881703    A/C rs955400524 chr7:98881707    A/G rs955400524 chr7:98881707    A/T

RNA Editing:

Resource	Symbol	Editing Position	Change	Genetic Region
RADAR	ATP6V0E1	chr5:172460011(+) A-I      intronic chr5:172460191(+) A-I      intronic chr5:172452736(+) A-I      intronic chr5:172452722(+) A-I      intronic chr5:172452698(+) A-I      intronic chr5:172452664(+) A-I      intronic chr5:172452615(+) A-I      intronic chr5:172452598(+) A-I      intronic chr5:172452357(+) A-I      intronic chr5:172452225(+) A-I      intronic chr5:172451126(+) A-I      intronic chr5:172451122(+) A-I      intronic chr5:172451020(+) A-I      intronic chr5:172450705(+) A-I      intronic chr5:172450695(+) A-I      intronic chr5:172450461(+) A-I      intronic chr5:172450419(+) A-I      intronic chr5:172450322(+) A-I      intronic chr5:172450070(+) A-I      intronic chr5:172449546(+) A-I      intronic chr5:172448947(+) A-I      intronic chr5:172448940(+) A-I      intronic chr5:172446212(+) A-I      intronic chr5:172446140(+) A-I      intronic chr5:172445982(+) A-I      intronic chr5:172444750(+) A-I      intronic chr5:172444724(+) A-I      intronic chr5:172444366(+) A-I      intronic chr5:172444322(+) A-I      intronic chr5:172444287(+) A-I      intronic chr5:172442823(+) A-I      intronic chr5:172442779(+) A-I      intronic chr5:172441183(+) A-I      intronic chr5:172441005(+) A-I      intronic chr5:172441002(+) A-I      intronic chr5:172439702(+) A-I      intronic chr5:172439678(+) A-I      intronic chr5:172439653(+) A-I      intronic chr5:172439646(+) A-I      intronic chr5:172439580(+) A-I      intronic chr5:172439579(+) A-I      intronic chr5:172439218(+) A-I      intronic chr5:172437039(+) A-I      intronic chr5:172436987(+) A-I      intronic chr5:172436932(+) A-I      intronic chr5:172436912(+) A-I      intronic chr5:172436896(+) A-I      intronic chr5:172436828(+) A-I      intronic chr5:172436109(+) A-I      intronic chr5:172429758(+) A-I      intronic chr5:172429736(+) A-I      intronic chr5:172427893(+) A-I      intronic chr5:172427888(+) A-I      intronic chr5:172427804(+) A-I      intronic chr5:172427773(+) A-I      intronic chr5:172426544(+) A-I      intronic chr5:172426508(+) A-I      intronic chr5:172426456(+) A-I      intronic chr5:172426426(+) A-I      intronic chr5:172426059(+) A-I      intronic chr5:172426032(+) A-I      intronic chr5:172425964(+) A-I      intronic chr5:172424593(+) A-I      intronic chr5:172424535(+) A-I      intronic chr5:172422763(+) A-I      intronic chr5:172422305(+) A-I      intronic chr5:172420834(+) A-I      intronic chr5:172420794(+) A-I      intronic chr5:172420458(+) A-I      intronic chr5:172420435(+) A-I      intronic chr5:172420430(+) A-I      intronic chr5:172420389(+) A-I      intronic chr5:172420361(+) A-I      intronic chr5:172420359(+) A-I      intronic chr5:172420356(+) A-I      intronic chr5:172420283(+) A-I      intronic chr5:172419942(+) A-I      intronic chr5:172418015(+) A-I      intronic chr5:172417927(+) A-I      intronic chr5:172417914(+) A-I      intronic chr5:172416607(+) A-I      intronic chr5:172416283(+) A-I      intronic chr5:172416200(+) A-I      intronic chr5:172414868(+) A-I      intronic chr5:172414416(+) A-I      intronic chr5:172414404(+) A-I      intronic chr5:172414051(+) A-I      intronic chr5:172413401(+) A-I      intronic chr5:172441066(+) A-I      intronic chr5:172441060(+) A-I      intronic chr5:172458619(+) A-I      intronic chr5:172460337(+) A-I      intronic chr5:172439985(+) A-I      intronic chr5:172460222(+) A-I      intronic chr5:172420839(+) A-I      intronic chr5:172420829(+) A-I      intronic chr5:172420815(+) A-I      intronic chr5:172420799(+) A-I      intronic chr5:172420789(+) A-I      intronic chr5:172420780(+) A-I      intronic chr5:172414817(+) A-I      intronic chr5:172414809(+) A-I      intronic chr5:172414804(+) A-I      intronic chr5:172460192(+) A-I      intronic chr5:172460024(+) A-I      intronic chr5:172459995(+) A-I      intronic chr5:172459984(+) A-I      intronic chr5:172459948(+) A-I      intronic chr5:172459884(+) A-I      intronic chr5:172459862(+) A-I      intronic chr5:172459555(+) A-I      intronic chr5:172459529(+) A-I      intronic chr5:172459503(+) A-I      intronic chr5:172459479(+) A-I      intronic chr5:172459147(+) A-I      intronic chr5:172459146(+) A-I      intronic chr5:172422207(+) A-I      intronic chr5:172459028(+) A-I      intronic chr5:172459006(+) A-I      intronic chr5:172459004(+) A-I      intronic chr5:172458675(+) A-I      intronic chr5:172458639(+) A-I      intronic chr5:172458638(+) A-I      intronic chr5:172458352(+) A-I      intronic chr5:172458330(+) A-I      intronic chr5:172458322(+) A-I      intronic chr5:172458287(+) A-I      intronic chr5:172457838(+) A-I      intronic chr5:172454416(+) A-I      intronic chr5:172454414(+) A-I      intronic chr5:172454411(+) A-I      intronic chr5:172454348(+) A-I      intronic chr5:172453219(+) A-I      intronic chr5:172448832(+) A-I      intronic chr5:172448876(+) A-I      intronic chr5:172448887(+) A-I      intronic chr5:172448888(+) A-I      intronic chr5:172448891(+) A-I      intronic chr5:172449735(+) A-I      intronic chr5:172449736(+) A-I      intronic chr5:172449753(+) A-I      intronic chr5:172459850(+) A-I      intronic chr5:172459018(+) A-I      intronic chr5:172439224(+) A-I      intronic chr5:172454103(+) A-I      intronic chr5:172422281(+) A-I      intronic chr5:172446437(+) A-I      intronic chr5:172420333(+) A-I      intronic chr5:172449513(+) A-I      intronic chr5:172438426(+) A-I      intronic chr5:172459871(+) A-I      intronic chr5:172459036(+) A-I      intronic chr5:172440323(+) A-I      intronic chr5:172460700(+) A-I      intronic chr5:172420063(+) A-I      intronic chr5:172460019(+) A-I      intronic chr5:172450576(+) A-I      intronic chr5:172440899(+) A-I      intronic chr5:172449688(+) A-I      intronic chr5:172441015(+) A-I      intronic chr5:172426598(+) A-I      intronic chr5:172452610(+) A-I      intronic chr5:172460174(+) A-I      intronic chr5:172439650(+) A-I      intronic chr5:172414950(+) A-I      intronic chr5:172425467(+) A-I      intronic chr5:172460005(+) A-I      intronic chr5:172449698(+) A-I      intronic chr5:172416214(+) A-I      intronic chr5:172460772(+) A-I      intronic chr5:172450697(+) A-I      intronic chr5:172451036(+) A-I      intronic chr5:172453132(+) A-I      intronic chr5:172458271(+) A-I      intronic chr5:172454390(+) A-I      intronic chr5:172460161(+) A-I      intronic chr5:172451107(+) A-I      intronic chr5:172459872(+) A-I      intronic chr5:172422711(+) A-I      intronic chr5:172459075(+) A-I      intronic chr5:172417629(+) A-I      intronic chr5:172458658(+) A-I      intronic chr5:172451021(+) A-I      intronic chr5:172459458(+) A-I      intronic chr5:172419859(+) A-I      intronic chr5:172422885(+) A-I      intronic chr5:172422642(+) A-I      intronic chr5:172460726(+) A-I      intronic chr5:172437027(+) A-I      intronic chr5:172425408(+) A-I      intronic chr5:172460643(+) A-I      intronic chr5:172435469(+) A-I      intronic chr5:172449587(+) A-I      intronic chr5:172460340(+) A-I      intronic chr5:172460063(+) A-I      intronic chr5:172457816(+) A-I      intronic chr5:172450805(+) A-I      intronic chr5:172436082(+) A-I      intronic chr5:172420373(+) A-I      intronic chr5:172451022(+) A-I      intronic chr5:172458621(+) A-I      intronic chr5:172449938(+) A-I      intronic chr5:172442951(+) A-I      intronic chr5:172460132(+) A-I      intronic chr5:172454088(+) A-I      intronic chr5:172458361(+) A-I      intronic chr5:172443001(+) A-I      intronic chr5:172446225(+) A-I      intronic chr5:172419820(+) A-I      intronic chr5:172445990(+) A-I      intronic chr5:172422646(+) A-I      intronic chr5:172414905(+) A-I      intronic chr5:172457583(+) A-I      intronic chr5:172413575(+) A-I      intronic chr5:172422879(+) A-I      intronic chr5:172416317(+) A-I      intronic chr5:172450741(+) A-I      intronic chr5:172459477(+) A-I      intronic chr5:172424695(+) A-I      intronic chr5:172426444(+) A-I      intronic chr5:172439637(+) A-I      intronic chr5:172457993(+) A-I      intronic chr5:172459866(+) A-I      intronic chr5:172459371(+) A-I      intronic chr5:172449505(+) A-I      intronic chr5:172460651(+) A-I      intronic chr5:172459917(+) A-I      intronic chr5:172452904(+) A-I      intronic chr5:172416134(+) A-I      intronic chr5:172449781(+) A-I      intronic chr5:172459921(+) A-I      intronic chr5:172459360(+) A-I      intronic chr5:172420328(+) A-I      intronic chr5:172449522(+) A-I      intronic chr5:172422814(+) A-I      intronic chr5:172429762(+) A-I      intronic chr5:172459026(+) A-I      intronic chr5:172450692(+) A-I      intronic chr5:172422747(+) A-I      intronic chr5:172457778(+) A-I      intronic chr5:172452265(+) A-I      intronic chr5:172452721(+) A-I      intronic chr5:172460234(+) A-I      intronic chr5:172454351(+) A-I      intronic chr5:172419901(+) A-I      intronic chr5:172425409(+) A-I      intronic chr5:172448917(+) A-I      intronic chr5:172459409(+) A-I      intronic chr5:172459556(+) A-I      intronic chr5:172439207(+) A-I      intronic chr5:172459100(+) A-I      intronic chr5:172444747(+) A-I      intronic chr5:172419315(+) A-I      intronic chr5:172458923(+) A-I      intronic chr5:172414426(+) A-I      intronic chr5:172425493(+) A-I      intronic chr5:172413511(+) A-I      intronic chr5:172459978(+) A-I      intronic chr5:172439920(+) A-I      intronic chr5:172437026(+) A-I      intronic chr5:172420005(+) A-I      intronic chr5:172459001(+) A-I      intronic chr5:172440066(+) A-I      intronic chr5:172426024(+) A-I      intronic chr5:172413988(+) A-I      intronic chr5:172415831(+) A-I      intronic chr5:172422822(+) A-I      intronic chr5:172419940(+) A-I      intronic chr5:172452575(+) A-I      intronic chr5:172452277(+) A-I      intronic chr5:172439651(+) A-I      intronic chr5:172442929(+) A-I      intronic chr5:172460591(+) A-I      intronic chr5:172460696(+) A-I      intronic chr5:172460328(+) A-I      intronic chr5:172459431(+) A-I      intronic chr5:172422757(+) A-I      intronic chr5:172439572(+) A-I      intronic chr5:172440083(+) A-I      intronic chr5:172417599(+) A-I      intronic chr5:172460217(+) A-I      intronic chr5:172413865(+) A-I      intronic chr5:172423415(+) A-I      intronic chr5:172460267(+) A-I      intronic chr5:172446069(+) A-I      intronic chr5:172444662(+) A-I      intronic chr5:172459952(+) A-I      intronic chr5:172415770(+) A-I      intronic chr5:172435433(+) A-I      intronic chr5:172453025(+) A-I      intronic chr5:172454024(+) A-I      intronic chr5:172442964(+) A-I      intronic chr5:172426500(+) A-I      intronic chr5:172417024(+) A-I      intronic chr5:172427816(+) A-I      intronic chr5:172452314(+) A-I      intronic chr5:172420000(+) A-I      intronic chr5:172420753(+) A-I      intronic chr5:172458961(+) A-I      intronic chr5:172459494(+) A-I      intronic chr5:172422131(+) A-I      intronic chr5:172457708(+) A-I      intronic chr5:172446086(+) A-I      intronic chr5:172420813(+) A-I      intronic chr5:172451011(+) A-I      intronic chr5:172452673(+) A-I      intronic chr5:172460788(+) A-I      intronic chr5:172450701(+) A-I      intronic chr5:172459528(+) A-I      intronic chr5:172460269(+) A-I      intronic chr5:172413497(+) A-I      intronic chr5:172416236(+) A-I      intronic chr5:172450615(+) A-I      intronic chr5:172450798(+) A-I      intronic chr5:172460190(+) A-I      intronic chr5:172442963(+) A-I      intronic chr5:172425042(+) A-I      intronic chr5:172449536(+) A-I      intronic chr5:172441044(+) A-I      intronic chr5:172446099(+) A-I      intronic chr5:172414984(+) A-I      intronic chr5:172414810(+) A-I      intronic chr5:172425978(+) A-I      intronic chr5:172429714(+) A-I      intronic chr5:172413895(+) A-I      intronic chr5:172416262(+) A-I      intronic chr5:172436676(+) A-I      intronic chr5:172438310(+) A-I      intronic chr5:172459867(+) A-I      intronic chr5:172450593(+) A-I      intronic chr5:172459844(+) A-I      intronic chr5:172459491(+) A-I      intronic chr5:172449547(+) A-I      intronic chr5:172460027(+) A-I      intronic chr5:172459457(+) A-I      intronic chr5:172419895(+) A-I      intronic chr5:172420401(+) A-I      intronic chr5:172452313(+) A-I      intronic chr5:172438293(+) A-I      intronic chr5:172422644(+) A-I      intronic chr5:172414756(+) A-I      intronic chr5:172459903(+) A-I      intronic chr5:172419316(+) A-I      intronic chr5:172460205(+) A-I      intronic chr5:172425564(+) A-I      intronic chr5:172450082(+) A-I      intronic chr5:172452701(+) A-I      intronic chr5:172413576(+) A-I      intronic chr5:172413932(+) A-I      intronic chr5:172457524(+) A-I      intronic chr5:172435516(+) A-I      intronic chr5:172414428(+) A-I      intronic

Resource	Symbol	Editing Position	Change	SeqReg	exReg	PMID
DARNED	ATP6V0E1	chr5:172449508(+) A-I intron -    22327324 chr5:172413380(+) A-G intron -    22484847 chr5:172413479(+) A-G intron -    22484847 chr5:172413497(+) A-G intron -    22484847 chr5:172413499(+) A-G intron -    22484847 chr5:172413575(+) A-G intron -    22484847 chr5:172413895(+) A-G intron -    22484847 chr5:172413932(+) A-G intron -    22484847 chr5:172413988(+) A-G intron -    22484847 chr5:172414361(+) A-G intron -    22484847 chr5:172414756(+) A-G intron -    22484847 chr5:172414810(+) A-G intron -    22484847 chr5:172414850(+) A-G intron -    22484847 chr5:172414984(+) A-G intron -    22484847 chr5:172419820(+) A-G intron -    22484847 chr5:172419859(+) A-G intron -    22484847 chr5:172419894(+) A-G intron -    22484847 chr5:172419895(+) A-G intron -    22484847 chr5:172419901(+) A-G intron -    22484847 chr5:172419940(+) A-G intron -    22484847 chr5:172420000(+) A-G intron -    22484847 chr5:172420005(+) A-G intron -    22484847 chr5:172420328(+) A-G intron -    22484847 chr5:172420333(+) A-G intron -    22484847 chr5:172420362(+) A-G intron -    22484847 chr5:172420451(+) A-G intron -    22484847 chr5:172422131(+) A-G intron -    22484847 chr5:172422176(+) A-G intron -    22484847 chr5:172422642(+) A-G intron -    22484847 chr5:172422644(+) A-G intron -    22484847 chr5:172422646(+) A-G intron -    22484847 chr5:172422711(+) A-G intron -    22484847 chr5:172422717(+) A-G intron -    22484847 chr5:172422747(+) A-G intron -    22484847 chr5:172422885(+) A-G intron -    22484847 chr5:172425042(+) A-G intron -    22484847 chr5:172425467(+) A-G intron -    22484847 chr5:172425493(+) A-G intron -    22484847 chr5:172425918(+) C-G intron -    22484847 chr5:172426016(+) A-G intron -    22484847 chr5:172426018(+) A-G intron -    22484847 chr5:172426019(+) A-G intron -    22484847 chr5:172426024(+) A-G intron -    22484847 chr5:172426430(+) A-G intron -    22484847 chr5:172426431(+) A-G intron -    22484847 chr5:172426444(+) A-G intron -    22484847 chr5:172426598(+) A-G intron -    22484847 chr5:172427816(+) A-G intron -    22484847 chr5:172429714(+) A-G intron -    22484847 chr5:172429753(+) A-G intron -    22484847 chr5:172429762(+) A-G intron -    22484847 chr5:172435835(+) A-G intron -    22484847 chr5:172436168(+) A-G intron -    22484847 chr5:172436568(+) A-G intron -    22484847 chr5:172436676(+) A-G intron -    22484847 chr5:172436732(+) G-A intron -    22484847 chr5:172439637(+) A-G intron -    22484847 chr5:172439650(+) A-G intron -    22484847 chr5:172439651(+) A-G intron -    22484847 chr5:172442778(+) A-G intron -    22484847 chr5:172442929(+) A-G intron -    22484847 chr5:172442964(+) A-G intron -    22484847 chr5:172445990(+) A-G intron -    22484847 chr5:172446099(+) A-G intron -    22484847 chr5:172446304(+) A-G intron -    22484847 chr5:172446437(+) A-G intron -    22484847 chr5:172449505(+) A-G intron -    22484847 chr5:172449508(+) A-G intron -    22484847 chr5:172449513(+) A-G intron -    22484847 chr5:172449536(+) A-G intron -    22484847 chr5:172449544(+) A-G intron -    22484847 chr5:172449547(+) A-G intron -    22484847 chr5:172449609(+) A-G intron -    22484847 chr5:172449688(+) A-G intron -    22484847 chr5:172449698(+) A-G intron -    22484847 chr5:172450593(+) A-G intron -    22484847 chr5:172450615(+) A-G intron -    22484847 chr5:172450683(+) A-G intron -    22484847 chr5:172450701(+) A-G intron -    22484847 chr5:172450727(+) A-G intron -    22484847 chr5:172450797(+) A-G intron -    22484847 chr5:172450798(+) A-G intron -    22484847 chr5:172450805(+) A-G intron -    22484847 chr5:172451022(+) A-G intron -    22484847 chr5:172452424(+) A-G intron -    22484847 chr5:172452575(+) A-G intron -    22484847 chr5:172452610(+) A-G intron -    22484847 chr5:172452701(+) A-G intron -    22484847 chr5:172452721(+) A-G intron -    22484847 chr5:172453132(+) A-G intron -    22484847 chr5:172454088(+) A-G intron -    22484847 chr5:172457524(+) A-G intron -    22484847 chr5:172458361(+) A-G intron -    22484847 chr5:172458605(+) A-G intron -    22484847 chr5:172459036(+) A-G intron -    22484847 chr5:172459360(+) A-G intron -    22484847 chr5:172459409(+) A-G intron -    22484847 chr5:172459437(+) A-G intron -    22484847 chr5:172459457(+) A-G intron -    22484847 chr5:172459477(+) A-G intron -    22484847 chr5:172459494(+) A-G intron -    22484847 chr5:172459528(+) A-G intron -    22484847 chr5:172459556(+) A-G intron -    22484847 chr5:172459845(+) A-G intron -    22484847 chr5:172459866(+) A-G intron -    22484847 chr5:172459867(+) A-G intron -    22484847 chr5:172459871(+) A-G intron -    22484847 chr5:172459872(+) A-G intron -    22484847 chr5:172459976(+) A-G intron -    22484847 chr5:172459978(+) A-G intron -    22484847 chr5:172460005(+) A-G intron -    22484847 chr5:172460009(+) A-G intron -    22484847 chr5:172460019(+) A-G intron -    22484847 chr5:172460132(+) A-G intron -    22484847 chr5:172460217(+) A-G intron -    22484847 chr5:172460772(+) A-G intron -    22484847 chr5:172460872(+) C-A intron -    22484847

RNA Modification:

Resource	Symbol	ModificationPosition	Type	Genomic Context	PMID
RMBase	ATP6V0E1	chr5:172447282-172447283(+) m6A CDS//intron       27773535 chr5:172447301-172447302(+) m6A CDS//intron       27773535 chr5:172447342-172447343(+) m6A 3'UTR//intron       27773535 chr5:172447487-172447488(+) m6A 3'UTR//intron       24284625//24209618 chr5:172447518-172447519(+) m6A 3'UTR//intron       24284625//24209618 chr5:172461444-172461445(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//24981863//26404942//22608085 chr5:172461449-172461450(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//24981863//26404942//27773535//22575960//22608085 chr5:172461589-172461590(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//24981863//26404942//27773535//22575960//22608085 chr5:172461671-172461672(+) Y 3'UTR       25219674 chr5:172461735-172461736(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//25456834//24981863//26404942//27773535//22575960//22608085 chr5:172461746-172461747(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//25456834//24981863//27773535//22575960//22608085 chr5:172461755-172461756(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//25456834//24981863//27773535//22575960//22608085 chr5:172461823-172461824(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//25456834//24981863//27773535//22575960//22608085

RNA Localization:

Resource	Symbol	Subcellular Localization	Tissue or Cell Line	PMID
RNALocate	hsa-miR-3609	Exosome Breast milk|Cell lines|Epididymal epithelial cells|Osteoblast|Plasma|Primary glioblastoma neurosphere cells|Primary keratinocyte|Saliva|Serum|Urine     - Microvesicle Colon cancer cell line (LIM1863)     -
	ATP6V0E1	Chromatin K562 cells     - Endoplasmic reticulum Human myelogenous leukemia cell line (K-562)     21613539 Exosome Blood     - Nucleoplasm K562 cells     - Nucleus HeLa-S3 cells     - Ribosome Colon cancer cells     24393600

Interaction Network (The top 100 interactions):

Interactor1: hsa-miR-3609
Interactor2: ATP6V0E1

Evidence Support:

Weak-Evidence	PAR-CLIP
Support Database	ViRBase

References:

PMID	22291592	Target region	3'UTR
Source	ViRBase	Interactor1 expression	None
Tissue or cell line	EF3D-AGO2 cells//LCL35 cells//LCL-BAC cells//LCL-BAC-D1 cells//LCL-BAC-D3 cells	Interactor2 expression	None
Description	We identified 7, 827 miRNA-interaction sites in 3, 492 cellular 3'UTRs. 531 of these sites contained seed matches to viral miRNAs.Table S6: High confidence miRNA-interaction sites in 3'UTRs.