Basic Information:

  VIRBase ID:  

HHID00072300

  Virus:  

Human gammaherpesvirus 4 (Epstein-Barr virus, EPV)

  Host:  

Homo sapiens

  Confidence Score:  

0.4752

  Interaction Type:  

Host-Host interaction

  Predicted Binding:

 

      hsa-miR-3150a-3p:  MIMAT0015023          RAC1:  NM_006908     

      *It may take a few minutes to display results.

Interactor Information:

	Interactor1	Interactor2
Symbol	hsa-miR-3150a-3p	RAC1
miRBase Accession/Entrez ID	MIMAT0015023	5879
Organism	Homo sapiens	Homo sapiens
Category	miRNA	mRNA
Alias	-	MIG5//MRD48//p21-Rac1//Rac-1//TC-25

ncRNA SNP information:

Resource	Symbol	SNP ID	SNP Position	Ref/Alt
miRNASNP-v3	hsa-miR-3150a-3p	rs1005806635 chr8:95072962    C/CT rs372692847 chr8:95072962    C/T

RNA Editing:

Resource	Symbol	Editing Position	Change	Genetic Region
RADAR	RAC1	chr7:6422449(+) A-I      intronic chr7:6422424(+) A-I      intronic chr7:6422406(+) A-I      intronic chr7:6422393(+) A-I      intronic chr7:6422316(+) A-I      intronic chr7:6422315(+) A-I      intronic chr7:6421742(+) A-I      intronic chr7:6428101(+) A-I      intronic chr7:6427373(+) A-I      intronic chr7:6427271(+) A-I      intronic chr7:6427268(+) A-I      intronic chr7:6427206(+) A-I      intronic chr7:6427196(+) A-I      intronic chr7:6427117(+) A-I      intronic chr7:6421711(+) A-I      intronic chr7:6426311(+) A-I      intronic chr7:6418872(+) A-I      intronic chr7:6426304(+) A-I      intronic chr7:6421684(+) A-I      intronic chr7:6421288(+) A-I      intronic chr7:6421223(+) A-I      intronic chr7:6421158(+) A-I      intronic chr7:6426300(+) A-I      intronic chr7:6426203(+) A-I      intronic chr7:6421141(+) A-I      intronic chr7:6421127(+) A-I      intronic chr7:6421117(+) A-I      intronic chr7:6421048(+) A-I      intronic chr7:6419221(+) A-I      intronic chr7:6419133(+) A-I      intronic chr7:6419087(+) A-I      intronic chr7:6419023(+) A-I      intronic chr7:6426158(+) A-I      intronic chr7:6418833(+) A-I      intronic chr7:6418832(+) A-I      intronic chr7:6418701(+) A-I      intronic chr7:6418601(+) A-I      intronic chr7:6418464(+) A-I      intronic chr7:6417999(+) A-I      intronic chr7:6417998(+) A-I      intronic chr7:6417448(+) A-I      intronic chr7:6417442(+) A-I      intronic chr7:6417429(+) A-I      intronic chr7:6421807(+) A-I      intronic chr7:6424705(+) A-I      intronic chr7:6424699(+) A-I      intronic chr7:6415647(+) A-I      intronic chr7:6424671(+) A-I      intronic chr7:6436817(+) A-I      intronic chr7:6424457(+) A-I      intronic chr7:6434615(+) A-I      intronic chr7:6434643(+) A-I      intronic chr7:6434648(+) A-I      intronic chr7:6436708(+) A-I      intronic chr7:6436714(+) A-I      intronic chr7:6436757(+) A-I      intronic chr7:6436774(+) A-I      intronic chr7:6436783(+) A-I      intronic chr7:6424455(+) A-I      intronic chr7:6419126(+) A-I      intronic chr7:6421809(+) A-I      intronic chr7:6421847(+) A-I      intronic chr7:6422284(+) A-I      intronic chr7:6422338(+) A-I      intronic chr7:6429296(+) A-I      intronic chr7:6437029(+) A-I      intronic chr7:6437042(+) A-I      intronic chr7:6437066(+) A-I      intronic chr7:6437077(+) A-I      intronic chr7:6437163(+) A-I      intronic chr7:6437184(+) A-I      intronic chr7:6437185(+) A-I      intronic chr7:6437198(+) A-I      intronic chr7:6434611(+) A-I      intronic chr7:6430156(+) A-I      intronic chr7:6430124(+) A-I      intronic chr7:6430111(+) A-I      intronic chr7:6430110(+) A-I      intronic chr7:6428783(+) A-I      intronic chr7:6437385(+) A-I      intronic chr7:6437409(+) A-I      intronic chr7:6437432(+) A-I      intronic chr7:6437442(+) A-I      intronic chr7:6437443(+) A-I      intronic chr7:6437454(+) A-I      intronic chr7:6437459(+) A-I      intronic chr7:6437473(+) A-I      intronic chr7:6437509(+) A-I      intronic chr7:6437526(+) A-I      intronic chr7:6437540(+) A-I      intronic chr7:6437541(+) A-I      intronic chr7:6437545(+) A-I      intronic chr7:6437552(+) A-I      intronic chr7:6437565(+) A-I      intronic chr7:6437572(+) A-I      intronic chr7:6437577(+) A-I      intronic chr7:6437607(+) A-I      intronic chr7:6428782(+) A-I      intronic chr7:6428762(+) A-I      intronic chr7:6428686(+) A-I      intronic chr7:6428631(+) A-I      intronic chr7:6422279(+) A-I      intronic chr7:6437466(+) A-I      intronic chr7:6416098(+) A-I      intronic chr7:6428568(+) A-I      intronic chr7:6429155(+) A-I      intronic chr7:6436725(+) A-I      intronic chr7:6437167(+) A-I      intronic chr7:6418542(+) A-I      intronic chr7:6417064(+) A-I      intronic chr7:6436751(+) A-I      intronic chr7:6429419(+) A-I      intronic chr7:6429971(+) A-I      intronic chr7:6418574(+) A-I      intronic chr7:6427193(+) A-I      intronic chr7:6436781(+) A-I      intronic chr7:6418671(+) A-I      intronic chr7:6436406(+) A-I      intronic chr7:6429360(+) A-I      intronic chr7:6436511(+) A-I      intronic chr7:6429790(+) A-I      intronic chr7:6422429(+) A-I      intronic chr7:6421123(+) A-I      intronic chr7:6422389(+) A-I      intronic chr7:6428002(+) A-I      intronic chr7:6428671(+) A-I      intronic chr7:6417023(+) A-I      intronic chr7:6436709(+) A-I      intronic chr7:6437109(+) A-I      intronic chr7:6430055(+) A-I      intronic chr7:6436574(+) A-I      intronic chr7:6417088(+) A-I      intronic chr7:6428051(+) A-I      intronic chr7:6428076(+) A-I      intronic chr7:6419171(+) A-I      intronic chr7:6422336(+) A-I      intronic chr7:6436735(+) A-I      intronic chr7:6436987(+) A-I      intronic chr7:6419035(+) A-I      intronic chr7:6429978(+) A-I      intronic chr7:6430719(+) A-I      intronic chr7:6424536(+) A-I      intronic chr7:6424571(+) A-I      intronic chr7:6428046(+) A-I      intronic chr7:6419315(+) A-I      intronic chr7:6426251(+) A-I      intronic chr7:6418490(+) A-I      intronic chr7:6437499(+) A-I      intronic chr7:6434334(+) A-I      intronic chr7:6430654(+) A-I      intronic chr7:6421206(+) A-I      intronic chr7:6422453(+) A-I      intronic chr7:6429977(+) A-I      intronic chr7:6421294(+) A-I      intronic chr7:6426252(+) A-I      intronic chr7:6424562(+) A-I      intronic chr7:6430712(+) A-I      intronic chr7:6421848(+) A-I      intronic chr7:6418543(+) A-I      intronic chr7:6437521(+) A-I      intronic chr7:6434429(+) A-I      intronic chr7:6419180(+) A-I      intronic chr7:6437458(+) A-I      intronic chr7:6416089(+) A-I      intronic chr7:6436854(+) A-I      intronic chr7:6429135(+) A-I      intronic chr7:6419222(+) A-I      intronic chr7:6422357(+) A-I      intronic chr7:6422383(+) A-I      intronic chr7:6427277(+) A-I      intronic chr7:6419124(+) A-I      intronic chr7:6428726(+) A-I      intronic chr7:6424554(+) A-I      intronic chr7:6419005(+) A-I      intronic chr7:6430628(+) A-I      intronic chr7:6437522(+) A-I      intronic chr7:6437410(+) A-I      intronic chr7:6430803(+) A-I      intronic chr7:6419263(+) A-I      intronic chr7:6430709(+) A-I      intronic chr7:6437054(+) A-I      intronic chr7:6436990(+) A-I      intronic chr7:6437090(+) A-I      intronic chr7:6422448(+) A-I      intronic chr7:6428115(+) A-I      intronic chr7:6436716(+) A-I      intronic chr7:6417008(+) A-I      intronic chr7:6428712(+) A-I      intronic chr7:6436694(+) A-I      intronic chr7:6419006(+) A-I      intronic chr7:6427235(+) A-I      intronic chr7:6426253(+) A-I      intronic chr7:6428674(+) A-I      intronic chr7:6427311(+) A-I      intronic chr7:6430021(+) A-I      intronic chr7:6419085(+) A-I      intronic chr7:6436510(+) A-I      intronic chr7:6427213(+) A-I      intronic chr7:6436989(+) A-I      intronic chr7:6419109(+) A-I      intronic chr7:6436822(+) A-I      intronic chr7:6422436(+) A-I      intronic chr7:6428077(+) A-I      intronic chr7:6436705(+) A-I      intronic chr7:6436965(+) A-I      intronic chr7:6436612(+) A-I      intronic chr7:6419070(+) A-I      intronic chr7:6436504(+) A-I      intronic chr7:6429101(+) A-I      intronic chr7:6417126(+) A-I      intronic chr7:6418600(+) A-I      intronic chr7:6426163(+) A-I      intronic chr7:6437604(+) A-I      intronic chr7:6437363(+) A-I      intronic chr7:6428577(+) A-I      intronic chr7:6429392(+) A-I      intronic chr7:6427145(+) A-I      intronic chr7:6428672(+) A-I      intronic chr7:6422308(+) A-I      intronic chr7:6422416(+) A-I      intronic

Resource	Symbol	Editing Position	Change	SeqReg	exReg	PMID
DARNED	RAC1	chr7:6421724(+) A-I intron -    21960545 chr7:6424571(+) A-I intron -    21960545 chr7:6429342(+) A-I intron -    21960545 chr7:6429596(+) C-T intron -    22484847 chr7:6429597(+) C-T intron -    22484847 chr7:6418490(+) A-G intron -    22484847 chr7:6418543(+) A-G intron -    22484847 chr7:6418574(+) A-G intron -    22484847 chr7:6418610(+) A-G intron -    22484847 chr7:6421123(+) A-G intron -    22484847 chr7:6421724(+) A-G intron -    22484847 chr7:6422279(+) A-G intron -    22484847 chr7:6422308(+) A-G intron -    22484847 chr7:6422383(+) A-G intron -    22484847 chr7:6422389(+) A-G intron -    22484847 chr7:6422416(+) A-G intron -    22484847 chr7:6422448(+) A-G intron -    22484847 chr7:6423533(+) A-G intron -    22484847 chr7:6424536(+) A-G intron -    22484847 chr7:6424554(+) A-G intron -    22484847 chr7:6424562(+) A-G intron -    22484847 chr7:6424563(+) A-G intron -    22484847 chr7:6424571(+) A-G intron -    22484847 chr7:6424589(+) G-A intron -    22484847 chr7:6426436(+) G-A intron -    22484847 chr7:6427213(+) A-G intron -    22484847 chr7:6428046(+) A-G intron -    22484847 chr7:6428076(+) A-G intron -    22484847 chr7:6428077(+) A-G intron -    22484847 chr7:6428115(+) A-G intron -    22484847 chr7:6428568(+) A-G intron -    22484847 chr7:6428674(+) A-G intron -    22484847 chr7:6429431(+) A-G intron -    22484847 chr7:6429971(+) A-G intron -    22484847 chr7:6429977(+) A-G intron -    22484847 chr7:6429978(+) A-G intron -    22484847 chr7:6430075(+) A-G intron -    22484847 chr7:6430654(+) A-G intron -    22484847 chr7:6436751(+) A-G intron -    22484847 chr7:6436987(+) A-G intron -    22484847 chr7:6436989(+) A-G intron -    22484847 chr7:6436990(+) A-G intron -    22484847 chr7:6437364(+) A-G intron -    22484847 chr7:6437381(+) A-G intron -    22484847 chr7:6437410(+) A-G intron -    22484847 chr7:6437458(+) A-G intron -    22484847

RNA Modification:

Resource	Symbol	ModificationPosition	Type	Genomic Context	PMID
RMBase	RAC1	chr7:6414242-6414243(+) m6A 5'UTR//exon       24209618 chr7:6431131-6431132(+) m6A exon//intron       27773535 chr7:6442114-6442115(+) m6A 3'UTR//exon       - chr7:6442141-6442142(+) m6A 3'UTR//exon       - chr7:6442154-6442155(+) m6A 3'UTR       - chr7:6442167-6442168(+) m6A 3'UTR       - chr7:6442228-6442229(+) m6A 3'UTR       27773535 chr7:6442240-6442241(+) m6A 3'UTR       27773535 chr7:6442289-6442290(+) m6A 3'UTR       27773535 chr7:6442403-6442404(+) m6A 3'UTR       24981863//27773535//22608085 chr7:6442428-6442429(+) m6A 3'UTR       24981863//26404942//27773535//22575960//22608085 chr7:6442442-6442443(+) m6A 3'UTR       24981863//26404942//27773535//22575960//22608085 chr7:6442453-6442454(+) m6A 3'UTR       24981863//26404942//27773535//22575960//22608085 chr7:6442484-6442485(+) Cm 3'UTR       - chr7:6442500-6442501(+) m6A 3'UTR       24981863//26404942//22575960//22608085 chr7:6442541-6442542(+) m6A 3'UTR       24981863//26404942//22575960//22608085 chr7:6442571-6442572(+) m6A 3'UTR       26404942//22575960 chr7:6442708-6442709(+) m6A 3'UTR       24981863//27773535 chr7:6442713-6442714(+) m6A 3'UTR       24981863//27773535 chr7:6442784-6442785(+) m6A 3'UTR       24981863//26404942//27773535 chr7:6442790-6442791(+) m6A 3'UTR       24981863//26404942//27773535 chr7:6442863-6442864(+) m6A 3'UTR       24981863//27773535 chr7:6443405-6443406(+) m6A 3'UTR       27773535 chr7:6443466-6443467(+) m6A 3'UTR       27773535

RNA Localization:

Resource	Symbol	Subcellular Localization	Tissue or Cell Line	PMID
RNALocate	hsa-miR-3150a-3p	Exosome Breast milk|Cell lines|Epididymal epithelial cells|Osteoblast|Plasma|Primary glioblastoma neurosphere cells|Primary keratinocyte|Saliva|Serum|Urine     - Microvesicle Cell lines(GBM46|GBM8|HaCaT|K562|MCF-10A|MCF-7|MGG75)|Plasma|Primary glioblastoma neurosphere cells|Primary keratinocytes     -
	RAC1	Chromatin K562 cells     - Cytosol Human myelogenous leukemia cell line (K-562)     21613539 Exosome Blood     - Lamellipodium Lung fibroblasts     23452202 Nucleoplasm K562 cells     - Ribosome HEK-293 cells     22199352

Interaction Network (The top 100 interactions):

Interactor1: hsa-miR-3150a-3p
Interactor2: RAC1

Evidence Support:

Weak-Evidence	PAR-CLIP
Support Database	ViRBase

References:

PMID	22291592	Target region	3'UTR
Source	ViRBase	Interactor1 expression	None
Tissue or cell line	EF3D-AGO2 cells//LCL35 cells//LCL-BAC cells//LCL-BAC-D1 cells//LCL-BAC-D3 cells	Interactor2 expression	None
Description	We identified 7, 827 miRNA-interaction sites in 3, 492 cellular 3'UTRs. 531 of these sites contained seed matches to viral miRNAs.Table S6: High confidence miRNA-interaction sites in 3'UTRs.