Detail Information

Basic Information:


  VIRBase ID:  

HHID00072295

  Virus:  

Human gammaherpesvirus 4 (Epstein-Barr virus, EPV)

  Host:  

Homo sapiens

  Confidence Score:  

0.4752

  Interaction Type:  

Host-Host interaction

  Predicted Binding:

 

      hsa-miR-3150a-3p:           KCNN3:      

      *It may take a few minutes to display results.

Interactor Information:


Interactor1 Interactor2
Symbol hsa-miR-3150a-3p KCNN3
miRBase
Accession/Entrez ID		 MIMAT0015023 3782
Organism Homo sapiens Homo sapiens
Category miRNA mRNA
Alias - hSK3//KCa2.3//SK3//SKCA3//ZLS3

ncRNA SNP information:


Resource Symbol SNP ID SNP Position Ref/Alt
miRNASNP-v3 hsa-miR-3150a-3p
rs1005806635 chr8:95072962    C/CT
rs372692847 chr8:95072962    C/T

RNA Editing:


Resource Symbol Editing Position Change Genetic Region
RADAR KCNN3
chr1:154826055(-) A-I      intronic
chr1:154809869(-) A-I      intronic
chr1:154773439(-) A-I      intronic
chr1:154727711(-) A-I      intronic
chr1:154773373(-) A-I      intronic
chr1:154773317(-) A-I      intronic
chr1:154771665(-) A-I      intronic
chr1:154771657(-) A-I      intronic
chr1:154727883(-) A-I      intronic
chr1:154771639(-) A-I      intronic
chr1:154771624(-) A-I      intronic
chr1:154771620(-) A-I      intronic
chr1:154771606(-) A-I      intronic
chr1:154771596(-) A-I      intronic
chr1:154771594(-) A-I      intronic
chr1:154771586(-) A-I      intronic
chr1:154771581(-) A-I      intronic
chr1:154762536(-) A-I      intronic
chr1:154762523(-) A-I      intronic
chr1:154762513(-) A-I      intronic
chr1:154762453(-) A-I      intronic
chr1:154743416(-) A-I      intronic
chr1:154743411(-) A-I      intronic
chr1:154743393(-) A-I      intronic
chr1:154727728(-) A-I      intronic
chr1:154743370(-) A-I      intronic
chr1:154743315(-) A-I      intronic
chr1:154743303(-) A-I      intronic
chr1:154694983(-) A-I      intronic
chr1:154739360(-) A-I      intronic
chr1:154739353(-) A-I      intronic
chr1:154739328(-) A-I      intronic
chr1:154739288(-) A-I      intronic
chr1:154739261(-) A-I      intronic
chr1:154738228(-) A-I      intronic
chr1:154738105(-) A-I      intronic
chr1:154734359(-) A-I      intronic
chr1:154734329(-) A-I      intronic
chr1:154734326(-) A-I      intronic
chr1:154734249(-) A-I      intronic
chr1:154734197(-) A-I      intronic
chr1:154733897(-) A-I      intronic
chr1:154733862(-) A-I      intronic
chr1:154732652(-) A-I      intronic
chr1:154732580(-) A-I      intronic
chr1:154732498(-) A-I      intronic
chr1:154727674(-) A-I      intronic
chr1:154732486(-) A-I      intronic
chr1:154731563(-) A-I      intronic
chr1:154731556(-) A-I      intronic
chr1:154731535(-) A-I      intronic
chr1:154731443(-) A-I      intronic
chr1:154731322(-) A-I      intronic
chr1:154731306(-) A-I      intronic
chr1:154826599(-) A-I      intronic
chr1:154827714(-) A-I      intronic
chr1:154826624(-) A-I      intronic
chr1:154826453(-) A-I      intronic
chr1:154826394(-) A-I      intronic
chr1:154826320(-) A-I      intronic
chr1:154826290(-) A-I      intronic
chr1:154771504(-) A-I      intronic
chr1:154826082(-) A-I      intronic
chr1:154732556(-) A-I      intronic
chr1:154825751(-) A-I      intronic
chr1:154738206(-) A-I      intronic
chr1:154732600(-) A-I      intronic
chr1:154734333(-) A-I      intronic
chr1:154734170(-) A-I      intronic
chr1:154733898(-) A-I      intronic
chr1:154771660(-) A-I      intronic
chr1:154734252(-) A-I      intronic
chr1:154732627(-) A-I      intronic
chr1:154827706(-) A-I      intronic
chr1:154727859(-) A-I      intronic
chr1:154825528(-) A-I      intronic
chr1:154798335(-) A-I      intronic
chr1:154825904(-) A-I      intronic
chr1:154771521(-) A-I      intronic
chr1:154732561(-) A-I      intronic
chr1:154738389(-) A-I      intronic
chr1:154727735(-) A-I      intronic
chr1:154824923(-) A-I      intronic
chr1:154826308(-) A-I      intronic
chr1:154727722(-) A-I      intronic
chr1:154731394(-) A-I      intronic
chr1:154762505(-) A-I      intronic
chr1:154734347(-) A-I      intronic
chr1:154743489(-) A-I      intronic
chr1:154827680(-) A-I      intronic
chr1:154734334(-) A-I      intronic
chr1:154826664(-) A-I      intronic
chr1:154698278(-) A-I      intronic
chr1:154743487(-) A-I      intronic
chr1:154721306(-) A-I      intronic
chr1:154732557(-) A-I      intronic
chr1:154732549(-) A-I      intronic
chr1:154738372(-) A-I      intronic
chr1:154825909(-) A-I      intronic
chr1:154733761(-) A-I      intronic
chr1:154698291(-) A-I      intronic
chr1:154826104(-) A-I      intronic
chr1:154731421(-) A-I      intronic
chr1:154773445(-) A-I      intronic
chr1:154751242(-) A-I      intronic
chr1:154825564(-) A-I      intronic
chr1:154773399(-) A-I      intronic
chr1:154734316(-) A-I      intronic
chr1:154738174(-) A-I      intronic
chr1:154773438(-) A-I      intronic
chr1:154732608(-) A-I      intronic
chr1:154732626(-) A-I      intronic
chr1:154733861(-) A-I      intronic
chr1:154826527(-) A-I      intronic
chr1:154825740(-) A-I      intronic
chr1:154727911(-) A-I      intronic
chr1:154824962(-) A-I      intronic
chr1:154738418(-) A-I      intronic
chr1:154825993(-) A-I      intronic
chr1:154731422(-) A-I      intronic
chr1:154741255(-) A-I      intronic
chr1:154826337(-) A-I      intronic
chr1:154687657(-) A-I      intronic
chr1:154826449(-) A-I      intronic
chr1:154687804(-) A-I      intronic
chr1:154738301(-) A-I      intronic
chr1:154743451(-) A-I      intronic
chr1:154788095(-) A-I      intronic
chr1:154727725(-) A-I      intronic
chr1:154734230(-) A-I      intronic
chr1:154731376(-) A-I      intronic
chr1:154826522(-) A-I      intronic
chr1:154739304(-) A-I      intronic
chr1:154734158(-) A-I      intronic
chr1:154727774(-) A-I      intronic
chr1:154824719(-) A-I      intronic
chr1:154727850(-) A-I      intronic
chr1:154727904(-) A-I      intronic
chr1:154825604(-) A-I      intronic
chr1:154732493(-) A-I      intronic
chr1:154687800(-) A-I      intronic
chr1:154687860(-) A-I      intronic
chr1:154773318(-) A-I      intronic
chr1:154741657(-) A-I      intronic
chr1:154727814(-) A-I      intronic
chr1:154732484(-) A-I      intronic
chr1:154721271(-) A-I      intronic
chr1:154731381(-) A-I      intronic
chr1:154826525(-) A-I      intronic
chr1:154827497(-) A-I      intronic
chr1:154825715(-) A-I      intronic
chr1:154734268(-) A-I      intronic
chr1:154827710(-) A-I      intronic
chr1:154826455(-) A-I      intronic
chr1:154738177(-) A-I      intronic
chr1:154732648(-) A-I      intronic
chr1:154738258(-) A-I      intronic
chr1:154734354(-) A-I      intronic
chr1:154727862(-) A-I      intronic
chr1:154741251(-) A-I      intronic
chr1:154729800(-) A-I      intronic
chr1:154727931(-) A-I      intronic
chr1:154826067(-) A-I      intronic
chr1:154733857(-) A-I      intronic
chr1:154741656(-) A-I      intronic
chr1:154731314(-) A-I      intronic
chr1:154733860(-) A-I      intronic
chr1:154820524(-) A-I      intronic
chr1:154773421(-) A-I      intronic
chr1:154823734(-) A-I      intronic
chr1:154733906(-) A-I      intronic
chr1:154741617(-) A-I      intronic
chr1:154743450(-) A-I      intronic
chr1:154824843(-) A-I      intronic
chr1:154741256(-) A-I      intronic
chr1:154733938(-) A-I      intronic
chr1:154727699(-) A-I      intronic
chr1:154732633(-) A-I      intronic
chr1:154727823(-) A-I      intronic
chr1:154731412(-) A-I      intronic
chr1:154731344(-) A-I      intronic
chr1:154825737(-) A-I      intronic
chr1:154732617(-) A-I      intronic
chr1:154773397(-) A-I      intronic
chr1:154734232(-) A-I      intronic
chr1:154739452(-) A-I      intronic
chr1:154734267(-) A-I      intronic
chr1:154734330(-) A-I      intronic
chr1:154732585(-) A-I      intronic
chr1:154697366(-) A-I      intronic
chr1:154738412(-) A-I      intronic
chr1:154826344(-) A-I      intronic
chr1:154734304(-) A-I      intronic
chr1:154825563(-) A-I      intronic
chr1:154825976(-) A-I      intronic
chr1:154687731(-) A-I      intronic
chr1:154739294(-) A-I      intronic
chr1:154732586(-) A-I      intronic
chr1:154826008(-) A-I      intronic
chr1:154727696(-) A-I      intronic
chr1:154741257(-) A-I      intronic
chr1:154738234(-) A-I      intronic
chr1:154738355(-) A-I      intronic
Resource Symbol Editing Position Change SeqReg exReg PMID
DARNED KCNN3
chr1:154686467(-) A-I intron -    22327324
chr1:154727774(-) A-I intron -    22327324
chr1:154727931(-) A-I intron -    22327324
chr1:154738355(-) A-I intron -    22327324
chr1:154741255(-) A-I intron -    22327324
chr1:154741256(-) A-I intron -    22327324
chr1:154788095(-) A-G intron -    22484847
chr1:154687731(-) A-G intron -    22484847
chr1:154687800(-) A-G intron -    22484847
chr1:154687804(-) A-G intron -    22484847
chr1:154687860(-) A-G intron -    22484847
chr1:154693983(-) C-T intron -    22484847
chr1:154698020(-) A-G intron -    22484847
chr1:154721186(-) T-G intron -    22484847
chr1:154721306(-) A-G intron -    22484847
chr1:154721348(-) C-T intron -    22484847
chr1:154727696(-) A-G intron -    22484847
chr1:154727722(-) A-G intron -    22484847
chr1:154727725(-) A-G intron -    22484847
chr1:154727735(-) A-G intron -    22484847
chr1:154727774(-) A-G intron -    22484847
chr1:154727806(-) T-C intron -    22484847
chr1:154727823(-) A-G intron -    22484847
chr1:154727859(-) A-G intron -    22484847
chr1:154727904(-) A-G intron -    22484847
chr1:154727931(-) A-G intron -    22484847
chr1:154731314(-) A-G intron -    22484847
chr1:154731344(-) A-G intron -    22484847
chr1:154731376(-) A-G intron -    22484847
chr1:154731381(-) A-G intron -    22484847
chr1:154731394(-) A-G intron -    22484847
chr1:154731401(-) C-T intron -    22484847
chr1:154731412(-) A-G intron -    22484847
chr1:154731421(-) A-G intron -    22484847
chr1:154731422(-) A-G intron -    22484847
chr1:154732484(-) A-G intron -    22484847
chr1:154732493(-) A-G intron -    22484847
chr1:154732549(-) A-G intron -    22484847
chr1:154732556(-) A-G intron -    22484847
chr1:154732557(-) A-G intron -    22484847
chr1:154732561(-) A-G intron -    22484847
chr1:154732585(-) A-G intron -    22484847
chr1:154732586(-) A-G intron -    22484847
chr1:154732600(-) A-G intron -    22484847
chr1:154732608(-) A-G intron -    22484847
chr1:154732627(-) A-G intron -    22484847
chr1:154732633(-) A-G intron -    22484847
chr1:154733761(-) A-G intron -    22484847
chr1:154733860(-) A-G intron -    22484847
chr1:154733861(-) A-G intron -    22484847
chr1:154733898(-) A-G intron -    22484847
chr1:154733906(-) A-G intron -    22484847
chr1:154733938(-) A-G intron -    22484847
chr1:154734158(-) A-G intron -    22484847
chr1:154734170(-) A-G intron -    22484847
chr1:154734230(-) A-G intron -    22484847
chr1:154734232(-) A-G intron -    22484847
chr1:154734252(-) A-G intron -    22484847
chr1:154734267(-) A-G intron -    22484847
chr1:154734268(-) A-G intron -    22484847
chr1:154734316(-) A-G intron -    22484847
chr1:154734330(-) A-G intron -    22484847
chr1:154734333(-) A-G intron -    22484847
chr1:154734334(-) A-G intron -    22484847
chr1:154734347(-) A-G intron -    22484847
chr1:154734354(-) A-G intron -    22484847
chr1:154735978(-) T-C intron -    22484847
chr1:154738174(-) A-G intron -    22484847
chr1:154738206(-) A-G intron -    22484847
chr1:154738258(-) A-G intron -    22484847
chr1:154738355(-) A-G intron -    22484847
chr1:154738372(-) A-G intron -    22484847
chr1:154738389(-) A-G intron -    22484847
chr1:154738412(-) A-G intron -    22484847
chr1:154738418(-) A-G intron -    22484847
chr1:154739294(-) A-G intron -    22484847
chr1:154739304(-) A-G intron -    22484847
chr1:154739452(-) A-G intron -    22484847
chr1:154743450(-) A-G intron -    22484847
chr1:154743451(-) A-G intron -    22484847
chr1:154743487(-) A-G intron -    22484847
chr1:154743489(-) A-G intron -    22484847
chr1:154751325(-) T-C intron -    22484847
chr1:154762505(-) A-G intron -    22484847
chr1:154771504(-) A-G intron -    22484847
chr1:154771521(-) A-G intron -    22484847
chr1:154771660(-) A-G intron -    22484847
chr1:154773318(-) A-G intron -    22484847
chr1:154773397(-) A-G intron -    22484847
chr1:154773399(-) A-G intron -    22484847
chr1:154773421(-) A-G intron -    22484847
chr1:154773438(-) A-G intron -    22484847
chr1:154773445(-) A-G intron -    22484847
chr1:154798335(-) A-G intron -    22484847
chr1:154824843(-) A-G intron -    22484847
chr1:154824962(-) A-G intron -    22484847
chr1:154825740(-) A-G intron -    22484847
chr1:154825751(-) A-G intron -    22484847
chr1:154825976(-) A-G intron -    22484847
chr1:154826067(-) A-G intron -    22484847
chr1:154826308(-) A-G intron -    22484847
chr1:154826337(-) A-G intron -    22484847
chr1:154826344(-) A-G intron -    22484847
chr1:154826522(-) A-G intron -    22484847
chr1:154826525(-) A-G intron -    22484847
chr1:154826527(-) A-G intron -    22484847
chr1:154826664(-) A-G intron -    22484847
chr1:154827497(-) A-G intron -    22484847
chr1:154827680(-) A-G intron -    22484847
chr1:154827706(-) A-G intron -    22484847
chr1:154827710(-) A-G intron -    22484847

RNA Modification:


Resource Symbol ModificationPosition Type Genomic Context PMID
RMBase KCNN3
chr1:154674923-154674924(-) m6A 3'UTR       -
chr1:154674946-154674947(-) m6A 3'UTR       -
chr1:154674980-154674981(-) m6A 3'UTR       -
chr1:154675007-154675008(-) m6A 3'UTR       22608085
chr1:154675067-154675068(-) m6A 3'UTR       -
chr1:154675119-154675120(-) m6A 3'UTR       -
chr1:154675130-154675131(-) m6A 3'UTR       -
chr1:154675332-154675333(-) m6A 3'UTR//exon       28052920
chr1:154675345-154675346(-) m6A 3'UTR//exon       28052920
chr1:154675469-154675470(-) m6A 3'UTR//intron       -
chr1:154675474-154675475(-) m6A 3'UTR//intron       -
chr1:154675491-154675492(-) m6A 3'UTR//intron       -
chr1:154675505-154675506(-) m6A 3'UTR//intron       -
chr1:154680174-154680175(-) m6A 3'UTR//exon       28052920
chr1:154680279-154680280(-) m6A 3'UTR//intron       25456834//24981863//28052920
chr1:154680337-154680338(-) m6A 3'UTR//intron       24981863//28052920
chr1:154680360-154680361(-) m6A 3'UTR//intron       24981863//28052920
chr1:154680368-154680369(-) m6A 3'UTR//intron       24981863//28052920
chr1:154832179-154832180(-) m6A CDS//intron       -
chr1:154832219-154832220(-) m6A 5'UTR//intron       -
chr1:154832283-154832284(-) m6A 5'UTR//intron       -
chr1:154832298-154832299(-) m6A 5'UTR//intron       -
chr1:154840760-154840761(-) m6A 5'UTR//intron       -
chr1:154840779-154840780(-) m6A 5'UTR//intron       -
chr1:154840790-154840791(-) m6A 5'UTR//intron       25456834
chr1:154841536-154841537(-) m6A CDS       25456834//28052920
chr1:154841627-154841628(-) m6A CDS       25456834//28052920
chr1:154841646-154841647(-) m6A CDS       25456834//28052920
chr1:154841652-154841653(-) m6A CDS       25456834//28052920
chr1:154841746-154841747(-) m6A CDS       25456834//28052920
chr1:154841763-154841764(-) m6A CDS       25456834//28052920
chr1:154841833-154841834(-) m6A CDS       25456834
chr1:154841850-154841851(-) m6A CDS       25456834
chr1:154841943-154841944(-) m6A CDS       -
chr1:154842272-154842273(-) m6A CDS       25456834
chr1:154842387-154842388(-) m6A CDS       25456834//24981863//28052920//27371828
chr1:154842399-154842400(-) m6A CDS       25456834//24981863//28052920//27371828
chr1:154842435-154842436(-) m6A CDS       25456834//24981863//28052920//22608085
chr1:154842507-154842508(-) m6A 5'UTR       25456834//24981863//28052920//27371828//27773536//22608085
chr1:154842559-154842560(-) m6A 5'UTR       25456834//28052920//27371828//22608085
chr1:154842581-154842582(-) m6A 5'UTR       25456834//28052920//27371828//22608085
chr1:154842601-154842602(-) m6A 5'UTR       25456834//28052920//27371828//22608085
chr1:154842705-154842706(-) m6A 5'UTR       -

RNA Localization:


Resource Symbol Subcellular Localization Tissue or Cell Line PMID
RNALocate hsa-miR-3150a-3p
Exosome Breast milk|Cell lines|Epididymal epithelial cells|Osteoblast|Plasma|Primary glioblastoma neurosphere cells|Primary keratinocyte|Saliva|Serum|Urine     -
Microvesicle Cell lines(GBM46|GBM8|HaCaT|K562|MCF-10A|MCF-7|MGG75)|Plasma|Primary glioblastoma neurosphere cells|Primary keratinocytes     -
KCNN3
Exosome Blood     -
Nucleus HCC cell line (HepG2)     -

Interaction Network (The top 100 interactions):


Interactor1: hsa-miR-3150a-3p
Interactor2: KCNN3

Evidence Support:


Weak-Evidence PAR-CLIP
Support Database ViRBase

References:


PMID 22291592 Target region 3'UTR
Source ViRBase Interactor1 expression None
Tissue or cell line EF3D-AGO2 cells//LCL35 cells//LCL-BAC cells//LCL-BAC-D1 cells//LCL-BAC-D3 cells Interactor2 expression None
Description We identified 7, 827 miRNA-interaction sites in 3, 492 cellular 3'UTRs. 531 of these sites contained seed matches to viral miRNAs.Table S6: High confidence miRNA-interaction sites in 3'UTRs.

Starting a new search, please wait ...