Basic Information:

  VIRBase ID:  

HHID00071123

  Virus:  

Human gammaherpesvirus 4 (Epstein-Barr virus, EPV)

  Host:  

Homo sapiens

  Confidence Score:  

0.4752

  Interaction Type:  

Host-Host interaction

  Predicted Binding:

 

      hsa-miR-320d:  MIMAT0006764          IMMT:  NM_001100169     

      *It may take a few minutes to display results.

Interactor Information:

	Interactor1	Interactor2
Symbol	hsa-miR-320d	IMMT
miRBase Accession/Entrez ID	MIMAT0006764	10989
Organism	Homo sapiens	Homo sapiens
Category	miRNA	mRNA
Alias	-	HMP//Mic60//MICOS60//MINOS2//P87//P87/89//P89//PIG4//PIG52

ncRNA SNP information:

Resource	Symbol	SNP ID	SNP Position	Ref/Alt
miRNASNP-v3	hsa-miR-320d	rs1013069487 chr13:40727828    T/C rs1212045422 chr13:40727836    ACC/A rs1287962814 chr13:40727836    A/G rs755131134 chr13:40727846    T/C rs757049836 chr13:40727829    C/A rs757049836 chr13:40727829    C/T rs772990558 chr13:40727831    T/C rs1441164440 chrX:140926173    C/G rs1556096982 chrX:140926178    C/G rs782742486 chrX:140926174    C/G rs782742486 chrX:140926174    C/T rs1371780032 chr13:40727825    TCATCCTCTCAACCCAGC/T rs535778068 chr13:40727842    C/G rs569951817 chr13:40727839    C/T rs1330731340 chrX:140926183    C/G rs1384057774 chrX:140926185    G/A rs1422735584 chrX:140926184    A/G

RNA Editing:

Resource	Symbol	Editing Position	Change	Genetic Region
RADAR	IMMT	chr2:86381417(-) A-I      intronic chr2:86381487(-) A-I      intronic chr2:86397447(-) A-I      intronic chr2:86384789(-) A-I      intronic chr2:86371260(-) A-I      3'UTR chr2:86384973(-) A-I      intronic chr2:86381507(-) A-I      intronic chr2:86381521(-) A-I      intronic chr2:86371275(-) A-I      3'UTR chr2:86381132(-) A-I      intronic chr2:86371290(-) A-I      3'UTR chr2:86371294(-) A-I      3'UTR chr2:86381407(-) A-I      intronic chr2:86384968(-) A-I      intronic chr2:86381498(-) A-I      intronic chr2:86371281(-) A-I      3'UTR chr2:86381156(-) A-I      intronic chr2:86381325(-) A-I      intronic chr2:86384824(-) A-I      intronic chr2:86384873(-) A-I      intronic chr2:86384898(-) A-I      intronic chr2:86384906(-) A-I      intronic chr2:86384910(-) A-I      intronic chr2:86381353(-) A-I      intronic chr2:86394896(-) A-I      intronic chr2:86384976(-) A-I      intronic chr2:86394746(-) A-I      intronic chr2:86394802(-) A-I      intronic chr2:86394439(-) A-I      intronic chr2:86394018(-) A-I      intronic chr2:86381363(-) A-I      intronic chr2:86394863(-) A-I      intronic chr2:86381381(-) A-I      intronic chr2:86381444(-) A-I      intronic chr2:86381460(-) A-I      intronic chr2:86381471(-) A-I      intronic chr2:86381575(-) A-I      intronic chr2:86382033(-) A-I      intronic chr2:86382088(-) A-I      intronic chr2:86382134(-) A-I      intronic chr2:86399365(-) A-I      intronic chr2:86407141(-) A-I      intronic chr2:86407153(-) A-I      intronic chr2:86407156(-) A-I      intronic chr2:86407456(-) A-I      intronic chr2:86393966(-) A-I      intronic chr2:86384787(-) A-I      intronic chr2:86384704(-) A-I      intronic chr2:86383552(-) A-I      intronic chr2:86383695(-) A-I      intronic chr2:86383549(-) A-I      intronic chr2:86383512(-) A-I      intronic chr2:86382205(-) A-I      intronic chr2:86382145(-) A-I      intronic chr2:86407150(-) A-I      intronic chr2:86385018(-) A-I      intronic chr2:86407517(-) A-I      intronic chr2:86388720(-) A-I      intronic chr2:86388816(-) A-I      intronic chr2:86388865(-) A-I      intronic chr2:86388916(-) A-I      intronic chr2:86391178(-) A-I      intronic chr2:86391248(-) A-I      intronic chr2:86391249(-) A-I      intronic chr2:86391286(-) A-I      intronic chr2:86391292(-) A-I      intronic chr2:86391337(-) A-I      intronic chr2:86391357(-) A-I      intronic chr2:86391362(-) A-I      intronic chr2:86384993(-) A-I      intronic chr2:86391393(-) A-I      intronic chr2:86391447(-) A-I      intronic chr2:86388729(-) A-I      intronic chr2:86394723(-) A-I      intronic chr2:86416531(-) A-I      intronic chr2:86393978(-) A-I      intronic chr2:86416506(-) A-I      intronic chr2:86416473(-) A-I      intronic chr2:86416420(-) A-I      intronic chr2:86416418(-) A-I      intronic chr2:86407461(-) A-I      intronic chr2:86384825(-) A-I      intronic chr2:86378125(-) A-I      intronic chr2:86378137(-) A-I      intronic chr2:86378204(-) A-I      intronic chr2:86378207(-) A-I      intronic chr2:86381233(-) A-I      intronic chr2:86381254(-) A-I      intronic chr2:86407418(-) A-I      intronic chr2:86384743(-) A-I      intronic chr2:86384665(-) A-I      intronic chr2:86393209(-) A-I      intronic chr2:86378155(-) A-I      intronic chr2:86385001(-) A-I      intronic chr2:86384905(-) A-I      intronic chr2:86399194(-) A-I      intronic chr2:86382114(-) A-I      intronic chr2:86384767(-) A-I      intronic chr2:86382258(-) A-I      intronic chr2:86384979(-) A-I      intronic chr2:86390911(-) A-I      intronic chr2:86384992(-) A-I      intronic chr2:86381142(-) A-I      intronic chr2:86384687(-) A-I      intronic chr2:86384991(-) A-I      intronic chr2:86381428(-) A-I      intronic chr2:86383605(-) A-I      intronic chr2:86381181(-) A-I      intronic chr2:86397420(-) A-I      intronic chr2:86388704(-) A-I      intronic chr2:86382107(-) A-I      intronic chr2:86382181(-) A-I      intronic chr2:86384737(-) A-I      intronic chr2:86397293(-) A-I      intronic chr2:86378177(-) A-I      intronic chr2:86382174(-) A-I      intronic chr2:86382180(-) A-I      intronic chr2:86384799(-) A-I      intronic chr2:86385019(-) A-I      intronic chr2:86384664(-) A-I      intronic chr2:86381434(-) A-I      intronic chr2:86381107(-) A-I      intronic chr2:86384652(-) A-I      intronic chr2:86382179(-) A-I      intronic chr2:86384746(-) A-I      intronic chr2:86382040(-) A-I      intronic chr2:86391728(-) A-I      intronic chr2:86381567(-) A-I      intronic chr2:86394756(-) A-I      intronic chr2:86386933(-) A-I      intronic chr2:86384663(-) A-I      intronic chr2:86376838(-) A-I      intronic chr2:86399613(-) A-I      intronic chr2:86382058(-) A-I      intronic chr2:86381078(-) A-I      intronic chr2:86378268(-) A-I      intronic chr2:86376940(-) A-I      intronic chr2:86399624(-) A-I      intronic chr2:86394800(-) A-I      intronic chr2:86382281(-) A-I      intronic chr2:86394072(-) A-I      intronic chr2:86384872(-) A-I      intronic chr2:86376916(-) A-I      intronic chr2:86399143(-) A-I      intronic chr2:86399689(-) A-I      intronic chr2:86383493(-) A-I      intronic chr2:86399688(-) A-I      intronic chr2:86390924(-) A-I      intronic chr2:86394700(-) A-I      intronic chr2:86394845(-) A-I      intronic chr2:86383456(-) A-I      intronic chr2:86381566(-) A-I      intronic chr2:86381118(-) A-I      intronic chr2:86378314(-) A-I      intronic chr2:86382259(-) A-I      intronic chr2:86399372(-) A-I      intronic chr2:86378178(-) A-I      intronic chr2:86394138(-) A-I      intronic chr2:86388449(-) A-I      intronic chr2:86394493(-) A-I      intronic chr2:86399543(-) A-I      intronic chr2:86386955(-) A-I      intronic chr2:86373720(-) A-I      intronic chr2:86394808(-) A-I      intronic chr2:86378107(-) A-I      intronic chr2:86382204(-) A-I      intronic chr2:86383670(-) A-I      intronic chr2:86382038(-) A-I      intronic chr2:86385032(-) A-I      intronic chr2:86390987(-) A-I      intronic chr2:86381361(-) A-I      intronic chr2:86376962(-) A-I      intronic chr2:86376783(-) A-I      intronic chr2:86390884(-) A-I      intronic chr2:86382275(-) A-I      intronic chr2:86399632(-) A-I      intronic chr2:86390276(-) A-I      intronic chr2:86400447(-) A-I      intronic chr2:86376885(-) A-I      intronic chr2:86406037(-) A-I      intronic chr2:86394036(-) A-I      intronic chr2:86382218(-) A-I      intronic chr2:86394772(-) A-I      intronic chr2:86381150(-) A-I      intronic chr2:86382096(-) A-I      intronic chr2:86381163(-) A-I      intronic chr2:86394785(-) A-I      intronic chr2:86374048(-) A-I      intronic

Resource	Symbol	Editing Position	Change	SeqReg	exReg	PMID
DARNED	IMMT	chr2:86382114(-) A-I intron -    22327324 chr2:86382179(-) A-I intron -    22327324 chr2:86372340(-) T-C intron -    22484847 chr2:86372408(-) T-C intron -    22484847 chr2:86372416(-) T-C intron -    22484847 chr2:86372511(-) T-C intron -    22484847 chr2:86373531(-) T-C intron -    22484847 chr2:86373587(-) T-C intron -    22484847 chr2:86373594(-) T-C intron -    22484847 chr2:86373638(-) G-C intron -    22484847 chr2:86374020(-) T-C intron -    22484847 chr2:86375685(-) T-C intron -    22484847 chr2:86376853(-) A-G intron -    22484847 chr2:86376885(-) A-G intron -    22484847 chr2:86376912(-) T-C intron -    22484847 chr2:86376940(-) A-G intron -    22484847 chr2:86376945(-) T-C intron -    22484847 chr2:86376948(-) T-C intron -    22484847 chr2:86376962(-) A-G intron -    22484847 chr2:86377022(-) C-T intron -    22484847 chr2:86378101(-) T-C intron -    22484847 chr2:86378109(-) T-C intron -    22484847 chr2:86378168(-) A-G intron -    22484847 chr2:86378177(-) A-G intron -    22484847 chr2:86378178(-) A-G intron -    22484847 chr2:86379516(-) T-C intron -    22484847 chr2:86381162(-) A-G intron -    22484847 chr2:86381434(-) A-G intron -    22484847 chr2:86381566(-) A-G intron -    22484847 chr2:86381567(-) A-G intron -    22484847 chr2:86382040(-) A-G intron -    22484847 chr2:86382058(-) A-G intron -    22484847 chr2:86382064(-) A-G intron -    22484847 chr2:86382096(-) A-G intron -    22484847 chr2:86382114(-) A-G intron -    22484847 chr2:86382150(-) A-G intron -    22484847 chr2:86382179(-) A-G intron -    22484847 chr2:86382187(-) A-G intron -    22484847 chr2:86382258(-) A-G intron -    22484847 chr2:86382259(-) A-G intron -    22484847 chr2:86382261(-) A-G intron -    22484847 chr2:86382275(-) A-G intron -    22484847 chr2:86382281(-) A-G intron -    22484847 chr2:86383493(-) A-G intron -    22484847 chr2:86383670(-) A-G intron -    22484847 chr2:86384664(-) A-G intron -    22484847 chr2:86384679(-) A-G intron -    22484847 chr2:86384691(-) A-G intron -    22484847 chr2:86384737(-) A-G intron -    22484847 chr2:86384799(-) A-G intron -    22484847 chr2:86384872(-) A-G intron -    22484847 chr2:86385001(-) A-G intron -    22484847 chr2:86385019(-) A-G intron -    22484847 chr2:86386216(-) A-T intron -    22484847 chr2:86386333(-) A-G intron -    22484847 chr2:86386347(-) A-G intron -    22484847 chr2:86386915(-) A-G intron -    22484847 chr2:86388909(-) A-G intron -    22484847 chr2:86390884(-) A-G intron -    22484847 chr2:86390911(-) A-G intron -    22484847 chr2:86390987(-) A-G intron -    22484847 chr2:86391041(-) A-G intron -    22484847 chr2:86391589(-) T-C intron -    22484847 chr2:86391728(-) A-G intron -    22484847 chr2:86391751(-) A-G intron -    22484847 chr2:86393960(-) A-G intron -    22484847 chr2:86394138(-) A-G intron -    22484847 chr2:86394756(-) A-G intron -    22484847 chr2:86394772(-) A-G intron -    22484847 chr2:86394877(-) A-G intron -    22484847 chr2:86407500(-) A-G intron -    22484847

RNA Modification:

Resource	Symbol	ModificationPosition	Type	Genomic Context	PMID
RMBase	IMMT	chr2:86371413-86371414(-) m6A CDS       - chr2:86371462-86371463(-) m6A CDS       24981863//22575960 chr2:86371499-86371500(-) m6A CDS       24981863//22575960 chr2:86371610-86371611(-) m6A CDS       24981863 chr2:86371716-86371717(-) m6A CDS       24981863 chr2:86371747-86371748(-) m6A CDS       24981863 chr2:86374916-86374917(-) m6A CDS//intron       24981863//26404942//27773535//22575960 chr2:86378421-86378422(-) Am CDS//intron       - chr2:86378426-86378427(-) m6A CDS//intron       24981863//27773535//22575960 chr2:86378431-86378432(-) m6A CDS//intron       24981863//27773535//22575960 chr2:86378458-86378459(-) m6A CDS//intron       24981863//27773535//22575960 chr2:86378512-86378513(-) m6A CDS//intron       24981863//26404942//27773535 chr2:86378557-86378558(-) m6A CDS//intron       27773535 chr2:86378573-86378574(-) m6A CDS//intron       27773535 chr2:86378615-86378616(-) m6A CDS//intron       27773535 chr2:86380687-86380688(-) m6A CDS//intron       27773535 chr2:86386700-86386701(-) m6A 3'UTR//CDS//exon//intron       24981863 chr2:86389083-86389084(-) m6A exon//intron       24981863//28052920 chr2:86393640-86393641(-) m6A 3'UTR//CDS//exon//intron       24981863 chr2:86406640-86406641(-) Y 5'UTR//CDS//exon       26075521 chr2:86422100-86422101(-) m6A 5'UTR//intron       24284625//24981863 chr2:86422783-86422784(-) m6A 5'UTR       25456834//24981863//22608085

RNA Localization:

Resource	Symbol	Subcellular Localization	Tissue or Cell Line	PMID
RNALocate	hsa-miR-320d	Exosome Pooled sera     27278097 Exosome Breast cancer cell line (MCF-7)     20976003 Exosome Plasma     23663360 Exosome Breast cancer cell lines (MCF-7|MDA-MB-231)     24468161 Exosome Colon cancer cell line (LIM1863)     25330373 Exosome Breast milk|Cell lines|Epididymal epithelial cells|Osteoblast|Plasma|Primary glioblastoma neurosphere cells|Primary keratinocyte|Saliva|Serum|Urine     - Microvesicle Plasma     23077538 Microvesicle Seminal plasma     23539611 Microvesicle Fibroblasts|Mesenchymal stem cells     - Nucleus Breast adenocarcinoma cells (MCF-7)|Cervical adenocarcinoma cells (HeLa)     24918059
	IMMT	Chromatin K562 cells     - Cytosol K562 cells     - Endoplasmic reticulum Human myelogenous leukemia cell line (K-562)     21613539 Exosome Blood     - Nucleolus K562 cells     - Nucleoplasm K562 cells     - Nucleus Colon cancer cells     24393600 Nucleus HCC cell line (HepG2)|K562 cells     -

Related Drug Information:

Resource	Symbol	Drug Name	PubChem ID	Function	Link
RNAInter	hsa-miR-320d	Eloxatine 5310940 Drug interaction    RC00007888 5-Fluorouracil 3385 Drug interaction    RC00007885 Doxorubicin 31703 Drug interaction    RC00007886 cis-Diaminedichloroplatinum 2767 Drug interaction    RC00007884 Docetaxel 148124 Drug interaction    RC00007887 Marine fungal metabolite 1386A - Drug interaction    RC00007889

Resource	Symbol	Drug Name	PubChem ID
RNAactDrug	hsa-miR-320d	Topotecan       60700 Pha-665752       10461815

Interaction Network (The top 100 interactions):

Interactor1: hsa-miR-320d
Interactor2: IMMT

Evidence Support:

Weak-Evidence	PAR-CLIP
Support Database	ViRBase

References:

PMID	22291592	Target region	CDS
Source	ViRBase	Interactor1 expression	None
Tissue or cell line	EF3D-AGO2 cells//LCL35 cells//LCL-BAC cells//LCL-BAC-D1 cells//LCL-BAC-D3 cells	Interactor2 expression	None
Description	We identified 7, 827 miRNA-interaction sites in 3, 492 cellular 3'UTRs. 531 of these sites contained seed matches to viral miRNAs.Table S6: High confidence miRNA-interaction sites in 3'UTRs.