Basic Information:

  VIRBase ID:  

HHID00070782

  Virus:  

Human gammaherpesvirus 4 (Epstein-Barr virus, EPV)

  Host:  

Homo sapiens

  Confidence Score:  

0.4752

  Interaction Type:  

Host-Host interaction

  Predicted Binding:

 

      hsa-miR-1276:  MIMAT0005930          BMP2K:  NM_017593     

      *It may take a few minutes to display results.

Interactor Information:

	Interactor1	Interactor2
Symbol	hsa-miR-1276	BMP2K
miRBase Accession/Entrez ID	MIMAT0005930	55589
Organism	Homo sapiens	Homo sapiens
Category	miRNA	mRNA
Alias	-	BIKE//HRIHFB2017

ncRNA SNP information:

Resource	Symbol	SNP ID	SNP Position	Ref/Alt
miRNASNP-v3	hsa-miR-1276	rs372186220 chr15:85770551    C/T rs759704230 chr15:85770557    A/G rs949716743 chr15:85770550    T/C rs1469123493 chr15:85770565    T/C rs34381260 chr15:85770563    CT/C rs34381260 chr15:85770563    CT/CTT rs750237476 chr15:85770564    T/C rs764239400 chr15:85770562    T/C rs769744052 chr15:85770560    G/A rs775843960 chr15:85770561    C/A rs775843960 chr15:85770561    C/T

RNA Editing:

Resource	Symbol	Editing Position	Change	Genetic Region
RADAR	BMP2K	chr4:79801291(+) A-I      intronic chr4:79740237(+) A-I      intronic chr4:79740233(+) A-I      intronic chr4:79788345(+) A-I      intronic chr4:79817028(+) A-I      intronic chr4:79727592(+) A-I      intronic chr4:79789159(+) A-I      intronic chr4:79789158(+) A-I      intronic chr4:79789135(+) A-I      intronic chr4:79789123(+) A-I      intronic chr4:79817058(+) A-I      intronic chr4:79740178(+) A-I      intronic chr4:79740202(+) A-I      intronic chr4:79740230(+) A-I      intronic chr4:79789035(+) A-I      intronic chr4:79788347(+) A-I      intronic chr4:79715742(+) A-I      intronic chr4:79715817(+) A-I      intronic chr4:79715856(+) A-I      intronic chr4:79756725(+) A-I      intronic chr4:79757310(+) A-I      intronic chr4:79758478(+) A-I      intronic chr4:79758549(+) A-I      intronic chr4:79789067(+) A-I      intronic chr4:79812094(+) A-I      intronic chr4:79726948(+) A-I      intronic chr4:79726975(+) A-I      intronic chr4:79726978(+) A-I      intronic chr4:79727045(+) A-I      intronic chr4:79727447(+) A-I      intronic chr4:79788337(+) A-I      intronic chr4:79733208(+) A-I      intronic chr4:79733953(+) A-I      intronic chr4:79734044(+) A-I      intronic chr4:79734118(+) A-I      intronic chr4:79734177(+) A-I      intronic chr4:79755464(+) A-I      intronic chr4:79756524(+) A-I      intronic chr4:79756592(+) A-I      intronic chr4:79757417(+) A-I      intronic chr4:79757442(+) A-I      intronic chr4:79758919(+) A-I      intronic chr4:79787835(+) A-I      intronic chr4:79787863(+) A-I      intronic chr4:79787879(+) A-I      intronic chr4:79787905(+) A-I      intronic chr4:79787934(+) A-I      intronic chr4:79787979(+) A-I      intronic chr4:79788157(+) A-I      intronic chr4:79788210(+) A-I      intronic chr4:79788283(+) A-I      intronic chr4:79772858(+) A-I      intronic chr4:79788339(+) A-I      intronic chr4:79757360(+) A-I      intronic chr4:79757408(+) A-I      intronic chr4:79757369(+) A-I      intronic chr4:79757414(+) A-I      intronic chr4:79757386(+) A-I      intronic chr4:79757322(+) A-I      intronic chr4:79757456(+) A-I      intronic chr4:79757317(+) A-I      intronic chr4:79757412(+) A-I      intronic chr4:79757394(+) A-I      intronic chr4:79757384(+) A-I      intronic chr4:79788311(+) A-I      intronic chr4:79757411(+) A-I      intronic chr4:79757421(+) A-I      intronic chr4:79757392(+) A-I      intronic chr4:79757135(+) A-I      intronic chr4:79757405(+) A-I      intronic chr4:79757388(+) A-I      intronic chr4:79788165(+) A-I      intronic chr4:79787944(+) A-I      intronic chr4:79727459(+) A-I      intronic chr4:79726940(+) A-I      intronic chr4:79787828(+) A-I      intronic chr4:79755617(+) A-I      intronic chr4:79788204(+) A-I      intronic chr4:79727606(+) A-I      intronic chr4:79807060(+) A-I      intronic chr4:79733227(+) A-I      intronic chr4:79727456(+) A-I      intronic chr4:79733923(+) A-I      intronic chr4:79714443(+) A-I      intronic chr4:79726878(+) A-I      intronic chr4:79733302(+) A-I      intronic chr4:79758929(+) A-I      intronic chr4:79707687(+) A-I      intronic chr4:79724807(+) A-I      intronic chr4:79788111(+) A-I      intronic chr4:79757424(+) A-I      intronic chr4:79730671(+) A-I      intronic chr4:79788133(+) A-I      intronic chr4:79727532(+) A-I      intronic chr4:79733176(+) A-I      intronic chr4:79787931(+) A-I      intronic chr4:79733977(+) A-I      intronic chr4:79755677(+) A-I      intronic chr4:79756652(+) A-I      intronic chr4:79727425(+) A-I      intronic chr4:79788314(+) A-I      intronic chr4:79726959(+) A-I      intronic chr4:79734005(+) A-I      intronic chr4:79715775(+) A-I      intronic chr4:79757450(+) A-I      intronic chr4:79726869(+) A-I      intronic chr4:79727014(+) A-I      intronic chr4:79728026(+) A-I      intronic chr4:79787823(+) A-I      intronic chr4:79757316(+) A-I      intronic chr4:79733967(+) A-I      intronic chr4:79726971(+) A-I      intronic chr4:79726933(+) A-I      intronic chr4:79788196(+) A-I      intronic chr4:79758931(+) A-I      intronic chr4:79734047(+) A-I      intronic chr4:79788002(+) A-I      intronic

Resource	Symbol	Editing Position	Change	SeqReg	exReg	PMID
DARNED	BMP2K	chr4:79787823(+) A-I intron -    22327324 chr4:79788311(+) A-I intron -    22327324 chr4:79788314(+) A-I intron -    22327324 chr4:79757135(+) A-I intron -    22028664 chr4:79757316(+) A-I intron -    22028664 chr4:79757317(+) A-I intron -    22028664 chr4:79757322(+) A-I intron -    22028664 chr4:79757360(+) A-I intron -    22028664 chr4:79757369(+) A-I intron -    22028664 chr4:79757384(+) A-I intron -    22028664 chr4:79757386(+) A-I intron -    22028664 chr4:79757388(+) A-I intron -    22028664 chr4:79757392(+) A-I intron -    22028664 chr4:79757394(+) A-I intron -    22028664 chr4:79757405(+) A-I intron -    22028664 chr4:79757408(+) A-I intron -    22028664 chr4:79757411(+) A-I intron -    22028664 chr4:79757412(+) A-I intron -    22028664 chr4:79757414(+) A-I intron -    22028664 chr4:79757421(+) A-I intron -    22028664 chr4:79757424(+) A-I intron -    22028664 chr4:79757450(+) A-I intron -    22028664 chr4:79757456(+) A-I intron -    22028664 chr4:79715926(+) A-I intron -    21960545 chr4:79740825(+) A-G intron -    22484847 chr4:79740852(+) A-G intron -    22484847 chr4:79740941(+) A-G intron -    22484847 chr4:79708147(+) G-A intron -    22484847 chr4:79714443(+) A-G intron -    22484847 chr4:79715775(+) A-G intron -    22484847 chr4:79726863(+) A-G intron -    22484847 chr4:79726869(+) A-G intron -    22484847 chr4:79726870(+) A-G intron -    22484847 chr4:79726933(+) A-G intron -    22484847 chr4:79726942(+) A-G intron -    22484847 chr4:79726964(+) A-G intron -    22484847 chr4:79727532(+) A-G intron -    22484847 chr4:79727597(+) A-G intron -    22484847 chr4:79728096(+) A-G intron -    22484847 chr4:79733176(+) A-G intron -    22484847 chr4:79733227(+) A-G intron -    22484847 chr4:79733228(+) A-G intron -    22484847 chr4:79733302(+) A-G intron -    22484847 chr4:79733322(+) A-G intron -    22484847 chr4:79734005(+) A-G intron -    22484847 chr4:79755617(+) A-G intron -    22484847 chr4:79757424(+) A-G intron -    22484847 chr4:79757450(+) A-G intron -    22484847 chr4:79787823(+) A-G intron -    22484847 chr4:79787828(+) A-G intron -    22484847 chr4:79787922(+) A-G intron -    22484847 chr4:79787931(+) A-G intron -    22484847 chr4:79788132(+) A-G intron -    22484847 chr4:79788133(+) A-G intron -    22484847 chr4:79788204(+) A-G intron -    22484847 chr4:79788251(+) A-G intron -    22484847 chr4:79788310(+) A-G intron -    22484847 chr4:79788311(+) A-G intron -    22484847 chr4:79788314(+) A-G intron -    22484847 chr4:79807060(+) A-G intron -    22484847 chr4:79809149(+) C-T intron -    22484847

RNA Modification:

Resource	Symbol	ModificationPosition	Type	Genomic Context	PMID
RMBase	BMP2K	chr4:79697650-79697651(+) m6A 5'UTR       24209618 chr4:79697694-79697695(+) m6A 5'UTR       24209618 chr4:79697703-79697704(+) m1A CDS       26863196 chr4:79782571-79782572(+) m6A CDS//exon       24981863 chr4:79800052-79800053(+) m6A 3'UTR//CDS//exon//intron       24981863 chr4:79800118-79800119(+) m6A 3'UTR//exon//intron       24981863 chr4:79831785-79831786(+) m6A 3'UTR//CDS       24981863 chr4:79831820-79831821(+) m6A 3'UTR//CDS       24284625//24981863//22608085 chr4:79831840-79831841(+) m6A 3'UTR//CDS       24284625//24981863//27773535//22608085 chr4:79831867-79831868(+) m6A 3'UTR//CDS       24284625//24981863//27773535//22608085 chr4:79831879-79831880(+) m6A 3'UTR//CDS       24284625//24981863//27773535//22608085 chr4:79832004-79832005(+) m6A 3'UTR//CDS       24284625//24209618//24981863//27773535//22608085 chr4:79832034-79832035(+) m6A 3'UTR//CDS       24284625//24209618//24981863//27773535//22608085 chr4:79832097-79832098(+) m6A 3'UTR//CDS       24284625//24981863//27773535//22575960//22608085 chr4:79832165-79832166(+) m6A 3'UTR//CDS       24284625//24981863//27773535//22575960//22608085 chr4:79832181-79832182(+) m6A 3'UTR//CDS       24284625//24981863//22575960//22608085 chr4:79832248-79832249(+) m6A 3'UTR//CDS       24284625//24981863//22608085 chr4:79832256-79832257(+) m6A 3'UTR//CDS       24284625//24981863//22608085 chr4:79832336-79832337(+) m6A 3'UTR//CDS       24284625//24981863//22608085 chr4:79832367-79832368(+) m6A 3'UTR//CDS       24284625//24981863//22608085 chr4:79832555-79832556(+) m6A 3'UTR//CDS       24284625//24209618//24981863//22608085 chr4:79832613-79832614(+) m6A 3'UTR//CDS       24284625//24209618//25456834//24981863//22608085 chr4:79832631-79832632(+) m6A 3'UTR//CDS       24284625//24209618//25456834//24981863//22608085 chr4:79832719-79832720(+) m6A 3'UTR//CDS       24284625//24209618//25456834//24981863//22575960//22608085 chr4:79832783-79832784(+) m6A 3'UTR//CDS       24284625//24209618//25456834//24981863//22575960//22608085 chr4:79832819-79832820(+) m6A 3'UTR//CDS       24284625//24209618//25456834//24981863//22575960//22608085 chr4:79832831-79832832(+) m6A 3'UTR//CDS       24284625//24209618//25456834//24981863//22575960//22608085 chr4:79832900-79832901(+) m6A 3'UTR//CDS       24284625//24209618//25456834//24981863//22575960//22608085 chr4:79832933-79832934(+) m6A 3'UTR//CDS       24284625//24209618//25456834//24981863//22575960//22608085 chr4:79833012-79833013(+) m6A 3'UTR//CDS       24284625//24209618//25456834//24981863//22575960//22608085 chr4:79833090-79833091(+) m6A 3'UTR//CDS       24284625//24209618//25456834//24981863//22575960//22608085 chr4:79833149-79833150(+) m6A 3'UTR//CDS       24284625//24209618//25456834//24981863//22575960//22608085 chr4:79833180-79833181(+) m6A 3'UTR//CDS       24284625//24209618//25456834//24981863//22608085 chr4:79833236-79833237(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//25456834//24981863//22608085 chr4:79833323-79833324(+) m6A 3'UTR       22608085 chr4:79833872-79833873(+) m6A 3'UTR       24981863 chr4:79833916-79833917(+) m6A 3'UTR       24981863//22608085 chr4:79833933-79833934(+) m6A 3'UTR       24981863//22608085 chr4:79833957-79833958(+) m6A 3'UTR       24981863//22608085 chr4:79834022-79834023(+) m6A 3'UTR       24981863//22608085 chr4:79834029-79834030(+) m6A 3'UTR       24981863//22608085 chr4:79834047-79834048(+) m6A 3'UTR       24981863//22608085 chr4:79834075-79834076(+) m6A 3'UTR       24981863//22608085 chr4:79834125-79834126(+) m6A 3'UTR       22608085

RNA Localization:

Resource	Symbol	Subcellular Localization	Tissue or Cell Line	PMID
RNALocate	hsa-miR-1276	Exosome Breast milk|Cell lines|Epididymal epithelial cells|Osteoblast|Plasma|Primary glioblastoma neurosphere cells|Primary keratinocyte|Saliva|Serum|Urine     - Microvesicle Colon cancer cell line (LIM1863)|Fibroblasts|Mesenchymal stem cells     -
	BMP2K	Chromatin K562 cells     - Cytosol Human myelogenous leukemia cell line (K-562)     21613539 Cytosol K562 cells     - Exosome Blood     - Membrane K562 cells     - Nucleolus K562 cells     - Nucleoplasm K562 cells     - Nucleus HCC cell line (HepG2)|HeLa-S3 cells|K562 cells     -

Interaction Network (The top 100 interactions):

Interactor1: hsa-miR-1276
Interactor2: BMP2K

Evidence Support:

Weak-Evidence	PAR-CLIP
Support Database	ViRBase

References:

PMID	22291592	Target region	3'UTR
Source	ViRBase	Interactor1 expression	None
Tissue or cell line	EF3D-AGO2 cells//LCL35 cells//LCL-BAC cells//LCL-BAC-D1 cells//LCL-BAC-D3 cells	Interactor2 expression	None
Description	We identified 7, 827 miRNA-interaction sites in 3, 492 cellular 3'UTRs. 531 of these sites contained seed matches to viral miRNAs.Table S6: High confidence miRNA-interaction sites in 3'UTRs.