Detail Information

Basic Information:


  VIRBase ID:  

HHID00070512

  Virus:  

Human gammaherpesvirus 4 (Epstein-Barr virus, EPV)

  Host:  

Homo sapiens

  Confidence Score:  

0.4752

  Interaction Type:  

Host-Host interaction

  Predicted Binding:

 

      hsa-miR-548n:           CGAS:      

      *It may take a few minutes to display results.

Interactor Information:


Interactor1 Interactor2
Symbol hsa-miR-548n CGAS
miRBase
Accession/Entrez ID		 MIMAT0005916 115004
Organism Homo sapiens Homo sapiens
Category miRNA mRNA
Alias - C6orf150//h-cGAS//MB21D1

ncRNA SNP information:


Resource Symbol SNP ID SNP Position Ref/Alt
miRNASNP-v3 hsa-miR-548n
rs1167799411 chr7:34940804    A/G
rs1349024540 chr7:34940825    G/C
rs1440338026 chr7:34940814    C/G
rs1440338026 chr7:34940814    C/T
rs1014154255 chr7:34940819    A/G
rs1170899735 chr7:34940820    C/T
rs541369935 chr7:34940820    CT/C

RNA Editing:


Resource Symbol Editing Position Change Genetic Region
RADAR CGAS
chr6:74141836(-) A-I      intronic
chr6:74141975(-) A-I      intronic
chr6:74142286(-) A-I      intronic
chr6:74142378(-) A-I      intronic
chr6:74142724(-) A-I      intronic
chr6:74142823(-) A-I      intronic
chr6:74143297(-) A-I      intronic
chr6:74143368(-) A-I      intronic
chr6:74143415(-) A-I      intronic
chr6:74145787(-) A-I      intronic
chr6:74146298(-) A-I      intronic
chr6:74146406(-) A-I      intronic
chr6:74146525(-) A-I      intronic
chr6:74146657(-) A-I      intronic
chr6:74146736(-) A-I      intronic
chr6:74146775(-) A-I      intronic
chr6:74146799(-) A-I      intronic
chr6:74150368(-) A-I      intronic
chr6:74150381(-) A-I      intronic
chr6:74150503(-) A-I      intronic
chr6:74150513(-) A-I      intronic
chr6:74150525(-) A-I      intronic
chr6:74150538(-) A-I      intronic
chr6:74150818(-) A-I      intronic
chr6:74150869(-) A-I      intronic
chr6:74150897(-) A-I      intronic
chr6:74150940(-) A-I      intronic
chr6:74152352(-) A-I      intronic
chr6:74152442(-) A-I      intronic
chr6:74152516(-) A-I      intronic
chr6:74155931(-) A-I      intronic
chr6:74155966(-) A-I      intronic
chr6:74156599(-) A-I      intronic
chr6:74156692(-) A-I      intronic
chr6:74156696(-) A-I      intronic
chr6:74156697(-) A-I      intronic
chr6:74152459(-) A-I      intronic
chr6:74156735(-) A-I      intronic
chr6:74157253(-) A-I      intronic
chr6:74157297(-) A-I      intronic
chr6:74157319(-) A-I      intronic
chr6:74157321(-) A-I      intronic
chr6:74158376(-) A-I      intronic
chr6:74158389(-) A-I      intronic
chr6:74158633(-) A-I      intronic
chr6:74158647(-) A-I      intronic
chr6:74152470(-) A-I      intronic
chr6:74152462(-) A-I      intronic
chr6:74152446(-) A-I      intronic
chr6:74142325(-) A-I      intronic
chr6:74142289(-) A-I      intronic
chr6:74142278(-) A-I      intronic
chr6:74142273(-) A-I      intronic
chr6:74137909(-) A-I      intronic
chr6:74137903(-) A-I      intronic
chr6:74146440(-) A-I      intronic
chr6:74133242(-) A-I      intronic
chr6:74124815(-) A-I      intronic
chr6:74124831(-) A-I      intronic
chr6:74126599(-) A-I      intronic
chr6:74126614(-) A-I      intronic
chr6:74126640(-) A-I      intronic
chr6:74126686(-) A-I      intronic
chr6:74126710(-) A-I      intronic
chr6:74126751(-) A-I      intronic
chr6:74130354(-) A-I      intronic
chr6:74130405(-) A-I      intronic
chr6:74130736(-) A-I      intronic
chr6:74130852(-) A-I      intronic
chr6:74130854(-) A-I      intronic
chr6:74130915(-) A-I      intronic
chr6:74132677(-) A-I      intronic
chr6:74132733(-) A-I      intronic
chr6:74132734(-) A-I      intronic
chr6:74133033(-) A-I      intronic
chr6:74133049(-) A-I      intronic
chr6:74133101(-) A-I      intronic
chr6:74133104(-) A-I      intronic
chr6:74136738(-) A-I      intronic
chr6:74136744(-) A-I      intronic
chr6:74136749(-) A-I      intronic
chr6:74137608(-) A-I      intronic
chr6:74137620(-) A-I      intronic
chr6:74137835(-) A-I      intronic
chr6:74137861(-) A-I      intronic
chr6:74138693(-) A-I      intronic
chr6:74139306(-) A-I      intronic
chr6:74141712(-) A-I      intronic
chr6:74134857(-) A-I      3'UTR
chr6:74134833(-) A-I      3'UTR
chr6:74134746(-) A-I      3'UTR
chr6:74134634(-) A-I      3'UTR
chr6:74134645(-) A-I      3'UTR
chr6:74134653(-) A-I      3'UTR
chr6:74133976(-) A-I      3'UTR
chr6:74134679(-) A-I      3'UTR
chr6:74134637(-) A-I      3'UTR
chr6:74134155(-) A-I      3'UTR
chr6:74133988(-) A-I      3'UTR
chr6:74133989(-) A-I      3'UTR
chr6:74134110(-) A-I      3'UTR
chr6:74134698(-) A-I      3'UTR
chr6:74134008(-) A-I      3'UTR
chr6:74134033(-) A-I      3'UTR
chr6:74134045(-) A-I      3'UTR
chr6:74134705(-) A-I      3'UTR
chr6:74134765(-) A-I      3'UTR
chr6:74134778(-) A-I      3'UTR
chr6:74134793(-) A-I      3'UTR
chr6:74134748(-) A-I      3'UTR
chr6:74132703(-) A-I      intronic
chr6:74142248(-) A-I      intronic
chr6:74133091(-) A-I      intronic
chr6:74146752(-) A-I      intronic
chr6:74142641(-) A-I      intronic
chr6:74156613(-) A-I      intronic
chr6:74137612(-) A-I      intronic
chr6:74159035(-) A-I      intronic
chr6:74146424(-) A-I      intronic
chr6:74129357(-) A-I      intronic
chr6:74150543(-) A-I      intronic
chr6:74141650(-) A-I      intronic
chr6:74132779(-) A-I      intronic
chr6:74130341(-) A-I      intronic
chr6:74142562(-) A-I      intronic
chr6:74147580(-) A-I      intronic
chr6:74150976(-) A-I      intronic
chr6:74139543(-) A-I      intronic
chr6:74146520(-) A-I      intronic
chr6:74133205(-) A-I      intronic
chr6:74142635(-) A-I      intronic
chr6:74146694(-) A-I      intronic
chr6:74133204(-) A-I      intronic
chr6:74143082(-) A-I      intronic
chr6:74133165(-) A-I      intronic
chr6:74136729(-) A-I      intronic
chr6:74137133(-) A-I      intronic
chr6:74129424(-) A-I      intronic
chr6:74132676(-) A-I      intronic
chr6:74124770(-) A-I      intronic
chr6:74130686(-) A-I      intronic
chr6:74142209(-) A-I      intronic
chr6:74150909(-) A-I      intronic
chr6:74152234(-) A-I      intronic
chr6:74130425(-) A-I      intronic
chr6:74143063(-) A-I      intronic
chr6:74137864(-) A-I      intronic
chr6:74146473(-) A-I      intronic
chr6:74130373(-) A-I      intronic
chr6:74160522(-) A-I      intronic
chr6:74133039(-) A-I      intronic
chr6:74133915(-) A-I      3'UTR
chr6:74134057(-) A-I      3'UTR
chr6:74134823(-) A-I      3'UTR
chr6:74134070(-) A-I      3'UTR
chr6:74133990(-) A-I      3'UTR
chr6:74134855(-) A-I      3'UTR
chr6:74134848(-) A-I      3'UTR
chr6:74134669(-) A-I      3'UTR
chr6:74134759(-) A-I      3'UTR
chr6:74134871(-) A-I      3'UTR
chr6:74134744(-) A-I      3'UTR
chr6:74134666(-) A-I      3'UTR
chr6:74134715(-) A-I      3'UTR
chr6:74134674(-) A-I      3'UTR
chr6:74133901(-) A-I      3'UTR
chr6:74134644(-) A-I      3'UTR
chr6:74134756(-) A-I      3'UTR
chr6:74134035(-) A-I      3'UTR
chr6:74134673(-) A-I      3'UTR
chr6:74134780(-) A-I      3'UTR
chr6:74133968(-) A-I      3'UTR
chr6:74134741(-) A-I      3'UTR
chr6:74134714(-) A-I      3'UTR
chr6:74134755(-) A-I      3'UTR
chr6:74134075(-) A-I      3'UTR
chr6:74134770(-) A-I      3'UTR
chr6:74133913(-) A-I      3'UTR
chr6:74134869(-) A-I      3'UTR
chr6:74134682(-) A-I      3'UTR
chr6:74143189(-) A-I      intronic
chr6:74139401(-) A-I      intronic
chr6:74130355(-) A-I      intronic
chr6:74150542(-) A-I      intronic
chr6:74137830(-) A-I      intronic
chr6:74150936(-) A-I      intronic
chr6:74152284(-) A-I      intronic
chr6:74156657(-) A-I      intronic
chr6:74142644(-) A-I      intronic
chr6:74130759(-) A-I      intronic
chr6:74127969(-) A-I      intronic
chr6:74142452(-) A-I      intronic
chr6:74152492(-) A-I      intronic
chr6:74133175(-) A-I      intronic
chr6:74151875(-) A-I      intronic
chr6:74129807(-) A-I      intronic
chr6:74137865(-) A-I      intronic
chr6:74147648(-) A-I      intronic
chr6:74150908(-) A-I      intronic
chr6:74137604(-) A-I      intronic
chr6:74143083(-) A-I      intronic
chr6:74150972(-) A-I      intronic
chr6:74159089(-) A-I      intronic
chr6:74158569(-) A-I      intronic
chr6:74158415(-) A-I      intronic
chr6:74147286(-) A-I      intronic
chr6:74130821(-) A-I      intronic
chr6:74146391(-) A-I      intronic
chr6:74146343(-) A-I      intronic
chr6:74147574(-) A-I      intronic
chr6:74146510(-) A-I      intronic
chr6:74137933(-) A-I      intronic
chr6:74129732(-) A-I      intronic
chr6:74142379(-) A-I      intronic
chr6:74143187(-) A-I      intronic
chr6:74142243(-) A-I      intronic
chr6:74158956(-) A-I      intronic
chr6:74144859(-) A-I      intronic
chr6:74155977(-) A-I      intronic
chr6:74144466(-) A-I      intronic
chr6:74150346(-) A-I      intronic
chr6:74152490(-) A-I      intronic
chr6:74140823(-) A-I      intronic
chr6:74146524(-) A-I      intronic
chr6:74138662(-) A-I      intronic
chr6:74142380(-) A-I      intronic
chr6:74153748(-) A-I      intronic
chr6:74142283(-) A-I      intronic
chr6:74145884(-) A-I      intronic
chr6:74132718(-) A-I      intronic
chr6:74159076(-) A-I      intronic
chr6:74137474(-) A-I      intronic
chr6:74142451(-) A-I      intronic
chr6:74133201(-) A-I      intronic
chr6:74141728(-) A-I      intronic
chr6:74158483(-) A-I      intronic
chr6:74137471(-) A-I      intronic
chr6:74143438(-) A-I      intronic
chr6:74147192(-) A-I      intronic
chr6:74129752(-) A-I      intronic
chr6:74142707(-) A-I      intronic
chr6:74143408(-) A-I      intronic
chr6:74146708(-) A-I      intronic
chr6:74156655(-) A-I      intronic
chr6:74146428(-) A-I      intronic
chr6:74132635(-) A-I      intronic
chr6:74150975(-) A-I      intronic
chr6:74147606(-) A-I      intronic
chr6:74140181(-) A-I      intronic

RNA Localization:


Resource Symbol Subcellular Localization Tissue or Cell Line PMID
RNALocate hsa-miR-548n
Exosome Plasma     23663360
Exosome Breast milk|Cell lines|Epididymal epithelial cells|Osteoblast|Plasma|Primary glioblastoma neurosphere cells|Primary keratinocyte|Saliva|Serum|Urine     -
Microvesicle Fibroblasts|Mesenchymal stem cells     -
CGAS
Exosome Blood     -

Interaction Network (The top 100 interactions):


Interactor1: hsa-miR-548n
Interactor2: CGAS

Evidence Support:


Weak-Evidence PAR-CLIP
Support Database ViRBase

References:


PMID 22291592 Target region 3'UTR
Source ViRBase Interactor1 expression None
Tissue or cell line EF3D-AGO2 cells//LCL35 cells//LCL-BAC cells//LCL-BAC-D1 cells//LCL-BAC-D3 cells Interactor2 expression None
Description We identified 7, 827 miRNA-interaction sites in 3, 492 cellular 3'UTRs. 531 of these sites contained seed matches to viral miRNAs.Table S6: High confidence miRNA-interaction sites in 3'UTRs.

Starting a new search, please wait ...