Basic Information:

  VIRBase ID:  

HHID00068746

  Virus:  

Human gammaherpesvirus 4 (Epstein-Barr virus, EPV)

  Host:  

Homo sapiens

  Confidence Score:  

0.4752

  Interaction Type:  

Host-Host interaction

  Predicted Binding:

 

      hsa-miR-320b:  MIMAT0005792          RASA1:  NM_002890     

      *It may take a few minutes to display results.

Interactor Information:

	Interactor1	Interactor2
Symbol	hsa-miR-320b	RASA1
miRBase Accession/Entrez ID	MIMAT0005792	5921
Organism	Homo sapiens	Homo sapiens
Category	miRNA	mRNA
Alias	-	CM-AVM//CMAVM//CMAVM1//GAP//p120//p120GAP//p120RASGAP//PKWS//RASA//RASGAP

ncRNA SNP information:

Resource	Symbol	SNP ID	SNP Position	Ref/Alt
miRNASNP-v3	hsa-miR-320b	rs1156276707 chr1:116671796    G/T rs1311857670 chr1:116671805    GCAAA/G rs1373244526 chr1:116671806    C/T rs1434535374 chr1:116671803    G/C rs755613466 chr1:116671797    T/C rs779451916 chr1:116671801    G/C rs1303311077 chr1:224257059    A/T rs1313950455 chr1:224257062    C/A rs1333032274 chr1:224257051    G/T rs1445839645 chr1:224257055    T/C rs1465806287 chr1:224257050    TGCCC/T rs745315768 chr1:224257052    C/T rs769446888 chr1:224257054    C/T rs1189118293 chr1:116671788    A/G rs1199375375 chr1:116671794    G/A rs1411861918 chr1:116671791    G/T rs1469116635 chr1:116671792    C/CTGGGTTGAGAGGGCAAACAAATTAACTAAT rs1030808536 chr1:224257064    A/T rs774951709 chr1:224257069    T/C

RNA Editing:

Resource	Symbol	Editing Position	Change	Genetic Region
RADAR	RASA1	chr5:86574297(+) A-I      intronic chr5:86576185(+) A-I      intronic chr5:86567783(+) A-I      intronic chr5:86576364(+) A-I      intronic chr5:86576382(+) A-I      intronic chr5:86585514(+) A-I      intronic chr5:86585540(+) A-I      intronic chr5:86585561(+) A-I      intronic chr5:86585562(+) A-I      intronic chr5:86594212(+) A-I      intronic chr5:86603228(+) A-I      intronic chr5:86567715(+) A-I      intronic chr5:86567452(+) A-I      intronic chr5:86566988(+) A-I      intronic chr5:86566976(+) A-I      intronic chr5:86566880(+) A-I      intronic chr5:86566836(+) A-I      intronic chr5:86566393(+) A-I      intronic chr5:86566301(+) A-I      intronic chr5:86565984(+) A-I      intronic chr5:86565979(+) A-I      intronic chr5:86574295(+) A-I      intronic chr5:86574283(+) A-I      intronic chr5:86574092(+) A-I      intronic chr5:86567890(+) A-I      intronic chr5:86567489(+) A-I      intronic chr5:86576330(+) A-I      intronic chr5:86574176(+) A-I      intronic chr5:86567849(+) A-I      intronic chr5:86687507(+) A-I      3'UTR chr5:86687502(+) A-I      3'UTR chr5:86687465(+) A-I      3'UTR chr5:86687473(+) A-I      3'UTR chr5:86687482(+) A-I      3'UTR chr5:86687532(+) A-I      3'UTR chr5:86687528(+) A-I      3'UTR chr5:86687474(+) A-I      3'UTR chr5:86687527(+) A-I      3'UTR chr5:86687514(+) A-I      3'UTR chr5:86567956(+) A-I      intronic chr5:86574832(+) A-I      intronic chr5:86577192(+) A-I      intronic chr5:86566398(+) A-I      intronic chr5:86574953(+) A-I      intronic chr5:86677909(+) A-I      intronic chr5:86566294(+) A-I      intronic chr5:86585601(+) A-I      intronic chr5:86652307(+) A-I      intronic chr5:86566346(+) A-I      intronic chr5:86567417(+) A-I      intronic chr5:86566403(+) A-I      intronic chr5:86566374(+) A-I      intronic chr5:86565912(+) A-I      intronic chr5:86566320(+) A-I      intronic chr5:86566239(+) A-I      intronic chr5:86566426(+) A-I      intronic chr5:86594146(+) A-I      intronic chr5:86566304(+) A-I      intronic chr5:86565898(+) A-I      intronic chr5:86677849(+) A-I      intronic chr5:86653407(+) A-I      intronic chr5:86652260(+) A-I      intronic chr5:86653424(+) A-I      intronic chr5:86566940(+) A-I      intronic chr5:86621991(+) A-I      intronic chr5:86567465(+) A-I      intronic chr5:86577462(+) A-I      intronic chr5:86574269(+) A-I      intronic chr5:86567769(+) A-I      intronic chr5:86678829(+) A-I      intronic chr5:86574860(+) A-I      intronic chr5:86567751(+) A-I      intronic chr5:86623598(+) A-I      intronic chr5:86574975(+) A-I      intronic chr5:86678834(+) A-I      intronic chr5:86565911(+) A-I      intronic chr5:86585545(+) A-I      intronic chr5:86567439(+) A-I      intronic chr5:86566375(+) A-I      intronic chr5:86638197(+) A-I      intronic chr5:86576223(+) A-I      intronic chr5:86576210(+) A-I      intronic chr5:86595984(+) A-I      intronic chr5:86574911(+) A-I      intronic chr5:86678771(+) A-I      intronic chr5:86576393(+) A-I      intronic chr5:86567707(+) A-I      intronic chr5:86566265(+) A-I      intronic chr5:86678900(+) A-I      intronic chr5:86567822(+) A-I      intronic chr5:86566425(+) A-I      intronic chr5:86602707(+) A-I      intronic chr5:86567433(+) A-I      intronic chr5:86567522(+) A-I      intronic chr5:86566908(+) A-I      intronic chr5:86576207(+) A-I      intronic chr5:86585513(+) A-I      intronic chr5:86621934(+) A-I      intronic chr5:86567794(+) A-I      intronic chr5:86566446(+) A-I      intronic chr5:86574790(+) A-I      intronic chr5:86566386(+) A-I      intronic chr5:86567500(+) A-I      intronic chr5:86602695(+) A-I      intronic chr5:86565839(+) A-I      intronic chr5:86565968(+) A-I      intronic chr5:86567784(+) A-I      intronic chr5:86567567(+) A-I      intronic chr5:86581155(+) A-I      intronic chr5:86577116(+) A-I      intronic chr5:86576181(+) A-I      intronic chr5:86566841(+) A-I      intronic chr5:86567955(+) A-I      intronic chr5:86585527(+) A-I      intronic chr5:86566801(+) A-I      intronic chr5:86585452(+) A-I      intronic chr5:86587268(+) A-I      intronic chr5:86585528(+) A-I      intronic chr5:86678042(+) A-I      intronic chr5:86567887(+) A-I      intronic chr5:86587267(+) A-I      intronic chr5:86577578(+) A-I      intronic chr5:86576230(+) A-I      intronic chr5:86565903(+) A-I      intronic chr5:86567483(+) A-I      intronic

Resource	Symbol	Editing Position	Change	SeqReg	exReg	PMID
DARNED	RASA1	chr5:86616395(+) A-I intron -    22327324 chr5:86618473(+) A-I intron -    22327324 chr5:86678834(+) A-I intron -    22327324 chr5:86678896(+) A-I intron -    22327324 chr5:86616339(+) A-C intron -    22484847 chr5:86616383(+) A-G intron -    22484847 chr5:86616395(+) T-C intron -    22484847 chr5:86618210(+) T-C intron -    22484847 chr5:86618432(+) T-C intron -    22484847 chr5:86618473(+) T-C intron -    22484847 chr5:86618475(+) T-C intron -    22484847 chr5:86618509(+) T-C intron -    22484847 chr5:86618510(+) T-C intron -    22484847 chr5:86565911(+) A-G intron -    22484847 chr5:86565912(+) A-G intron -    22484847 chr5:86566265(+) A-G intron -    22484847 chr5:86566374(+) A-G intron -    22484847 chr5:86566403(+) A-G intron -    22484847 chr5:86566416(+) A-G intron -    22484847 chr5:86566425(+) A-G intron -    22484847 chr5:86566841(+) A-G intron -    22484847 chr5:86566842(+) A-G intron -    22484847 chr5:86566886(+) T-A intron -    22484847 chr5:86566908(+) A-G intron -    22484847 chr5:86566935(+) A-G intron -    22484847 chr5:86566948(+) A-G intron -    22484847 chr5:86567433(+) A-G intron -    22484847 chr5:86567439(+) A-G intron -    22484847 chr5:86567465(+) A-G intron -    22484847 chr5:86567472(+) A-G intron -    22484847 chr5:86567483(+) A-G intron -    22484847 chr5:86567509(+) A-G intron -    22484847 chr5:86567522(+) A-G intron -    22484847 chr5:86567567(+) A-G intron -    22484847 chr5:86567576(+) A-G intron -    22484847 chr5:86567707(+) A-G intron -    22484847 chr5:86571654(+) C-G intron -    22484847 chr5:86574911(+) A-G intron -    22484847 chr5:86574953(+) A-G intron -    22484847 chr5:86574975(+) A-G intron -    22484847 chr5:86576230(+) A-G intron -    22484847 chr5:86576327(+) A-G intron -    22484847 chr5:86577192(+) A-G intron -    22484847 chr5:86577462(+) A-G intron -    22484847 chr5:86577578(+) A-G intron -    22484847 chr5:86585452(+) A-G intron -    22484847 chr5:86585513(+) A-G intron -    22484847 chr5:86585527(+) A-G intron -    22484847 chr5:86585528(+) A-G intron -    22484847 chr5:86585589(+) A-G intron -    22484847 chr5:86587085(+) A-G intron -    22484847 chr5:86587126(+) T-C intron -    22484847 chr5:86587130(+) T-C intron -    22484847 chr5:86594111(+) A-G intron -    22484847 chr5:86594146(+) A-G intron -    22484847 chr5:86602707(+) A-G intron -    22484847 chr5:86602749(+) T-C intron -    22484847 chr5:86602786(+) T-C intron -    22484847 chr5:86602791(+) T-C intron -    22484847 chr5:86609855(+) A-T intron -    22484847 chr5:86621892(+) T-C intron -    22484847 chr5:86621912(+) T-C intron -    22484847 chr5:86621921(+) T-C intron -    22484847 chr5:86622074(+) T-C intron -    22484847 chr5:86623560(+) T-C intron -    22484847 chr5:86625172(+) T-C intron -    22484847 chr5:86625183(+) T-C intron -    22484847 chr5:86625207(+) T-C intron -    22484847 chr5:86625223(+) T-C intron -    22484847 chr5:86652299(+) T-C intron -    22484847 chr5:86652340(+) A-G intron -    22484847 chr5:86653400(+) T-C intron -    22484847 chr5:86653446(+) T-C intron -    22484847 chr5:86653465(+) T-C intron -    22484847 chr5:86653475(+) T-C intron -    22484847 chr5:86653513(+) T-C intron -    22484847 chr5:86656013(+) A-G intron -    22484847 chr5:86656046(+) C-T intron -    22484847 chr5:86673272(+) T-C intron -    22484847 chr5:86677804(+) T-C intron -    22484847 chr5:86677806(+) T-C intron -    22484847 chr5:86677807(+) T-C intron -    22484847 chr5:86677842(+) T-C intron -    22484847 chr5:86677849(+) A-G intron -    22484847 chr5:86677862(+) A-G intron -    22484847 chr5:86677865(+) T-C intron -    22484847 chr5:86677866(+) T-C intron -    22484847 chr5:86678035(+) T-C intron -    22484847 chr5:86678798(+) T-C intron -    22484847 chr5:86678809(+) T-C intron -    22484847 chr5:86678829(+) A-G intron -    22484847 chr5:86678834(+) A-G intron -    22484847 chr5:86678896(+) A-G intron -    22484847 chr5:86678905(+) T-C intron -    22484847

RNA Modification:

Resource	Symbol	ModificationPosition	Type	Genomic Context	PMID
RMBase	RASA1	chr5:86563868-86563869(+) m6A 5'UTR       - chr5:86563883-86563884(+) m1A 5'UTR       26863196 chr5:86564430-86564431(+) m6A CDS       24284625//24209618//25456834//24981863//22608085 chr5:86564445-86564446(+) m6A CDS       24284625//24209618//25456834//24981863//22608085 chr5:86564522-86564523(+) m6A CDS       24284625//24209618//25456834//24981863//22575960//22608085 chr5:86564594-86564595(+) m6A CDS       24284625//24209618//25456834//24981863//22575960//22608085 chr5:86564605-86564606(+) m6A CDS       24284625//24209618//25456834//24981863//22575960//22608085 chr5:86564621-86564622(+) m6A CDS       24284625//24209618//25456834//24981863//22575960//22608085 chr5:86564646-86564647(+) m6A CDS       24284625//24209618//25456834//24981863//22575960//22608085 chr5:86564721-86564722(+) m6A CDS       24284625//24209618//24981863 chr5:86564750-86564751(+) m6A 5'UTR//CDS       24284625 chr5:86564817-86564818(+) m6A 5'UTR//intron       - chr5:86686682-86686683(+) m6A 3'UTR//CDS       27773535 chr5:86686832-86686833(+) m6A 3'UTR       24284625//27773535 chr5:86686955-86686956(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//24981863//26404942//22608085 chr5:86687003-86687004(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//24981863//26404942//22608085 chr5:86687065-86687066(+) m6A 3'UTR       24981863//26404942//22608085 chr5:86687088-86687089(+) m6A 3'UTR       24981863//26404942//22608085 chr5:86687127-86687128(+) m6A 3'UTR       24981863//22608085

RNA Localization:

Resource	Symbol	Subcellular Localization	Tissue or Cell Line	PMID
RNALocate	hsa-miR-320b	Cytoplasm Nasopharyngeal carcinoma cells     20498841 Cytoplasm Breast adenocarcinoma cells (MCF-7)|Cervical adenocarcinoma cells (HeLa)     24918059 Exosome Pooled sera     27278097 Exosome Breast cancer cell line (MCF-7)     20976003 Exosome Ovarian follicular fluid     22116803 Exosome Plasma     23663360 Exosome Colon cancer cell line (LIM1863)     25330373 Exosome Breast milk|Cell lines|Epididymal epithelial cells|Osteoblast|Plasma|Primary glioblastoma neurosphere cells|Primary keratinocyte|Saliva|Serum|Urine     - Microvesicle Plasma     23077538 Microvesicle Seminal plasma     23539611 Microvesicle Hepatoma cells     23771658 Microvesicle Serum     24797360 Microvesicle Colon cancer cell line (LIM1863)|Fibroblasts|Mesenchymal stem cells|Urine     - Mitochondrion Skeletal muscle myoblasts     21637849 Mitochondrion Cell line (HEK-293|HeLa)     22984580 Nucleus Breast adenocarcinoma cells (MCF-7)|Cervical adenocarcinoma cells (HeLa)     24918059 Nucleus Nasopharyngeal carcinoma cells     20498841
	RASA1	Chromatin K562 cells     - Cytosol HCC cell line (HepG2)|HeLa-S3 cells|K562 cells     - Exosome Blood     - Nucleolus K562 cells     - Nucleoplasm K562 cells     - Nucleus HCC cell line (HepG2)|HeLa-S3 cells|K562 cells     -

Related Drug Information:

Resource	Symbol	Drug Name	PubChem ID	Function	Link
RNAInter	hsa-miR-320b	Eloxatine 5310940 Drug interaction    RC00007663 cis-Diaminedichloroplatinum 2767 Drug interaction    RC00007662 Benzene 241 Drug interaction    RC00007661 Marine fungal metabolite 1386A - Drug interaction    RC00007664

Resource	Symbol	Drug Name	PubChem ID
RNAactDrug	hsa-miR-320b	Topotecan       60700

Interaction Network (The top 100 interactions):

Interactor1: hsa-miR-320b
Interactor2: RASA1

Evidence Support:

Weak-Evidence	PAR-CLIP
Support Database	ViRBase

References:

PMID	22291592	Target region	3'UTR
Source	ViRBase	Interactor1 expression	None
Tissue or cell line	EF3D-AGO2 cells//LCL35 cells//LCL-BAC cells//LCL-BAC-D1 cells//LCL-BAC-D3 cells	Interactor2 expression	None
Description	We identified 7, 827 miRNA-interaction sites in 3, 492 cellular 3'UTRs. 531 of these sites contained seed matches to viral miRNAs.Table S6: High confidence miRNA-interaction sites in 3'UTRs.