Basic Information:

  VIRBase ID:  

HHID00066836

  Virus:  

Human gammaherpesvirus 4 (Epstein-Barr virus, EPV)

  Host:  

Homo sapiens

  Confidence Score:  

0.4752

  Interaction Type:  

Host-Host interaction

  Predicted Binding:

 

      hsa-miR-500a-5p:  MIMAT0004773          HS2ST1:  NM_012262     

      *It may take a few minutes to display results.

Interactor Information:

	Interactor1	Interactor2
Symbol	hsa-miR-500a-5p	HS2ST1
miRBase Accession/Entrez ID	MIMAT0004773	9653
Organism	Homo sapiens	Homo sapiens
Category	miRNA	mRNA
Alias	-	dJ604K5.2//NFSRA

ncRNA SNP information:

Resource	Symbol	SNP ID	SNP Position	Ref/Alt
miRNASNP-v3	hsa-miR-500a-5p	rs1221490724 chrX:50008465    A/G rs1557181893 chrX:50008443    T/G rs1557181895 chrX:50008452    C/G rs1557181897 chrX:50008453    T/A rs1557181900 chrX:50008458    G/A rs1557181900 chrX:50008458    G/C rs1557181904 chrX:50008463    A/T rs369176381 chrX:50008450    T/G

RNA Editing:

Resource	Symbol	Editing Position	Change	Genetic Region
RADAR	HS2ST1	chr1:87567083(+) A-I      intronic chr1:87511968(+) A-I      intronic chr1:87467516(+) A-I      intronic chr1:87567088(+) A-I      intronic chr1:87511963(+) A-I      intronic chr1:87511948(+) A-I      intronic chr1:87511937(+) A-I      intronic chr1:87512125(+) A-I      intronic chr1:87512115(+) A-I      intronic chr1:87512100(+) A-I      intronic chr1:87512093(+) A-I      intronic chr1:87512047(+) A-I      intronic chr1:87512045(+) A-I      intronic chr1:87511983(+) A-I      intronic chr1:87511973(+) A-I      intronic chr1:87511970(+) A-I      intronic chr1:87567125(+) A-I      intronic chr1:87567111(+) A-I      intronic chr1:87567110(+) A-I      intronic chr1:87409557(+) A-I      intronic chr1:87409551(+) A-I      intronic chr1:87409440(+) A-I      intronic chr1:87409378(+) A-I      intronic chr1:87409360(+) A-I      intronic chr1:87409342(+) A-I      intronic chr1:87409322(+) A-I      intronic chr1:87407245(+) A-I      intronic chr1:87405853(+) A-I      intronic chr1:87401382(+) A-I      intronic chr1:87401369(+) A-I      intronic chr1:87401367(+) A-I      intronic chr1:87401353(+) A-I      intronic chr1:87401327(+) A-I      intronic chr1:87401210(+) A-I      intronic chr1:87400591(+) A-I      intronic chr1:87397718(+) A-I      intronic chr1:87397696(+) A-I      intronic chr1:87383146(+) A-I      intronic chr1:87383123(+) A-I      intronic chr1:87382992(+) A-I      intronic chr1:87382938(+) A-I      intronic chr1:87449448(+) A-I      intronic chr1:87401169(+) A-I      intronic chr1:87448340(+) A-I      intronic chr1:87448291(+) A-I      intronic chr1:87448267(+) A-I      intronic chr1:87442690(+) A-I      intronic chr1:87442682(+) A-I      intronic chr1:87442614(+) A-I      intronic chr1:87442483(+) A-I      intronic chr1:87438159(+) A-I      intronic chr1:87438104(+) A-I      intronic chr1:87436312(+) A-I      intronic chr1:87436311(+) A-I      intronic chr1:87436286(+) A-I      intronic chr1:87436263(+) A-I      intronic chr1:87434200(+) A-I      intronic chr1:87434153(+) A-I      intronic chr1:87425190(+) A-I      intronic chr1:87425185(+) A-I      intronic chr1:87425176(+) A-I      intronic chr1:87423718(+) A-I      intronic chr1:87423685(+) A-I      intronic chr1:87423552(+) A-I      intronic chr1:87421490(+) A-I      intronic chr1:87421489(+) A-I      intronic chr1:87421486(+) A-I      intronic chr1:87419944(+) A-I      intronic chr1:87448382(+) A-I      intronic chr1:87449558(+) A-I      intronic chr1:87449563(+) A-I      intronic chr1:87449648(+) A-I      intronic chr1:87449657(+) A-I      intronic chr1:87450838(+) A-I      intronic chr1:87456420(+) A-I      intronic chr1:87456455(+) A-I      intronic chr1:87456456(+) A-I      intronic chr1:87456465(+) A-I      intronic chr1:87458189(+) A-I      intronic chr1:87467397(+) A-I      intronic chr1:87467401(+) A-I      intronic chr1:87467454(+) A-I      intronic chr1:87467479(+) A-I      intronic chr1:87467558(+) A-I      intronic chr1:87467579(+) A-I      intronic chr1:87468075(+) A-I      intronic chr1:87468193(+) A-I      intronic chr1:87469909(+) A-I      intronic chr1:87469954(+) A-I      intronic chr1:87474558(+) A-I      intronic chr1:87474566(+) A-I      intronic chr1:87474747(+) A-I      intronic chr1:87475440(+) A-I      intronic chr1:87475597(+) A-I      intronic chr1:87419823(+) A-I      intronic chr1:87419810(+) A-I      intronic chr1:87419372(+) A-I      intronic chr1:87419363(+) A-I      intronic chr1:87419348(+) A-I      intronic chr1:87419335(+) A-I      intronic chr1:87419287(+) A-I      intronic chr1:87419233(+) A-I      intronic chr1:87419207(+) A-I      intronic chr1:87414871(+) A-I      intronic chr1:87414861(+) A-I      intronic chr1:87414848(+) A-I      intronic chr1:87410320(+) A-I      intronic chr1:87410187(+) A-I      intronic chr1:87410150(+) A-I      intronic chr1:87410108(+) A-I      intronic chr1:87476519(+) A-I      intronic chr1:87476548(+) A-I      intronic chr1:87476555(+) A-I      intronic chr1:87476568(+) A-I      intronic chr1:87476666(+) A-I      intronic chr1:87480832(+) A-I      intronic chr1:87496022(+) A-I      intronic chr1:87496030(+) A-I      intronic chr1:87496034(+) A-I      intronic chr1:87496702(+) A-I      intronic chr1:87496862(+) A-I      intronic chr1:87496876(+) A-I      intronic chr1:87529044(+) A-I      intronic chr1:87529217(+) A-I      intronic chr1:87544832(+) A-I      intronic chr1:87545633(+) A-I      intronic chr1:87545646(+) A-I      intronic chr1:87564580(+) A-I      intronic chr1:87566353(+) A-I      intronic chr1:87566453(+) A-I      intronic chr1:87566577(+) A-I      intronic chr1:87567033(+) A-I      intronic chr1:87487298(+) A-I      intronic chr1:87496723(+) A-I      intronic chr1:87409246(+) A-I      intronic chr1:87468080(+) A-I      intronic chr1:87418060(+) A-I      intronic chr1:87397731(+) A-I      intronic chr1:87418050(+) A-I      intronic chr1:87435688(+) A-I      intronic chr1:87467802(+) A-I      intronic chr1:87419176(+) A-I      intronic chr1:87495986(+) A-I      intronic chr1:87400606(+) A-I      intronic chr1:87401280(+) A-I      intronic chr1:87566445(+) A-I      intronic chr1:87474590(+) A-I      intronic chr1:87438135(+) A-I      intronic chr1:87423660(+) A-I      intronic chr1:87483094(+) A-I      intronic chr1:87397734(+) A-I      intronic chr1:87409226(+) A-I      intronic chr1:87438162(+) A-I      intronic chr1:87480796(+) A-I      intronic chr1:87409262(+) A-I      intronic chr1:87474727(+) A-I      intronic chr1:87383095(+) A-I      intronic chr1:87423617(+) A-I      intronic chr1:87438134(+) A-I      intronic chr1:87544830(+) A-I      intronic chr1:87419854(+) A-I      intronic chr1:87419855(+) A-I      intronic chr1:87400464(+) A-I      intronic chr1:87496084(+) A-I      intronic chr1:87566409(+) A-I      intronic chr1:87474591(+) A-I      intronic chr1:87467426(+) A-I      intronic chr1:87449470(+) A-I      intronic chr1:87434227(+) A-I      intronic chr1:87490064(+) A-I      intronic chr1:87436223(+) A-I      intronic chr1:87487251(+) A-I      intronic chr1:87468020(+) A-I      intronic chr1:87435687(+) A-I      intronic chr1:87480801(+) A-I      intronic chr1:87442629(+) A-I      intronic chr1:87409245(+) A-I      intronic chr1:87566514(+) A-I      intronic chr1:87420630(+) A-I      intronic chr1:87434136(+) A-I      intronic chr1:87468197(+) A-I      intronic chr1:87410138(+) A-I      intronic chr1:87567883(+) A-I      intronic chr1:87397667(+) A-I      intronic chr1:87400364(+) A-I      intronic chr1:87475462(+) A-I      intronic chr1:87419911(+) A-I      intronic chr1:87423534(+) A-I      intronic chr1:87419322(+) A-I      intronic chr1:87547620(+) A-I      intronic chr1:87434336(+) A-I      intronic chr1:87566457(+) A-I      intronic chr1:87566529(+) A-I      intronic chr1:87423547(+) A-I      intronic chr1:87474762(+) A-I      intronic chr1:87420589(+) A-I      intronic chr1:87496107(+) A-I      intronic chr1:87468012(+) A-I      intronic chr1:87452968(+) A-I      intronic chr1:87400496(+) A-I      intronic chr1:87401409(+) A-I      intronic chr1:87567087(+) A-I      intronic chr1:87414817(+) A-I      intronic chr1:87444807(+) A-I      intronic chr1:87496697(+) A-I      intronic chr1:87423605(+) A-I      intronic chr1:87566483(+) A-I      intronic chr1:87423615(+) A-I      intronic chr1:87468167(+) A-I      intronic chr1:87415173(+) A-I      intronic chr1:87476721(+) A-I      intronic chr1:87410148(+) A-I      intronic chr1:87419184(+) A-I      intronic chr1:87410235(+) A-I      intronic chr1:87415268(+) A-I      intronic chr1:87400432(+) A-I      intronic chr1:87419857(+) A-I      intronic chr1:87468157(+) A-I      intronic chr1:87489929(+) A-I      intronic chr1:87564545(+) A-I      intronic chr1:87436163(+) A-I      intronic chr1:87397647(+) A-I      intronic chr1:87414869(+) A-I      intronic chr1:87487337(+) A-I      intronic chr1:87400500(+) A-I      intronic chr1:87476669(+) A-I      intronic chr1:87567764(+) A-I      intronic chr1:87467725(+) A-I      intronic chr1:87423673(+) A-I      intronic chr1:87510808(+) A-I      intronic chr1:87414811(+) A-I      intronic chr1:87407193(+) A-I      intronic chr1:87414957(+) A-I      intronic chr1:87405966(+) A-I      intronic chr1:87450478(+) A-I      intronic chr1:87545670(+) A-I      intronic chr1:87548159(+) A-I      intronic chr1:87536216(+) A-I      intronic chr1:87544925(+) A-I      intronic chr1:87474756(+) A-I      intronic chr1:87410155(+) A-I      intronic chr1:87397719(+) A-I      intronic chr1:87567034(+) A-I      intronic chr1:87435554(+) A-I      intronic chr1:87442572(+) A-I      intronic chr1:87419872(+) A-I      intronic chr1:87397733(+) A-I      intronic chr1:87401361(+) A-I      intronic chr1:87493466(+) A-I      intronic chr1:87409240(+) A-I      intronic chr1:87400595(+) A-I      intronic chr1:87419982(+) A-I      intronic chr1:87400447(+) A-I      intronic chr1:87474575(+) A-I      intronic chr1:87423508(+) A-I      intronic chr1:87423737(+) A-I      intronic chr1:87409358(+) A-I      intronic chr1:87475731(+) A-I      intronic chr1:87419981(+) A-I      intronic chr1:87474748(+) A-I      intronic chr1:87423593(+) A-I      intronic chr1:87475673(+) A-I      intronic chr1:87566505(+) A-I      intronic chr1:87496676(+) A-I      intronic chr1:87566481(+) A-I      intronic chr1:87397709(+) A-I      intronic chr1:87566410(+) A-I      intronic chr1:87401275(+) A-I      intronic chr1:87423661(+) A-I      intronic chr1:87405813(+) A-I      intronic chr1:87423656(+) A-I      intronic chr1:87383122(+) A-I      intronic chr1:87409243(+) A-I      intronic chr1:87414904(+) A-I      intronic chr1:87468198(+) A-I      intronic chr1:87435758(+) A-I      intronic chr1:87489930(+) A-I      intronic chr1:87419905(+) A-I      intronic chr1:87409198(+) A-I      intronic chr1:87469953(+) A-I      intronic chr1:87468131(+) A-I      intronic chr1:87444609(+) A-I      intronic chr1:87405789(+) A-I      intronic chr1:87566506(+) A-I      intronic chr1:87453031(+) A-I      intronic chr1:87545663(+) A-I      intronic chr1:87468114(+) A-I      intronic chr1:87423602(+) A-I      intronic chr1:87409308(+) A-I      intronic chr1:87493465(+) A-I      intronic chr1:87480904(+) A-I      intronic chr1:87448217(+) A-I      intronic chr1:87544921(+) A-I      intronic chr1:87435677(+) A-I      intronic chr1:87496863(+) A-I      intronic chr1:87415165(+) A-I      intronic chr1:87438098(+) A-I      intronic chr1:87402529(+) A-I      intronic chr1:87467486(+) A-I      intronic chr1:87545546(+) A-I      intronic chr1:87452959(+) A-I      intronic chr1:87475463(+) A-I      intronic chr1:87468219(+) A-I      intronic chr1:87415179(+) A-I      intronic chr1:87432757(+) A-I      intronic chr1:87415156(+) A-I      intronic chr1:87405814(+) A-I      intronic chr1:87467374(+) A-I      intronic chr1:87490069(+) A-I      intronic chr1:87425091(+) A-I      intronic chr1:87566397(+) A-I      intronic chr1:87400433(+) A-I      intronic chr1:87438158(+) A-I      intronic chr1:87474737(+) A-I      intronic chr1:87476530(+) A-I      intronic chr1:87490023(+) A-I      intronic chr1:87419323(+) A-I      intronic chr1:87432754(+) A-I      intronic chr1:87475668(+) A-I      intronic chr1:87436158(+) A-I      intronic chr1:87449452(+) A-I      intronic

Resource	Symbol	Editing Position	Change	SeqReg	exReg	PMID
DARNED	HS2ST1	chr1:87400364(+) A-I intron -    15342557 chr1:87400432(+) A-I intron -    15342557 chr1:87400433(+) A-I intron -    15342557 chr1:87400500(+) A-I intron -    15342557 chr1:87400606(+) A-I intron -    15342557 chr1:87510808(+) A-I intron -    22327324 chr1:87383095(+) A-G intron -    22484847 chr1:87397647(+) A-G intron -    22484847 chr1:87397667(+) A-G intron -    22484847 chr1:87397709(+) A-G intron -    22484847 chr1:87397719(+) A-G intron -    22484847 chr1:87397733(+) A-G intron -    22484847 chr1:87397734(+) A-G intron -    22484847 chr1:87401361(+) A-G intron -    22484847 chr1:87405789(+) A-G intron -    22484847 chr1:87405813(+) A-G intron -    22484847 chr1:87405814(+) A-G intron -    22484847 chr1:87407193(+) A-G intron -    22484847 chr1:87414869(+) A-G intron -    22484847 chr1:87415173(+) A-G intron -    22484847 chr1:87418050(+) A-G intron -    22484847 chr1:87418060(+) A-G intron -    22484847 chr1:87419872(+) A-G intron -    22484847 chr1:87419981(+) A-G intron -    22484847 chr1:87419982(+) A-G intron -    22484847 chr1:87420630(+) A-G intron -    22484847 chr1:87423534(+) A-G intron -    22484847 chr1:87423547(+) A-G intron -    22484847 chr1:87423593(+) A-G intron -    22484847 chr1:87423602(+) A-G intron -    22484847 chr1:87423605(+) A-G intron -    22484847 chr1:87423615(+) A-G intron -    22484847 chr1:87423617(+) A-G intron -    22484847 chr1:87423656(+) A-G intron -    22484847 chr1:87423660(+) A-G intron -    22484847 chr1:87423661(+) A-G intron -    22484847 chr1:87423673(+) A-G intron -    22484847 chr1:87423737(+) A-G intron -    22484847 chr1:87425091(+) A-G intron -    22484847 chr1:87434136(+) A-G intron -    22484847 chr1:87435677(+) A-G intron -    22484847 chr1:87435687(+) A-G intron -    22484847 chr1:87435688(+) A-G intron -    22484847 chr1:87438098(+) A-G intron -    22484847 chr1:87438134(+) A-G intron -    22484847 chr1:87438135(+) A-G intron -    22484847 chr1:87442629(+) A-G intron -    22484847 chr1:87444609(+) A-G intron -    22484847 chr1:87448217(+) A-G intron -    22484847 chr1:87450478(+) A-G intron -    22484847 chr1:87467374(+) A-G intron -    22484847 chr1:87467426(+) A-G intron -    22484847 chr1:87467486(+) A-G intron -    22484847 chr1:87467802(+) A-G intron -    22484847 chr1:87468012(+) A-G intron -    22484847 chr1:87468020(+) A-G intron -    22484847 chr1:87468131(+) A-G intron -    22484847 chr1:87474575(+) A-G intron -    22484847 chr1:87474590(+) A-G intron -    22484847 chr1:87474591(+) A-G intron -    22484847 chr1:87474727(+) A-G intron -    22484847 chr1:87474737(+) A-G intron -    22484847 chr1:87474756(+) A-G intron -    22484847 chr1:87475462(+) A-G intron -    22484847 chr1:87475463(+) A-G intron -    22484847 chr1:87475668(+) A-G intron -    22484847 chr1:87475673(+) A-G intron -    22484847 chr1:87475731(+) A-G intron -    22484847 chr1:87475743(+) A-C intron -    22484847 chr1:87476530(+) A-G intron -    22484847 chr1:87476669(+) A-G intron -    22484847 chr1:87480748(+) T-A intron -    22484847 chr1:87480749(+) T-G intron -    22484847 chr1:87480750(+) T-A intron -    22484847 chr1:87480751(+) G-C intron -    22484847 chr1:87480796(+) A-G intron -    22484847 chr1:87480801(+) A-G intron -    22484847 chr1:87487251(+) A-G intron -    22484847 chr1:87496084(+) A-G intron -    22484847 chr1:87496107(+) A-G intron -    22484847 chr1:87496676(+) A-G intron -    22484847 chr1:87496697(+) A-G intron -    22484847 chr1:87517908(+) G-C intron -    22484847 chr1:87544830(+) A-G intron -    22484847 chr1:87544921(+) A-G intron -    22484847 chr1:87544925(+) A-G intron -    22484847 chr1:87545663(+) A-G intron -    22484847 chr1:87550575(+) G-A intron -    22484847 chr1:87566397(+) A-G intron -    22484847 chr1:87567034(+) A-G intron -    22484847 chr1:87567087(+) A-G intron -    22484847

RNA Modification:

Resource	Symbol	ModificationPosition	Type	Genomic Context	PMID
RMBase	HS2ST1	chr1:87380419-87380420(+) m6A 5'UTR       25456834//24981863//22608085 chr1:87380521-87380522(+) m6A 5'UTR       24284625//25456834//24981863//22608085 chr1:87380559-87380560(+) m6A 5'UTR       24284625//25456834//24981863 chr1:87538632-87538633(+) m6A 5'UTR//CDS       24981863 chr1:87538709-87538710(+) m6A CDS       24981863 chr1:87570175-87570176(+) m6A CDS       24284625//22608085 chr1:87570189-87570190(+) m6A CDS       24284625//24209618//22608085 chr1:87570201-87570202(+) m6A CDS       24284625//24209618//22608085 chr1:87570216-87570217(+) m6A CDS       24284625//24209618//24981863//27773535//22608085 chr1:87570320-87570321(+) m6A CDS       24284625//24209618//24981863//22575960//22608085 chr1:87570341-87570342(+) m6A CDS       24284625//24209618//24981863//26404942//27773535//22575960//22608085 chr1:87570374-87570375(+) m6A CDS       24284625//24209618//24981863//26404942//27773535//22575960//22608085 chr1:87570407-87570408(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//24981863//26404942//27773535//22575960//22608085 chr1:87570506-87570507(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//24981863//26404942//27773535//22575960//22608085 chr1:87570646-87570647(+) m6A 3'UTR       24981863//26404942//22608085 chr1:87571793-87571794(+) m6A 3'UTR       27773535 chr1:87572219-87572220(+) m6A 3'UTR       24981863 chr1:87572236-87572237(+) m6A 3'UTR       24981863 chr1:87572246-87572247(+) m6A 3'UTR       24981863 chr1:87572255-87572256(+) m6A 3'UTR       24981863 chr1:87572265-87572266(+) m6A 3'UTR       24981863 chr1:87572276-87572277(+) m6A 3'UTR       24981863 chr1:87572293-87572294(+) m6A 3'UTR       24981863 chr1:87575428-87575429(+) m6A 3'UTR       27773535 chr1:87575490-87575491(+) m6A 3'UTR       27773535

RNA Localization:

Resource	Symbol	Subcellular Localization	Tissue or Cell Line	PMID
RNALocate	hsa-miR-500a-5p	Exosome Primary dendritic cells     21505438 Exosome Plasma     23663360 Exosome Breast milk|Cell lines|Epididymal epithelial cells|Osteoblast|Plasma|Primary glioblastoma neurosphere cells|Primary keratinocyte|Saliva|Serum|Urine     - Microvesicle Seminal plasma     23539611 Microvesicle Colon cancer cell line (LIM1863)|Fibroblasts|Mesenchymal stem cells     - Mitochondrion Skeletal muscle myoblasts     21637849 Nucleus Breast adenocarcinoma cells (MCF-7)|Cervical adenocarcinoma cells (HeLa)     24918059
	HS2ST1	Chromatin K562 cells     - Cytosol HCC cell line (HepG2)     - Exosome Blood     - Membrane K562 cells     - Nucleoplasm K562 cells     - Nucleus HCC cell line (HepG2)|HeLa-S3 cells|K562 cells     - Ribosome Colon cancer cells     24393600

Interaction Network (The top 100 interactions):

Interactor1: hsa-miR-500a-5p
Interactor2: HS2ST1

Evidence Support:

Weak-Evidence	PAR-CLIP
Support Database	ViRBase

References:

PMID	22291592	Target region	CDS
Source	ViRBase	Interactor1 expression	None
Tissue or cell line	EF3D-AGO2 cells//LCL35 cells//LCL-BAC cells//LCL-BAC-D1 cells//LCL-BAC-D3 cells	Interactor2 expression	None
Description	We identified 7, 827 miRNA-interaction sites in 3, 492 cellular 3'UTRs. 531 of these sites contained seed matches to viral miRNAs.Table S6: High confidence miRNA-interaction sites in 3'UTRs.