Basic Information:

  VIRBase ID:  

HHID00066308

  Virus:  

Human gammaherpesvirus 4 (Epstein-Barr virus, EPV)

  Host:  

Homo sapiens

  Confidence Score:  

0.4752

  Interaction Type:  

Host-Host interaction

  Predicted Binding:

 

      hsa-miR-374a-3p:  MIMAT0004688          TNPO1:  NM_001364294     

      *It may take a few minutes to display results.

Interactor Information:

	Interactor1	Interactor2
Symbol	hsa-miR-374a-3p	TNPO1
miRBase Accession/Entrez ID	MIMAT0004688	3842
Organism	Homo sapiens	Homo sapiens
Category	miRNA	mRNA
Alias	-	IPO2//KPNB2//MIP//MIP1//TRN

ncRNA SNP information:

Resource	Symbol	SNP ID	SNP Position	Ref/Alt
miRNASNP-v3	hsa-miR-374a-3p	rs766292977 chrX:74287300    C/T

RNA Editing:

Resource	Symbol	Editing Position	Change	Genetic Region
RADAR	TNPO1	chr5:72147420(+) A-I      intronic chr5:72158262(+) A-I      intronic chr5:72158276(+) A-I      intronic chr5:72158280(+) A-I      intronic chr5:72158290(+) A-I      intronic chr5:72160536(+) A-I      intronic chr5:72164724(+) A-I      intronic chr5:72202244(+) A-I      intronic chr5:72201626(+) A-I      intronic chr5:72201557(+) A-I      intronic chr5:72186720(+) A-I      intronic chr5:72186781(+) A-I      intronic chr5:72164683(+) A-I      intronic chr5:72164678(+) A-I      intronic chr5:72203664(+) A-I      intronic chr5:72176441(+) A-I      intronic chr5:72176481(+) A-I      intronic chr5:72164031(+) A-I      intronic chr5:72186785(+) A-I      intronic chr5:72186798(+) A-I      intronic chr5:72176592(+) A-I      intronic chr5:72158389(+) A-I      intronic chr5:72158179(+) A-I      intronic chr5:72160625(+) A-I      intronic chr5:72160674(+) A-I      intronic chr5:72160710(+) A-I      intronic chr5:72161098(+) A-I      intronic chr5:72161106(+) A-I      intronic chr5:72160619(+) A-I      intronic chr5:72160633(+) A-I      intronic chr5:72186815(+) A-I      intronic chr5:72186847(+) A-I      intronic chr5:72186822(+) A-I      intronic chr5:72177118(+) A-I      intronic chr5:72158406(+) A-I      intronic chr5:72158675(+) A-I      intronic chr5:72160602(+) A-I      intronic chr5:72160577(+) A-I      intronic chr5:72160575(+) A-I      intronic chr5:72159247(+) A-I      intronic chr5:72159325(+) A-I      intronic chr5:72159441(+) A-I      intronic chr5:72160546(+) A-I      intronic chr5:72160535(+) A-I      intronic chr5:72152874(+) A-I      intronic chr5:72159468(+) A-I      intronic chr5:72159513(+) A-I      intronic chr5:72187242(+) A-I      intronic chr5:72164072(+) A-I      intronic chr5:72164098(+) A-I      intronic chr5:72164229(+) A-I      intronic chr5:72164241(+) A-I      intronic chr5:72164647(+) A-I      intronic chr5:72164650(+) A-I      intronic chr5:72164658(+) A-I      intronic chr5:72152964(+) A-I      intronic chr5:72186712(+) A-I      intronic chr5:72152998(+) A-I      intronic chr5:72161107(+) A-I      intronic chr5:72153002(+) A-I      intronic chr5:72154410(+) A-I      intronic chr5:72161108(+) A-I      intronic chr5:72162434(+) A-I      intronic chr5:72154477(+) A-I      intronic chr5:72154498(+) A-I      intronic chr5:72154512(+) A-I      intronic chr5:72154543(+) A-I      intronic chr5:72157370(+) A-I      intronic chr5:72164806(+) A-I      intronic chr5:72164747(+) A-I      intronic chr5:72164694(+) A-I      intronic chr5:72164685(+) A-I      intronic chr5:72164684(+) A-I      intronic chr5:72164674(+) A-I      intronic chr5:72201560(+) A-I      intronic chr5:72201571(+) A-I      intronic chr5:72164179(+) A-I      intronic chr5:72157468(+) A-I      intronic chr5:72157505(+) A-I      intronic chr5:72187247(+) A-I      intronic chr5:72157510(+) A-I      intronic chr5:72201488(+) A-I      intronic chr5:72177067(+) A-I      intronic chr5:72150964(+) A-I      intronic chr5:72150948(+) A-I      intronic chr5:72149037(+) A-I      intronic chr5:72147510(+) A-I      intronic chr5:72147464(+) A-I      intronic chr5:72147399(+) A-I      intronic chr5:72147397(+) A-I      intronic chr5:72177042(+) A-I      intronic chr5:72177038(+) A-I      intronic chr5:72201512(+) A-I      intronic chr5:72201538(+) A-I      intronic chr5:72202271(+) A-I      intronic chr5:72203837(+) A-I      intronic chr5:72177007(+) A-I      intronic chr5:72202285(+) A-I      intronic chr5:72201572(+) A-I      intronic chr5:72212069(+) A-I      3'UTR chr5:72158728(+) A-I      intronic chr5:72158743(+) A-I      intronic chr5:72201564(+) A-I      intronic chr5:72202148(+) A-I      intronic chr5:72159332(+) A-I      intronic chr5:72152891(+) A-I      intronic chr5:72160475(+) A-I      intronic chr5:72203754(+) A-I      intronic chr5:72154584(+) A-I      intronic chr5:72176433(+) A-I      intronic chr5:72159418(+) A-I      intronic chr5:72164138(+) A-I      intronic chr5:72203723(+) A-I      intronic chr5:72152877(+) A-I      intronic chr5:72164750(+) A-I      intronic chr5:72202218(+) A-I      intronic chr5:72153024(+) A-I      intronic chr5:72201617(+) A-I      intronic chr5:72202248(+) A-I      intronic chr5:72176456(+) A-I      intronic chr5:72152198(+) A-I      intronic chr5:72162454(+) A-I      intronic chr5:72164714(+) A-I      intronic chr5:72157466(+) A-I      intronic chr5:72158612(+) A-I      intronic chr5:72183350(+) A-I      intronic chr5:72161109(+) A-I      intronic chr5:72186820(+) A-I      intronic chr5:72165112(+) A-I      intronic chr5:72165227(+) A-I      intronic chr5:72175389(+) A-I      intronic chr5:72186932(+) A-I      intronic chr5:72203774(+) A-I      intronic chr5:72164633(+) A-I      intronic chr5:72157368(+) A-I      intronic chr5:72160636(+) A-I      intronic chr5:72159490(+) A-I      intronic chr5:72159484(+) A-I      intronic chr5:72157346(+) A-I      intronic chr5:72186810(+) A-I      intronic chr5:72158664(+) A-I      intronic chr5:72175814(+) A-I      intronic chr5:72211873(+) A-I      3'UTR chr5:72211987(+) A-I      3'UTR chr5:72212005(+) A-I      3'UTR chr5:72211927(+) A-I      3'UTR chr5:72159331(+) A-I      intronic chr5:72151073(+) A-I      intronic chr5:72164648(+) A-I      intronic chr5:72164620(+) A-I      intronic chr5:72176522(+) A-I      intronic chr5:72159410(+) A-I      intronic chr5:72158254(+) A-I      intronic chr5:72201569(+) A-I      intronic chr5:72187142(+) A-I      intronic chr5:72186944(+) A-I      intronic chr5:72201674(+) A-I      intronic chr5:72202392(+) A-I      intronic chr5:72201575(+) A-I      intronic chr5:72165289(+) A-I      intronic chr5:72152084(+) A-I      intronic chr5:72152158(+) A-I      intronic chr5:72186704(+) A-I      intronic chr5:72160529(+) A-I      intronic chr5:72118523(+) A-I      intronic chr5:72201467(+) A-I      intronic chr5:72187171(+) A-I      intronic chr5:72157465(+) A-I      intronic chr5:72201546(+) A-I      intronic chr5:72160675(+) A-I      intronic chr5:72187044(+) A-I      intronic chr5:72202223(+) A-I      intronic chr5:72157491(+) A-I      intronic chr5:72150923(+) A-I      intronic chr5:72187022(+) A-I      intronic chr5:72160616(+) A-I      intronic chr5:72201699(+) A-I      intronic chr5:72160553(+) A-I      intronic chr5:72201563(+) A-I      intronic chr5:72153089(+) A-I      intronic chr5:72187141(+) A-I      intronic chr5:72158434(+) A-I      intronic chr5:72161087(+) A-I      intronic chr5:72139287(+) A-I      intronic chr5:72201562(+) A-I      intronic chr5:72165102(+) A-I      intronic chr5:72202188(+) A-I      intronic chr5:72161014(+) A-I      intronic chr5:72164096(+) A-I      intronic chr5:72201645(+) A-I      intronic chr5:72202319(+) A-I      intronic chr5:72165215(+) A-I      intronic chr5:72176496(+) A-I      intronic chr5:72176532(+) A-I      intronic chr5:72156918(+) A-I      intronic chr5:72202219(+) A-I      intronic chr5:72201466(+) A-I      intronic chr5:72164112(+) A-I      intronic chr5:72162332(+) A-I      intronic chr5:72149138(+) A-I      intronic chr5:72187198(+) A-I      intronic chr5:72157255(+) A-I      intronic chr5:72149053(+) A-I      intronic chr5:72157251(+) A-I      intronic chr5:72186767(+) A-I      intronic chr5:72152957(+) A-I      intronic chr5:72202266(+) A-I      intronic chr5:72152085(+) A-I      intronic chr5:72152937(+) A-I      intronic chr5:72165263(+) A-I      intronic chr5:72160459(+) A-I      intronic chr5:72139323(+) A-I      intronic chr5:72159358(+) A-I      intronic chr5:72164102(+) A-I      intronic chr5:72203722(+) A-I      intronic

Resource	Symbol	Editing Position	Change	SeqReg	exReg	PMID
DARNED	TNPO1	chr5:72166033(+) A-I intron -    15342557 chr5:72166036(+) A-I intron -    15342557 chr5:72166052(+) A-I intron -    15342557 chr5:72166062(+) A-I intron -    15342557 chr5:72166068(+) A-I intron -    15342557 chr5:72166081(+) A-I intron -    15342557 chr5:72166087(+) A-I intron -    15342557 chr5:72166088(+) A-I intron -    15342557 chr5:72166119(+) A-I intron -    15342557 chr5:72166129(+) A-I intron -    15342557 chr5:72166198(+) A-I intron -    15342557 chr5:72166845(+) A-I intron -    15342557   //15545495 chr5:72166850(+) A-I intron -    15342557   //15545495 chr5:72166871(+) A-I intron -    15342557   //15545495 chr5:72166876(+) A-I intron -    15545495 chr5:72166877(+) A-I intron -    15545495 chr5:72166943(+) A-I intron -    15342557   //15545495 chr5:72166978(+) A-I intron -    15342557 chr5:72166984(+) A-I intron -    15545495 chr5:72166993(+) A-I intron -    15342557 chr5:72167001(+) A-I intron -    15342557   //15545495 chr5:72167013(+) A-I intron -    15342557 chr5:72167023(+) A-I intron -    15342557   //15545495 chr5:72167072(+) A-I intron -    15342557 chr5:72167078(+) A-I intron -    15342557 chr5:72167100(+) A-I intron -    15342557 chr5:72202219(+) A-I intron -    22327324 chr5:72118523(+) A-G intron -    22484847 chr5:72149138(+) A-G intron -    22484847 chr5:72149142(+) A-G intron -    22484847 chr5:72150923(+) A-G intron -    22484847 chr5:72152084(+) A-G intron -    22484847 chr5:72152085(+) A-G intron -    22484847 chr5:72152158(+) A-G intron -    22484847 chr5:72152159(+) A-G intron -    22484847 chr5:72152184(+) G-A intron -    22484847 chr5:72152198(+) A-G intron -    22484847 chr5:72152957(+) A-G intron -    22484847 chr5:72153089(+) A-G intron -    22484847 chr5:72153142(+) T-A intron -    22484847 chr5:72153143(+) C-A intron -    22484847 chr5:72157368(+) A-G intron -    22484847 chr5:72157465(+) A-G intron -    22484847 chr5:72157466(+) A-G intron -    22484847 chr5:72158251(+) A-G intron -    22484847 chr5:72158658(+) A-G intron -    22484847 chr5:72158664(+) A-G intron -    22484847 chr5:72158743(+) A-G intron -    22484847 chr5:72159358(+) A-G intron -    22484847 chr5:72159418(+) A-G intron -    22484847 chr5:72159484(+) A-G intron -    22484847 chr5:72160459(+) A-G intron -    22484847 chr5:72160475(+) A-G intron -    22484847 chr5:72160529(+) A-G intron -    22484847 chr5:72160553(+) A-G intron -    22484847 chr5:72160616(+) A-G intron -    22484847 chr5:72160636(+) A-G intron -    22484847 chr5:72161013(+) A-G intron -    22484847 chr5:72161014(+) A-G intron -    22484847 chr5:72161087(+) A-G intron -    22484847 chr5:72161109(+) A-G intron -    22484847 chr5:72164005(+) A-G intron -    22484847 chr5:72164620(+) A-G intron -    22484847 chr5:72164688(+) A-G intron -    22484847 chr5:72164715(+) A-G intron -    22484847 chr5:72164750(+) A-G intron -    22484847 chr5:72165215(+) A-G intron -    22484847 chr5:72165227(+) A-G intron -    22484847 chr5:72165255(+) T-C intron -    22484847 chr5:72165289(+) A-G intron -    22484847 chr5:72166036(+) A-G intron -    22484847 chr5:72166081(+) A-G intron -    22484847 chr5:72166087(+) A-G intron -    22484847 chr5:72166088(+) A-G intron -    22484847 chr5:72166129(+) A-G intron -    22484847 chr5:72166943(+) A-G intron -    22484847 chr5:72175851(+) C-T intron -    22484847 chr5:72176433(+) A-G intron -    22484847 chr5:72176440(+) A-G intron -    22484847 chr5:72176456(+) A-G intron -    22484847 chr5:72179845(+) A-G intron -    22484847 chr5:72186704(+) A-G intron -    22484847 chr5:72186756(+) T-C intron -    22484847 chr5:72186820(+) A-G intron -    22484847 chr5:72186932(+) A-G intron -    22484847 chr5:72187022(+) A-G intron -    22484847 chr5:72187038(+) A-G intron -    22484847 chr5:72187044(+) A-G intron -    22484847 chr5:72187141(+) A-G intron -    22484847 chr5:72187142(+) A-G intron -    22484847 chr5:72187145(+) A-G intron -    22484847 chr5:72187171(+) A-G intron -    22484847 chr5:72187198(+) A-G intron -    22484847 chr5:72192620(+) T-C intron -    22484847 chr5:72201466(+) A-G intron -    22484847 chr5:72201467(+) A-G intron -    22484847 chr5:72201562(+) A-G intron -    22484847 chr5:72201563(+) A-G intron -    22484847 chr5:72201564(+) A-G intron -    22484847 chr5:72201617(+) A-G intron -    22484847 chr5:72201644(+) A-G intron -    22484847 chr5:72202146(+) A-G intron -    22484847 chr5:72202218(+) A-G intron -    22484847 chr5:72202219(+) A-G intron -    22484847 chr5:72202223(+) A-G intron -    22484847 chr5:72202266(+) A-G intron -    22484847 chr5:72202319(+) A-G intron -    22484847

RNA Modification:

Resource	Symbol	ModificationPosition	Type	Genomic Context	PMID
RMBase	TNPO1	chr5:72112456-72112457(+) m6A 5'UTR//exon       25456834//24981863 chr5:72112512-72112513(+) m6A 5'UTR//exon       25456834//24981863 chr5:72112574-72112575(+) m6A CDS//exon       25456834//24981863 chr5:72121628-72121629(+) m6A exon//intron       24981863 chr5:72144214-72144215(+) m6A 5'UTR//CDS//exon       24981863//22575960 chr5:72144237-72144238(+) m6A CDS//exon       24981863//22575960 chr5:72144296-72144297(+) m6A CDS//exon       - chr5:72144313-72144314(+) m6A CDS//exon       - chr5:72173131-72173132(+) m6A 3'UTR//CDS//exon       22575960 chr5:72178331-72178332(+) m6A 3'UTR//CDS//exon       22575960 chr5:72178928-72178929(+) m6A CDS//exon       22575960 chr5:72178984-72178985(+) Am CDS//exon       - chr5:72184005-72184006(+) m6A CDS       24284625//24981863 chr5:72184048-72184049(+) m6A CDS       24284625//24981863//26404942 chr5:72184096-72184097(+) m6A CDS       24284625//24981863//26404942 chr5:72199552-72199553(+) Y CDS//exon       25219674 chr5:72201386-72201387(+) m6A 3'UTR//intron       - chr5:72204552-72204553(+) m6A 3'UTR//exon       - chr5:72204611-72204612(+) m6A 3'UTR//exon       22575960 chr5:72204807-72204808(+) m6A 3'UTR       24284625//24981863//27773535//22608085 chr5:72204845-72204846(+) m6A 3'UTR       24284625//24981863//27773535//22608085 chr5:72204851-72204852(+) m6A 3'UTR       24284625//24981863//27773535//22608085 chr5:72204873-72204874(+) m6A 3'UTR       24284625//24981863//27773535//22608085 chr5:72204886-72204887(+) m6A 3'UTR       24284625//24981863//27773535//22608085 chr5:72204913-72204914(+) m6A 3'UTR       24284625//24981863//27773535//22608085 chr5:72205027-72205028(+) m6A 3'UTR       27773535 chr5:72205041-72205042(+) m6A 3'UTR       27773535 chr5:72205134-72205135(+) m6A 3'UTR       24981863//27773535 chr5:72205139-72205140(+) m6A 3'UTR       24981863//27773535 chr5:72205149-72205150(+) m6A 3'UTR       24981863//27773535 chr5:72205245-72205246(+) m6A 3'UTR       24981863

RNA Localization:

Resource	Symbol	Subcellular Localization	Tissue or Cell Line	PMID
RNALocate	hsa-miR-374a-3p	Exosome Plasma     23663360 Exosome Breast milk|Cell lines|Epididymal epithelial cells|Osteoblast|Plasma|Primary glioblastoma neurosphere cells|Primary keratinocyte|Saliva|Serum|Urine     - Microvesicle Colon cancer cell line (LIM1863)|Fibroblasts|Mesenchymal stem cells     -
	TNPO1	Chromatin K562 cells     - Cytosol Human myelogenous leukemia cell line (K-562)     21613539 Cytosol HCC cell line (HepG2)|HeLa-S3 cells     - Exosome Blood     - Insoluble cytoplasm HCC cell line (HepG2)     - Membrane K562 cells     - Nucleolus K562 cells     - Nucleoplasm K562 cells     - Nucleus Colon cancer cells     24393600 Nucleus HCC cell line (HepG2)|HeLa-S3 cells|K562 cells     - Ribosome HEK-293 cells     22199352

Interaction Network (The top 100 interactions):

Interactor1: hsa-miR-374a-3p
Interactor2: TNPO1

Evidence Support:

Weak-Evidence	PAR-CLIP
Support Database	ViRBase

References:

PMID	22291592	Target region	3'UTR
Source	ViRBase	Interactor1 expression	None
Tissue or cell line	EF3D-AGO2 cells//LCL35 cells//LCL-BAC cells//LCL-BAC-D1 cells//LCL-BAC-D3 cells	Interactor2 expression	None
Description	We identified 7, 827 miRNA-interaction sites in 3, 492 cellular 3'UTRs. 531 of these sites contained seed matches to viral miRNAs.Table S6: High confidence miRNA-interaction sites in 3'UTRs.