Basic Information:

  VIRBase ID:  

HHID00066301

  Virus:  

Human gammaherpesvirus 4 (Epstein-Barr virus, EPV)

  Host:  

Homo sapiens

  Confidence Score:  

0.4752

  Interaction Type:  

Host-Host interaction

  Predicted Binding:

 

      hsa-miR-374a-3p:  MIMAT0004688          ATP7A:  NR_104109     

      *It may take a few minutes to display results.

Interactor Information:

	Interactor1	Interactor2
Symbol	hsa-miR-374a-3p	ATP7A
miRBase Accession/Entrez ID	MIMAT0004688	538
Organism	Homo sapiens	Homo sapiens
Category	miRNA	mRNA
Alias	-	DSMAX//MK//MNK//SMAX3

ncRNA SNP information:

Resource	Symbol	SNP ID	SNP Position	Ref/Alt
miRNASNP-v3	hsa-miR-374a-3p	rs766292977 chrX:74287300    C/T

RNA Editing:

Resource	Symbol	Editing Position	Change	Genetic Region
RADAR	ATP7A	chrX:77182030(+) A-I      intronic chrX:77200792(+) A-I      intronic chrX:77200814(+) A-I      intronic chrX:77200939(+) A-I      intronic chrX:77203703(+) A-I      intronic chrX:77203728(+) A-I      intronic chrX:77204493(+) A-I      intronic chrX:77204528(+) A-I      intronic chrX:77182067(+) A-I      intronic chrX:77204649(+) A-I      intronic chrX:77204661(+) A-I      intronic chrX:77206266(+) A-I      intronic chrX:77206425(+) A-I      intronic chrX:77183588(+) A-I      intronic chrX:77183608(+) A-I      intronic chrX:77188820(+) A-I      intronic chrX:77220952(+) A-I      intronic chrX:77220950(+) A-I      intronic chrX:77206434(+) A-I      intronic chrX:77254593(+) A-I      intronic chrX:77250273(+) A-I      intronic chrX:77251441(+) A-I      intronic chrX:77235817(+) A-I      intronic chrX:77263084(+) A-I      intronic chrX:77263033(+) A-I      intronic chrX:77263029(+) A-I      intronic chrX:77262940(+) A-I      intronic chrX:77207170(+) A-I      intronic chrX:77207177(+) A-I      intronic chrX:77209850(+) A-I      intronic chrX:77209855(+) A-I      intronic chrX:77209907(+) A-I      intronic chrX:77212369(+) A-I      intronic chrX:77212372(+) A-I      intronic chrX:77212374(+) A-I      intronic chrX:77214337(+) A-I      intronic chrX:77215718(+) A-I      intronic chrX:77215720(+) A-I      intronic chrX:77215727(+) A-I      intronic chrX:77215785(+) A-I      intronic chrX:77215790(+) A-I      intronic chrX:77215800(+) A-I      intronic chrX:77235788(+) A-I      intronic chrX:77235791(+) A-I      intronic chrX:77236204(+) A-I      intronic chrX:77236304(+) A-I      intronic chrX:77247256(+) A-I      intronic chrX:77247285(+) A-I      intronic chrX:77247357(+) A-I      intronic chrX:77256414(+) A-I      intronic chrX:77247392(+) A-I      intronic chrX:77247408(+) A-I      intronic chrX:77247630(+) A-I      intronic chrX:77171709(+) A-I      intronic chrX:77247820(+) A-I      intronic chrX:77215716(+) A-I      intronic chrX:77194565(+) A-I      intronic chrX:77194683(+) A-I      intronic chrX:77194740(+) A-I      intronic chrX:77197976(+) A-I      intronic chrX:77248207(+) A-I      intronic chrX:77248208(+) A-I      intronic chrX:77248225(+) A-I      intronic chrX:77220939(+) A-I      NonSyn:Asn->Asp chrX:77200113(+) A-I      intronic chrX:77200441(+) A-I      intronic chrX:77200489(+) A-I      intronic chrX:77200774(+) A-I      intronic chrX:77200787(+) A-I      intronic chrX:77247798(+) A-I      intronic chrX:77171702(+) A-I      intronic chrX:77171701(+) A-I      intronic chrX:77171700(+) A-I      intronic chrX:77251370(+) A-I      intronic chrX:77251305(+) A-I      intronic chrX:77250944(+) A-I      intronic chrX:77247821(+) A-I      intronic chrX:77273412(+) A-I      intronic chrX:77273402(+) A-I      intronic chrX:77255191(+) A-I      intronic chrX:77255254(+) A-I      intronic chrX:77255264(+) A-I      intronic chrX:77255327(+) A-I      intronic chrX:77255393(+) A-I      intronic chrX:77182008(+) A-I      intronic chrX:77273335(+) A-I      intronic chrX:77249823(+) A-I      intronic chrX:77250148(+) A-I      intronic chrX:77250172(+) A-I      intronic chrX:77250235(+) A-I      intronic chrX:77250272(+) A-I      intronic chrX:77264440(+) A-I      intronic chrX:77264428(+) A-I      intronic chrX:77255151(+) A-I      intronic chrX:77255139(+) A-I      intronic chrX:77220910(+) A-I      intronic chrX:77182011(+) A-I      intronic chrX:77182017(+) A-I      intronic chrX:77299700(+) A-I      intronic chrX:77182028(+) A-I      intronic chrX:77299679(+) A-I      intronic chrX:77299671(+) A-I      intronic chrX:77299594(+) A-I      intronic chrX:77299537(+) A-I      intronic chrX:77299394(+) A-I      intronic chrX:77250285(+) A-I      intronic chrX:77250875(+) A-I      intronic chrX:77249824(+) A-I      intronic chrX:77250876(+) A-I      intronic chrX:77256397(+) A-I      intronic chrX:77299336(+) A-I      intronic chrX:77299321(+) A-I      intronic chrX:77299317(+) A-I      intronic chrX:77285812(+) A-I      intronic chrX:77285808(+) A-I      intronic chrX:77285805(+) A-I      intronic chrX:77285771(+) A-I      intronic chrX:77276110(+) A-I      intronic chrX:77276109(+) A-I      intronic chrX:77275029(+) A-I      intronic chrX:77274989(+) A-I      intronic chrX:77274988(+) A-I      intronic chrX:77274986(+) A-I      intronic chrX:77170022(+) A-I      intronic chrX:77170665(+) A-I      intronic chrX:77170691(+) A-I      intronic chrX:77171298(+) A-I      intronic chrX:77171347(+) A-I      intronic chrX:77171753(+) A-I      intronic chrX:77171755(+) A-I      intronic chrX:77171807(+) A-I      intronic chrX:77171834(+) A-I      intronic chrX:77177885(+) A-I      intronic chrX:77177984(+) A-I      intronic chrX:77181969(+) A-I      intronic chrX:77182002(+) A-I      intronic chrX:77273880(+) A-I      intronic chrX:77273846(+) A-I      intronic chrX:77255133(+) A-I      intronic chrX:77303196(+) A-I      3'UTR chrX:77303200(+) A-I      3'UTR chrX:77303206(+) A-I      3'UTR chrX:77303146(+) A-I      3'UTR chrX:77177893(+) A-I      intronic chrX:77227818(+) A-I      intronic chrX:77250977(+) A-I      intronic chrX:77204655(+) A-I      intronic chrX:77183571(+) A-I      intronic chrX:77215768(+) A-I      intronic chrX:77183494(+) A-I      intronic chrX:77250175(+) A-I      intronic chrX:77167231(+) A-I      intronic chrX:77199957(+) A-I      intronic chrX:77273958(+) A-I      intronic chrX:77251380(+) A-I      intronic chrX:77299677(+) A-I      intronic chrX:77254737(+) A-I      intronic chrX:77247726(+) A-I      intronic chrX:77169693(+) A-I      intronic chrX:77275077(+) A-I      intronic chrX:77250784(+) A-I      intronic chrX:77247802(+) A-I      intronic chrX:77169920(+) A-I      intronic chrX:77208553(+) A-I      intronic chrX:77250247(+) A-I      intronic chrX:77190548(+) A-I      intronic chrX:77247293(+) A-I      intronic chrX:77299497(+) A-I      intronic chrX:77204442(+) A-I      intronic chrX:77203830(+) A-I      intronic chrX:77171729(+) A-I      intronic chrX:77177889(+) A-I      intronic chrX:77247609(+) A-I      intronic chrX:77235823(+) A-I      intronic chrX:77250258(+) A-I      intronic chrX:77254677(+) A-I      intronic chrX:77171669(+) A-I      intronic chrX:77201654(+) A-I      intronic chrX:77254668(+) A-I      intronic chrX:77236348(+) A-I      intronic chrX:77189661(+) A-I      intronic chrX:77201535(+) A-I      intronic chrX:77239888(+) A-I      intronic chrX:77194715(+) A-I      intronic chrX:77299187(+) A-I      intronic chrX:77261203(+) A-I      intronic chrX:77194637(+) A-I      intronic chrX:77200698(+) A-I      intronic chrX:77296956(+) A-I      intronic chrX:77201591(+) A-I      intronic chrX:77189765(+) A-I      intronic chrX:77194714(+) A-I      intronic chrX:77203717(+) A-I      intronic chrX:77201611(+) A-I      intronic chrX:77299672(+) A-I      intronic chrX:77247438(+) A-I      intronic chrX:77181994(+) A-I      intronic chrX:77299256(+) A-I      intronic chrX:77235824(+) A-I      intronic chrX:77247249(+) A-I      intronic chrX:77254762(+) A-I      intronic chrX:77167192(+) A-I      intronic chrX:77247362(+) A-I      intronic chrX:77299330(+) A-I      intronic chrX:77181929(+) A-I      intronic chrX:77247404(+) A-I      intronic chrX:77247447(+) A-I      intronic chrX:77236345(+) A-I      intronic chrX:77273338(+) A-I      intronic chrX:77201587(+) A-I      intronic chrX:77247678(+) A-I      intronic chrX:77247660(+) A-I      intronic chrX:77254623(+) A-I      intronic chrX:77273881(+) A-I      intronic chrX:77227768(+) A-I      intronic chrX:77251379(+) A-I      intronic chrX:77215623(+) A-I      intronic chrX:77226049(+) A-I      intronic chrX:77208340(+) A-I      intronic chrX:77296907(+) A-I      intronic chrX:77299604(+) A-I      intronic chrX:77250105(+) A-I      intronic chrX:77273816(+) A-I      intronic chrX:77171359(+) A-I      intronic chrX:77201541(+) A-I      intronic chrX:77171236(+) A-I      intronic chrX:77273890(+) A-I      intronic chrX:77171480(+) A-I      intronic chrX:77259184(+) A-I      intronic chrX:77273858(+) A-I      intronic chrX:77200409(+) A-I      intronic chrX:77171357(+) A-I      intronic chrX:77247360(+) A-I      intronic chrX:77200003(+) A-I      intronic chrX:77299496(+) A-I      intronic chrX:77177925(+) A-I      intronic chrX:77285851(+) A-I      intronic chrX:77167276(+) A-I      intronic chrX:77200905(+) A-I      intronic chrX:77247420(+) A-I      intronic chrX:77299741(+) A-I      intronic chrX:77299273(+) A-I      intronic chrX:77201679(+) A-I      intronic chrX:77215622(+) A-I      intronic chrX:77273747(+) A-I      intronic chrX:77171731(+) A-I      intronic chrX:77273815(+) A-I      intronic

Resource	Symbol	Editing Position	Change	SeqReg	exReg	PMID
DARNED	ATP7A	chrX:77167276(+) A-G intron -    22484847 chrX:77204442(+) A-G intron -    22484847 chrX:77265183(+) A-G intron -    22484847 chrX:77265197(+) A-G intron -    22484847 chrX:77265253(+) A-G intron -    22484847 chrX:77273746(+) A-G intron -    22484847 chrX:77273958(+) A-G intron -    22484847 chrX:77296838(+) A-G intron -    22484847 chrX:77296873(+) A-G intron -    22484847 chrX:77296874(+) A-G intron -    22484847 chrX:77299179(+) A-G intron -    22484847 chrX:77299677(+) A-G intron -    22484847 chrX:77299741(+) A-G intron -    22484847

RNA Modification:

Resource	Symbol	ModificationPosition	Type	Genomic Context	PMID
RMBase	ATP7A	chrX:77166327-77166328(+) m6A 5'UTR       27773535 chrX:77227210-77227211(+) m6A CDS       - chrX:77227222-77227223(+) Cm CDS       - chrX:77243781-77243782(+) m6A CDS       24284625//24209618//24981863//22575960//22608085 chrX:77243788-77243789(+) m6A CDS       24284625//24209618//24981863//22575960//22608085 chrX:77243797-77243798(+) m6A CDS       24284625//24209618//24981863//22575960//22608085 chrX:77243918-77243919(+) m6A CDS       24284625//24209618//24981863//22575960//22608085 chrX:77243944-77243945(+) m6A CDS       24284625//24209618//24981863//22575960//22608085 chrX:77243960-77243961(+) m6A CDS       24284625//24209618//24981863//22575960//22608085 chrX:77243986-77243987(+) m6A CDS       24284625//24209618//24981863//22575960//22608085 chrX:77244051-77244052(+) m6A CDS       24284625//24209618//24981863//22575960//22608085 chrX:77244070-77244071(+) m6A CDS       24284625//24981863//22575960//22608085 chrX:77245184-77245185(+) m6A 3'UTR//CDS       24284625//24981863//22608085 chrX:77245252-77245253(+) m6A 3'UTR//CDS       24284625//24981863//22608085 chrX:77245262-77245263(+) m6A 3'UTR//CDS       24284625//24981863//22608085 chrX:77245369-77245370(+) m6A 3'UTR//CDS       24284625//24981863//22608085 chrX:77301066-77301067(+) m6A 3'UTR//CDS       24981863//22608085 chrX:77301799-77301800(+) m6A 3'UTR//CDS       24981863//22608085 chrX:77301820-77301821(+) m6A 3'UTR//CDS       24284625//24981863//22608085 chrX:77301844-77301845(+) m6A 3'UTR//CDS       24284625//24209618//24981863//22608085 chrX:77301910-77301911(+) m6A 3'UTR//CDS       24284625//24209618//24981863//22575960//22608085 chrX:77301924-77301925(+) m6A 3'UTR//CDS       24284625//24209618//24981863//22575960//22608085 chrX:77301957-77301958(+) m6A 3'UTR//CDS       24284625//24209618//24981863//22575960//22608085 chrX:77301987-77301988(+) m6A 3'UTR//CDS       24284625//24981863//22575960//22608085 chrX:77302006-77302007(+) m6A 3'UTR//CDS       24284625//24981863//22575960//22608085 chrX:77302035-77302036(+) m6A 3'UTR//CDS       24284625//24981863//22575960//22608085 chrX:77302460-77302461(+) m6A 3'UTR       24284625//24981863//22608085 chrX:77302540-77302541(+) m6A 3'UTR       24284625//24981863//22608085 chrX:77302561-77302562(+) m6A 3'UTR       24284625//24981863//22608085 chrX:77302570-77302571(+) m6A 3'UTR       24284625//24981863//22608085 chrX:77304304-77304305(+) m6A 3'UTR       24981863 chrX:77304377-77304378(+) m6A 3'UTR       24981863

RNA Localization:

Resource	Symbol	Subcellular Localization	Tissue or Cell Line	PMID
RNALocate	hsa-miR-374a-3p	Exosome Plasma     23663360 Exosome Breast milk|Cell lines|Epididymal epithelial cells|Osteoblast|Plasma|Primary glioblastoma neurosphere cells|Primary keratinocyte|Saliva|Serum|Urine     - Microvesicle Colon cancer cell line (LIM1863)|Fibroblasts|Mesenchymal stem cells     -
	ATP7A	Chromatin K562 cells     - Cytoplasm Nasopharyngeal carcinoma cells     20498841 Cytosol K562 cells     - Endoplasmic reticulum Human myelogenous leukemia cell line (K-562)     21613539 Exosome Blood     - Insoluble cytoplasm K562 cells     - Membrane HCC cell line (HepG2)|K562 cells     - Nucleolus K562 cells     - Nucleoplasm K562 cells     - Nucleus Nasopharyngeal carcinoma cells     20498841 Nucleus HeLa-S3 cells|K562 cells     - Ribosome HEK-293 cells     22199352

Interaction Network (The top 100 interactions):

Interactor1: hsa-miR-374a-3p
Interactor2: ATP7A

Evidence Support:

Weak-Evidence	PAR-CLIP
Support Database	ViRBase

References:

PMID	22291592	Target region	3'UTR
Source	ViRBase	Interactor1 expression	None
Tissue or cell line	EF3D-AGO2 cells//LCL35 cells//LCL-BAC cells//LCL-BAC-D1 cells//LCL-BAC-D3 cells	Interactor2 expression	None
Description	We identified 7, 827 miRNA-interaction sites in 3, 492 cellular 3'UTRs. 531 of these sites contained seed matches to viral miRNAs.Table S6: High confidence miRNA-interaction sites in 3'UTRs.