Basic Information:

  VIRBase ID:  

HHID00066240

  Virus:  

Human gammaherpesvirus 4 (Epstein-Barr virus, EPV)

  Host:  

Homo sapiens

  Confidence Score:  

0.4752

  Interaction Type:  

Host-Host interaction

  Predicted Binding:

 

      hsa-miR-26a-2-3p:  MIMAT0004681          FLVCR1:  NM_014053     

      *It may take a few minutes to display results.

Interactor Information:

	Interactor1	Interactor2
Symbol	hsa-miR-26a-2-3p	FLVCR1
miRBase Accession/Entrez ID	MIMAT0004681	28982
Organism	Homo sapiens	Homo sapiens
Category	miRNA	mRNA
Alias	-	AXPC1//FLVCR//MFSD7B//PCA//PCARP//SLC49A1

ncRNA SNP information:

Resource	Symbol	SNP ID	SNP Position	Ref/Alt
miRNASNP-v3	hsa-miR-26a-2-3p	rs1158238029 chr12:57824632    C/G rs1386005710 chr12:57824636    A/G rs1386005710 chr12:57824636    A/T rs768371795 chr12:57824638    T/C

RNA Editing:

Resource	Symbol	Editing Position	Change	Genetic Region
RADAR	FLVCR1	chr1:213060044(+) A-I      intronic chr1:213060047(+) A-I      intronic chr1:213059955(+) A-I      intronic chr1:213059594(+) A-I      intronic chr1:213060015(+) A-I      intronic chr1:213059999(+) A-I      intronic chr1:213067635(+) A-I      intronic chr1:213059510(+) A-I      intronic chr1:213049284(+) A-I      intronic chr1:213036784(+) A-I      intronic chr1:213059427(+) A-I      intronic chr1:213059448(+) A-I      intronic chr1:213059463(+) A-I      intronic chr1:213067694(+) A-I      intronic chr1:213049005(+) A-I      intronic chr1:213033396(+) A-I      intronic chr1:213049031(+) A-I      intronic chr1:213051567(+) A-I      intronic chr1:213064475(+) A-I      intronic chr1:213049329(+) A-I      intronic chr1:213036756(+) A-I      intronic chr1:213051682(+) A-I      intronic chr1:213060087(+) A-I      intronic chr1:213049346(+) A-I      intronic chr1:213053002(+) A-I      intronic chr1:213054946(+) A-I      intronic chr1:213036736(+) A-I      intronic chr1:213035273(+) A-I      intronic chr1:213048056(+) A-I      intronic chr1:213035187(+) A-I      intronic chr1:213053001(+) A-I      intronic chr1:213035092(+) A-I      intronic chr1:213060104(+) A-I      intronic chr1:213052220(+) A-I      intronic chr1:213049807(+) A-I      intronic chr1:213048996(+) A-I      intronic chr1:213035033(+) A-I      intronic chr1:213049847(+) A-I      intronic chr1:213049853(+) A-I      intronic chr1:213049975(+) A-I      intronic chr1:213067279(+) A-I      intronic chr1:213059067(+) A-I      intronic chr1:213033369(+) A-I      intronic chr1:213067380(+) A-I      intronic chr1:213059619(+) A-I      intronic chr1:213032900(+) A-I      intronic chr1:213064589(+) A-I      intronic chr1:213064586(+) A-I      intronic chr1:213067738(+) A-I      intronic chr1:213032859(+) A-I      intronic chr1:213052998(+) A-I      intronic chr1:213067756(+) A-I      intronic chr1:213067757(+) A-I      intronic chr1:213050740(+) A-I      intronic chr1:213059549(+) A-I      intronic chr1:213064522(+) A-I      intronic chr1:213064544(+) A-I      intronic chr1:213054070(+) A-I      intronic chr1:213050807(+) A-I      intronic chr1:213046504(+) A-I      intronic chr1:213046508(+) A-I      intronic chr1:213059659(+) A-I      intronic chr1:213036872(+) A-I      intronic chr1:213054745(+) A-I      intronic chr1:213059541(+) A-I      intronic chr1:213046605(+) A-I      intronic chr1:213048036(+) A-I      intronic chr1:213036811(+) A-I      intronic chr1:213036810(+) A-I      intronic chr1:213054799(+) A-I      intronic chr1:213054810(+) A-I      intronic chr1:213032913(+) A-I      intronic chr1:213059092(+) A-I      intronic chr1:213066604(+) A-I      intronic chr1:213059513(+) A-I      intronic chr1:213054861(+) A-I      intronic chr1:213035219(+) A-I      intronic chr1:213052251(+) A-I      intronic chr1:213033814(+) A-I      intronic chr1:213059977(+) A-I      intronic chr1:213049020(+) A-I      intronic chr1:213064569(+) A-I      intronic chr1:213059983(+) A-I      intronic chr1:213059496(+) A-I      intronic chr1:213060062(+) A-I      intronic chr1:213060048(+) A-I      intronic chr1:213064650(+) A-I      intronic chr1:213059585(+) A-I      intronic chr1:213059501(+) A-I      intronic chr1:213062104(+) A-I      intronic chr1:213058957(+) A-I      intronic chr1:213060035(+) A-I      intronic chr1:213032804(+) A-I      intronic chr1:213067625(+) A-I      intronic chr1:213035194(+) A-I      intronic chr1:213064549(+) A-I      intronic chr1:213064495(+) A-I      intronic chr1:213070235(+) A-I      3'UTR chr1:213070682(+) A-I      3'UTR chr1:213060114(+) A-I      intronic chr1:213036670(+) A-I      intronic chr1:213060043(+) A-I      intronic chr1:213064663(+) A-I      intronic chr1:213046371(+) A-I      intronic chr1:213049409(+) A-I      intronic chr1:213067589(+) A-I      intronic chr1:213059484(+) A-I      intronic chr1:213035031(+) A-I      intronic chr1:213059458(+) A-I      intronic chr1:213059624(+) A-I      intronic chr1:213059415(+) A-I      intronic chr1:213053085(+) A-I      intronic chr1:213059100(+) A-I      intronic chr1:213060063(+) A-I      intronic chr1:213059892(+) A-I      intronic chr1:213059632(+) A-I      intronic chr1:213058941(+) A-I      intronic chr1:213060147(+) A-I      intronic chr1:213053079(+) A-I      intronic chr1:213059154(+) A-I      intronic chr1:213059477(+) A-I      intronic chr1:213060131(+) A-I      intronic chr1:213060031(+) A-I      intronic chr1:213054060(+) A-I      intronic chr1:213062931(+) A-I      intronic chr1:213053027(+) A-I      intronic chr1:213059887(+) A-I      intronic chr1:213060000(+) A-I      intronic chr1:213059574(+) A-I      intronic chr1:213049386(+) A-I      intronic chr1:213059155(+) A-I      intronic chr1:213032953(+) A-I      intronic chr1:213049072(+) A-I      intronic chr1:213059958(+) A-I      intronic chr1:213038998(+) A-I      intronic chr1:213059965(+) A-I      intronic chr1:213058973(+) A-I      intronic chr1:213048980(+) A-I      intronic chr1:213051832(+) A-I      intronic chr1:213059010(+) A-I      intronic chr1:213036662(+) A-I      intronic chr1:213059971(+) A-I      intronic chr1:213067217(+) A-I      intronic chr1:213054955(+) A-I      intronic chr1:213049035(+) A-I      intronic chr1:213059909(+) A-I      intronic chr1:213059895(+) A-I      intronic chr1:213046407(+) A-I      intronic chr1:213036678(+) A-I      intronic chr1:213033716(+) A-I      intronic chr1:213033415(+) A-I      intronic chr1:213059568(+) A-I      intronic chr1:213062889(+) A-I      intronic chr1:213062918(+) A-I      intronic chr1:213059995(+) A-I      intronic chr1:213048054(+) A-I      intronic chr1:213049062(+) A-I      intronic chr1:213059908(+) A-I      intronic chr1:213049431(+) A-I      intronic chr1:213059964(+) A-I      intronic chr1:213059403(+) A-I      intronic chr1:213058967(+) A-I      intronic chr1:213067680(+) A-I      intronic chr1:213046416(+) A-I      intronic chr1:213059871(+) A-I      intronic chr1:213053039(+) A-I      intronic chr1:213056229(+) A-I      intronic chr1:213032917(+) A-I      intronic chr1:213060067(+) A-I      intronic chr1:213066596(+) A-I      intronic chr1:213035157(+) A-I      intronic chr1:213053911(+) A-I      intronic chr1:213035259(+) A-I      intronic chr1:213059917(+) A-I      intronic chr1:213049981(+) A-I      intronic chr1:213064633(+) A-I      intronic chr1:213049060(+) A-I      intronic chr1:213054742(+) A-I      intronic chr1:213032874(+) A-I      intronic chr1:213059523(+) A-I      intronic chr1:213036687(+) A-I      intronic chr1:213035295(+) A-I      intronic chr1:213070390(+) A-I      3'UTR chr1:213059991(+) A-I      intronic chr1:213060132(+) A-I      intronic chr1:213049412(+) A-I      intronic chr1:213033777(+) A-I      intronic chr1:213052276(+) A-I      intronic chr1:213035251(+) A-I      intronic chr1:213059525(+) A-I      intronic chr1:213064574(+) A-I      intronic chr1:213059022(+) A-I      intronic chr1:213066659(+) A-I      intronic chr1:213053975(+) A-I      intronic chr1:213054019(+) A-I      intronic chr1:213062923(+) A-I      intronic chr1:213033017(+) A-I      intronic chr1:213054927(+) A-I      intronic chr1:213035274(+) A-I      intronic chr1:213059646(+) A-I      intronic chr1:213060126(+) A-I      intronic chr1:213033804(+) A-I      intronic chr1:213064573(+) A-I      intronic chr1:213059989(+) A-I      intronic chr1:213059992(+) A-I      intronic chr1:213064520(+) A-I      intronic chr1:213064695(+) A-I      intronic chr1:213062979(+) A-I      intronic chr1:213064489(+) A-I      intronic chr1:213064744(+) A-I      intronic chr1:213060021(+) A-I      intronic chr1:213070466(+) A-I      3'UTR chr1:213059932(+) A-I      intronic chr1:213035286(+) A-I      intronic chr1:213032805(+) A-I      intronic chr1:213044295(+) A-I      intronic chr1:213059539(+) A-I      intronic chr1:213064634(+) A-I      intronic chr1:213067622(+) A-I      intronic chr1:213059966(+) A-I      intronic chr1:213049358(+) A-I      intronic chr1:213059956(+) A-I      intronic chr1:213059582(+) A-I      intronic chr1:213032798(+) A-I      intronic chr1:213059990(+) A-I      intronic chr1:213049801(+) A-I      intronic chr1:213067718(+) A-I      intronic chr1:213044892(+) A-I      intronic chr1:213064575(+) A-I      intronic chr1:213059647(+) A-I      intronic chr1:213064706(+) A-I      intronic chr1:213059886(+) A-I      intronic chr1:213033370(+) A-I      intronic chr1:213059935(+) A-I      intronic chr1:213049434(+) A-I      intronic chr1:213036679(+) A-I      intronic chr1:213033361(+) A-I      intronic chr1:213064550(+) A-I      intronic chr1:213035151(+) A-I      intronic chr1:213059464(+) A-I      intronic chr1:213032939(+) A-I      intronic chr1:213059637(+) A-I      intronic chr1:213035197(+) A-I      intronic chr1:213060022(+) A-I      intronic

Resource	Symbol	Editing Position	Change	SeqReg	exReg	PMID
DARNED	FLVCR1	chr1:213035151(+) A-I intron -    15545495 chr1:213035157(+) A-I intron -    15545495 chr1:213035194(+) A-I intron -    15545495 chr1:213035197(+) A-I intron -    15545495 chr1:213032917(+) A-I intron -    22327324 chr1:213032939(+) A-I intron -    22327324 chr1:213060021(+) A-I intron -    22327324 chr1:213060067(+) A-I intron -    22327324 chr1:213060131(+) A-I intron -    22327324 chr1:213070228(+) A-I intron -    22028664 chr1:213070229(+) A-I intron -    22028664 chr1:213070230(+) A-I intron -    22028664 chr1:213070235(+) A-I intron -    22028664 chr1:213070241(+) A-I intron -    22028664 chr1:213032798(+) A-G intron -    22484847 chr1:213032804(+) A-G intron -    22484847 chr1:213032805(+) A-G intron -    22484847 chr1:213032874(+) A-G intron -    22484847 chr1:213032917(+) A-G intron -    22484847 chr1:213032939(+) A-G intron -    22484847 chr1:213032953(+) A-G intron -    22484847 chr1:213033017(+) A-G intron -    22484847 chr1:213033415(+) A-G intron -    22484847 chr1:213033777(+) A-G intron -    22484847 chr1:213033804(+) A-G intron -    22484847 chr1:213035031(+) A-G intron -    22484847 chr1:213035194(+) A-G intron -    22484847 chr1:213035219(+) A-G intron -    22484847 chr1:213035251(+) A-G intron -    22484847 chr1:213035259(+) A-G intron -    22484847 chr1:213035274(+) A-G intron -    22484847 chr1:213035286(+) A-G intron -    22484847 chr1:213036662(+) A-G intron -    22484847 chr1:213036678(+) A-G intron -    22484847 chr1:213036687(+) A-G intron -    22484847 chr1:213036923(+) T-A intron -    22484847 chr1:213036924(+) C-A intron -    22484847 chr1:213038829(+) T-G intron -    22484847 chr1:213038830(+) T-G intron -    22484847 chr1:213038831(+) T-G intron -    22484847 chr1:213038832(+) T-A intron -    22484847 chr1:213046371(+) A-G intron -    22484847 chr1:213048054(+) A-G intron -    22484847 chr1:213048980(+) A-G intron -    22484847 chr1:213049060(+) A-G intron -    22484847 chr1:213049072(+) A-G intron -    22484847 chr1:213049409(+) A-G intron -    22484847 chr1:213049412(+) A-G intron -    22484847 chr1:213049434(+) A-G intron -    22484847 chr1:213049801(+) A-G intron -    22484847 chr1:213052251(+) A-G intron -    22484847 chr1:213053079(+) A-G intron -    22484847 chr1:213053085(+) A-G intron -    22484847 chr1:213053911(+) A-G intron -    22484847 chr1:213054742(+) A-G intron -    22484847 chr1:213054861(+) A-G intron -    22484847 chr1:213054955(+) A-G intron -    22484847 chr1:213058957(+) A-G intron -    22484847 chr1:213058967(+) A-G intron -    22484847 chr1:213059010(+) A-G intron -    22484847 chr1:213059022(+) A-G intron -    22484847 chr1:213059403(+) A-T intron -    22484847 chr1:213059458(+) A-G intron -    22484847 chr1:213059477(+) A-G intron -    22484847 chr1:213059484(+) A-G intron -    22484847 chr1:213059508(+) T-C intron -    22484847 chr1:213059513(+) A-G intron -    22484847 chr1:213059523(+) A-G intron -    22484847 chr1:213059525(+) A-G intron -    22484847 chr1:213059568(+) A-G intron -    22484847 chr1:213059574(+) A-G intron -    22484847 chr1:213059582(+) A-G intron -    22484847 chr1:213059585(+) A-G intron -    22484847 chr1:213059624(+) A-G intron -    22484847 chr1:213059632(+) A-G intron -    22484847 chr1:213059637(+) A-G intron -    22484847 chr1:213059646(+) A-G intron -    22484847 chr1:213059647(+) A-G intron -    22484847 chr1:213059871(+) A-G intron -    22484847 chr1:213059886(+) A-G intron -    22484847 chr1:213059908(+) A-G intron -    22484847 chr1:213059917(+) A-G intron -    22484847 chr1:213059932(+) A-G intron -    22484847 chr1:213059935(+) A-G intron -    22484847 chr1:213059956(+) A-G intron -    22484847 chr1:213059958(+) A-G intron -    22484847 chr1:213059964(+) A-G intron -    22484847 chr1:213059971(+) A-G intron -    22484847 chr1:213059977(+) A-G intron -    22484847 chr1:213059983(+) A-G intron -    22484847 chr1:213059991(+) A-G intron -    22484847 chr1:213059992(+) A-G intron -    22484847 chr1:213060000(+) A-G intron -    22484847 chr1:213060021(+) A-G intron -    22484847 chr1:213060022(+) A-G intron -    22484847 chr1:213060043(+) A-G intron -    22484847 chr1:213060062(+) A-G intron -    22484847 chr1:213060063(+) A-G intron -    22484847 chr1:213060067(+) A-G intron -    22484847 chr1:213060126(+) A-G intron -    22484847 chr1:213060131(+) A-G intron -    22484847 chr1:213062035(+) T-G intron -    22484847 chr1:213062040(+) T-G intron -    22484847 chr1:213062889(+) A-G intron -    22484847 chr1:213064489(+) A-G intron -    22484847 chr1:213064549(+) A-G intron -    22484847 chr1:213064550(+) A-G intron -    22484847 chr1:213064569(+) A-G intron -    22484847 chr1:213064573(+) A-G intron -    22484847 chr1:213064574(+) A-G intron -    22484847 chr1:213064575(+) A-G intron -    22484847 chr1:213064633(+) A-G intron -    22484847 chr1:213064634(+) A-G intron -    22484847 chr1:213064663(+) A-G intron -    22484847 chr1:213066596(+) A-G intron -    22484847 chr1:213066604(+) A-G intron -    22484847 chr1:213067217(+) A-G intron -    22484847 chr1:213067625(+) A-G intron -    22484847 chr1:213067680(+) A-G intron -    22484847 chr1:213070540(+) T-A intron -    22484847 chr1:213070541(+) A-C intron -    22484847 chr1:213070713(+) A-C intron -    22484847 chr1:213070715(+) T-C intron -    22484847

RNA Modification:

Resource	Symbol	ModificationPosition	Type	Genomic Context	PMID
RMBase	FLVCR1	chr1:213031618-213031619(+) m6A 5'UTR       24284625//25456834//24981863//22608085 chr1:213031718-213031719(+) m6A 5'UTR       24284625//24209618//25456834//24981863//22575960//22608085 chr1:213031838-213031839(+) m6A CDS       24284625//24209618//25456834//24981863//22575960//22608085 chr1:213031957-213031958(+) m6A CDS       24284625//25456834//24981863//22575960//22608085 chr1:213031998-213031999(+) m6A CDS       24284625//25456834//24981863//22575960//22608085 chr1:213032022-213032023(+) m6A CDS       24284625//25456834//24981863//22575960//22608085 chr1:213032061-213032062(+) m6A CDS       24284625//25456834//24981863//22575960//22608085 chr1:213032299-213032300(+) m6A CDS       24284625//25456834//24981863//22575960//22608085 chr1:213068579-213068580(+) m6A CDS//exon       27773535 chr1:213068586-213068587(+) m6A CDS//exon       27773535 chr1:213068669-213068670(+) m6A 3'UTR//exon       24981863//27773535 chr1:213068736-213068737(+) m6A 3'UTR       24981863 chr1:213068764-213068765(+) m6A 3'UTR       24981863 chr1:213070500-213070501(+) m6A 3'UTR       24981863 chr1:213070555-213070556(+) m6A 3'UTR       24981863 chr1:213070644-213070645(+) m6A 3'UTR       24981863 chr1:213070667-213070668(+) m6A 3'UTR       24981863 chr1:213070784-213070785(+) m6A 3'UTR       24981863 chr1:213070853-213070854(+) m6A 3'UTR       24981863 chr1:213070875-213070876(+) m6A 3'UTR       24981863 chr1:213071528-213071529(+) m6A 3'UTR       22608085 chr1:213071550-213071551(+) m6A 3'UTR       24981863//22608085 chr1:213071581-213071582(+) m6A 3'UTR       24981863//22608085 chr1:213071593-213071594(+) m6A 3'UTR       24981863//22608085 chr1:213071626-213071627(+) m6A 3'UTR       24981863//22608085

RNA Localization:

Resource	Symbol	Subcellular Localization	Tissue or Cell Line	PMID
RNALocate	hsa-miR-26a-2-3p	Exosome Plasma     23663360 Exosome B cell lymphoma cell lines|EBV-transformed lymphoblastoid B cells     25242326 Exosome Breast milk     - Microvesicle Fibroblasts|Mesenchymal stem cells     -
	FLVCR1	Chromatin K562 cells     - Exosome Blood     - Nucleoplasm K562 cells     - Nucleus HeLa-S3 cells     - Ribosome Colon cancer cells     24393600

Interaction Network (The top 100 interactions):

Interactor1: hsa-miR-26a-2-3p
Interactor2: FLVCR1

Evidence Support:

Weak-Evidence	PAR-CLIP
Support Database	ViRBase

References:

PMID	22291592	Target region	3'UTR
Source	ViRBase	Interactor1 expression	None
Tissue or cell line	EF3D-AGO2 cells//LCL35 cells//LCL-BAC cells//LCL-BAC-D1 cells//LCL-BAC-D3 cells	Interactor2 expression	None
Description	We identified 7, 827 miRNA-interaction sites in 3, 492 cellular 3'UTRs. 531 of these sites contained seed matches to viral miRNAs.Table S6: High confidence miRNA-interaction sites in 3'UTRs.