Basic Information:

  VIRBase ID:  

HHID00065863

  Virus:  

Human gammaherpesvirus 4 (Epstein-Barr virus, EPV)

  Host:  

Homo sapiens

  Confidence Score:  

0.4752

  Interaction Type:  

Host-Host interaction

  Predicted Binding:

 

      hsa-miR-140-3p:  MIMAT0004597          TNFAIP8:  NM_001286813     

      *It may take a few minutes to display results.

Interactor Information:

	Interactor1	Interactor2
Symbol	hsa-miR-140-3p	TNFAIP8
miRBase Accession/Entrez ID	MIMAT0004597	25816
Organism	Homo sapiens	Homo sapiens
Category	miRNA	mRNA
Alias	-	GG2-1//MDC-3.13//NDED//SCC-S2//SCCS2

ncRNA SNP information:

Resource	Symbol	SNP ID	SNP Position	Ref/Alt
miRNASNP-v3	hsa-miR-140-3p	rs111366342 chr16:69933159    A/G rs1403836350 chr16:69933150    G/A rs771611815 chr16:69933160    C/T rs772662673 chr16:69933161    G/A

RNA Editing:

Resource	Symbol	Editing Position	Change	Genetic Region
RADAR	TNFAIP8	chr5:118647309(+) A-I      intronic chr5:118647311(+) A-I      intronic chr5:118647312(+) A-I      intronic chr5:118647366(+) A-I      intronic chr5:118649800(+) A-I      intronic chr5:118649809(+) A-I      intronic chr5:118647167(+) A-I      intronic chr5:118650638(+) A-I      intronic chr5:118727240(+) A-I      intronic chr5:118653374(+) A-I      intronic chr5:118653387(+) A-I      intronic chr5:118654848(+) A-I      intronic chr5:118654871(+) A-I      intronic chr5:118659859(+) A-I      intronic chr5:118659895(+) A-I      intronic chr5:118659940(+) A-I      intronic chr5:118660674(+) A-I      intronic chr5:118661147(+) A-I      intronic chr5:118661212(+) A-I      intronic chr5:118661272(+) A-I      intronic chr5:118727399(+) A-I      intronic chr5:118727404(+) A-I      intronic chr5:118727406(+) A-I      intronic chr5:118728149(+) A-I      intronic chr5:118728203(+) A-I      intronic chr5:118728215(+) A-I      intronic chr5:118728282(+) A-I      intronic chr5:118728225(+) A-I      intronic chr5:118686843(+) A-I      intronic chr5:118728299(+) A-I      intronic chr5:118661282(+) A-I      intronic chr5:118647131(+) A-I      intronic chr5:118644306(+) A-I      intronic chr5:118644335(+) A-I      intronic chr5:118644436(+) A-I      intronic chr5:118644437(+) A-I      intronic chr5:118661284(+) A-I      intronic chr5:118684312(+) A-I      intronic chr5:118684399(+) A-I      intronic chr5:118684411(+) A-I      intronic chr5:118684564(+) A-I      intronic chr5:118646268(+) A-I      intronic chr5:118646857(+) A-I      intronic chr5:118647125(+) A-I      intronic chr5:118698313(+) A-I      intronic chr5:118659881(+) A-I      intronic chr5:118659880(+) A-I      intronic chr5:118659879(+) A-I      intronic chr5:118659809(+) A-I      intronic chr5:118698344(+) A-I      intronic chr5:118700082(+) A-I      intronic chr5:118700113(+) A-I      intronic chr5:118700155(+) A-I      intronic chr5:118700192(+) A-I      intronic chr5:118700226(+) A-I      intronic chr5:118700240(+) A-I      intronic chr5:118700281(+) A-I      intronic chr5:118700311(+) A-I      intronic chr5:118700317(+) A-I      intronic chr5:118704829(+) A-I      intronic chr5:118704842(+) A-I      intronic chr5:118704849(+) A-I      intronic chr5:118704874(+) A-I      intronic chr5:118704888(+) A-I      intronic chr5:118704901(+) A-I      intronic chr5:118704910(+) A-I      intronic chr5:118704915(+) A-I      intronic chr5:118712019(+) A-I      intronic chr5:118712888(+) A-I      intronic chr5:118712938(+) A-I      intronic chr5:118715508(+) A-I      intronic chr5:118715510(+) A-I      intronic chr5:118715562(+) A-I      intronic chr5:118707466(+) A-I      intronic chr5:118686851(+) A-I      intronic chr5:118700214(+) A-I      intronic chr5:118728165(+) A-I      intronic chr5:118715403(+) A-I      intronic chr5:118660673(+) A-I      intronic chr5:118700172(+) A-I      intronic chr5:118717128(+) A-I      intronic chr5:118647132(+) A-I      intronic chr5:118711943(+) A-I      intronic chr5:118661417(+) A-I      intronic chr5:118654842(+) A-I      intronic chr5:118715389(+) A-I      intronic chr5:118727403(+) A-I      intronic chr5:118661223(+) A-I      intronic chr5:118684320(+) A-I      intronic chr5:118727473(+) A-I      intronic chr5:118684481(+) A-I      intronic chr5:118698342(+) A-I      intronic chr5:118646785(+) A-I      intronic chr5:118698236(+) A-I      intronic chr5:118698290(+) A-I      intronic chr5:118659847(+) A-I      intronic chr5:118715412(+) A-I      intronic chr5:118660667(+) A-I      intronic chr5:118646922(+) A-I      intronic chr5:118708513(+) A-I      intronic chr5:118698284(+) A-I      intronic chr5:118661350(+) A-I      intronic chr5:118647137(+) A-I      intronic chr5:118727331(+) A-I      intronic chr5:118652122(+) A-I      intronic chr5:118659849(+) A-I      intronic chr5:118620326(+) A-I      intronic chr5:118728281(+) A-I      intronic chr5:118654894(+) A-I      intronic chr5:118728155(+) A-I      intronic chr5:118646890(+) A-I      intronic chr5:118661342(+) A-I      intronic chr5:118663334(+) A-I      intronic chr5:118719965(+) A-I      intronic chr5:118698235(+) A-I      intronic chr5:118646402(+) A-I      intronic chr5:118646407(+) A-I      intronic chr5:118727369(+) A-I      intronic chr5:118646847(+) A-I      intronic chr5:118720076(+) A-I      intronic chr5:118646461(+) A-I      intronic chr5:118647299(+) A-I      intronic chr5:118714583(+) A-I      intronic chr5:118654903(+) A-I      intronic chr5:118641224(+) A-I      intronic chr5:118728150(+) A-I      intronic chr5:118715365(+) A-I      intronic chr5:118659850(+) A-I      intronic chr5:118686932(+) A-I      intronic chr5:118711912(+) A-I      intronic chr5:118659823(+) A-I      intronic chr5:118717577(+) A-I      intronic chr5:118659872(+) A-I      intronic chr5:118646830(+) A-I      intronic chr5:118661345(+) A-I      intronic chr5:118661405(+) A-I      intronic chr5:118707465(+) A-I      intronic chr5:118724559(+) A-I      intronic chr5:118646804(+) A-I      intronic chr5:118714514(+) A-I      intronic chr5:118698360(+) A-I      intronic chr5:118654932(+) A-I      intronic chr5:118647334(+) A-I      intronic chr5:118708417(+) A-I      intronic chr5:118727375(+) A-I      intronic chr5:118619071(+) A-I      intronic chr5:118654926(+) A-I      intronic chr5:118661162(+) A-I      intronic chr5:118728160(+) A-I      intronic chr5:118698348(+) A-I      intronic chr5:118661325(+) A-I      intronic chr5:118715379(+) A-I      intronic chr5:118728190(+) A-I      intronic chr5:118646729(+) A-I      intronic chr5:118727315(+) A-I      intronic chr5:118684321(+) A-I      intronic chr5:118647269(+) A-I      intronic chr5:118646929(+) A-I      intronic chr5:118646401(+) A-I      intronic chr5:118646779(+) A-I      intronic chr5:118712915(+) A-I      intronic chr5:118715355(+) A-I      intronic chr5:118727409(+) A-I      intronic chr5:118663388(+) A-I      intronic chr5:118653433(+) A-I      intronic chr5:118708536(+) A-I      intronic

Resource	Symbol	Editing Position	Change	SeqReg	exReg	PMID
DARNED	TNFAIP8	chr5:118698290(+) A-I intron -    22327324 chr5:118619071(+) A-G intron -    22484847 chr5:118619072(+) A-G intron -    22484847 chr5:118646401(+) A-G intron -    22484847 chr5:118646402(+) A-G intron -    22484847 chr5:118646407(+) A-G intron -    22484847 chr5:118646741(+) A-G intron -    22484847 chr5:118646779(+) A-G intron -    22484847 chr5:118646785(+) A-G intron -    22484847 chr5:118646804(+) A-G intron -    22484847 chr5:118646830(+) A-G intron -    22484847 chr5:118646847(+) A-G intron -    22484847 chr5:118646863(+) A-G intron -    22484847 chr5:118646878(+) T-C intron -    22484847 chr5:118646922(+) A-G intron -    22484847 chr5:118647132(+) A-G intron -    22484847 chr5:118647137(+) A-G intron -    22484847 chr5:118647299(+) A-G intron -    22484847 chr5:118650877(+) T-A intron -    22484847 chr5:118652122(+) A-G intron -    22484847 chr5:118653395(+) A-G intron -    22484847 chr5:118654846(+) A-G intron -    22484847 chr5:118654894(+) A-G intron -    22484847 chr5:118660667(+) A-G intron -    22484847 chr5:118661162(+) A-G intron -    22484847 chr5:118661223(+) A-G intron -    22484847 chr5:118661325(+) A-G intron -    22484847 chr5:118661342(+) A-G intron -    22484847 chr5:118661345(+) A-G intron -    22484847 chr5:118661350(+) A-G intron -    22484847 chr5:118661405(+) A-G intron -    22484847 chr5:118661417(+) A-G intron -    22484847 chr5:118663311(+) G-A intron -    22484847 chr5:118663388(+) A-G intron -    22484847 chr5:118674562(+) A-T intron -    22484847 chr5:118684321(+) A-G intron -    22484847 chr5:118686770(+) A-G intron -    22484847 chr5:118686932(+) A-G intron -    22484847 chr5:118698235(+) A-G intron -    22484847 chr5:118698257(+) G-A intron -    22484847 chr5:118698290(+) A-G intron -    22484847 chr5:118698342(+) A-G intron -    22484847 chr5:118698348(+) A-G intron -    22484847 chr5:118698360(+) A-G intron -    22484847 chr5:118700128(+) T-G intron -    22484847 chr5:118700169(+) A-G intron -    22484847 chr5:118700214(+) A-G intron -    22484847 chr5:118700251(+) T-C intron -    22484847 chr5:118700551(+) T-G intron -    22484847 chr5:118708380(+) C-G intron -    22484847 chr5:118708417(+) A-G intron -    22484847 chr5:118708513(+) A-G intron -    22484847 chr5:118708535(+) A-G intron -    22484847 chr5:118708536(+) A-G intron -    22484847 chr5:118711909(+) A-G intron -    22484847 chr5:118711910(+) A-G intron -    22484847 chr5:118711912(+) A-G intron -    22484847 chr5:118711943(+) A-G intron -    22484847 chr5:118712835(+) A-G intron -    22484847 chr5:118712915(+) A-G intron -    22484847 chr5:118714514(+) A-G intron -    22484847 chr5:118714544(+) G-A intron -    22484847 chr5:118715355(+) A-G intron -    22484847 chr5:118715365(+) A-G intron -    22484847 chr5:118715379(+) A-G intron -    22484847 chr5:118715389(+) A-G intron -    22484847 chr5:118715398(+) A-G intron -    22484847 chr5:118715403(+) A-G intron -    22484847 chr5:118717045(+) A-G intron -    22484847 chr5:118717128(+) A-G intron -    22484847 chr5:118719965(+) A-G intron -    22484847 chr5:118720033(+) A-G intron -    22484847 chr5:118720059(+) A-G intron -    22484847 chr5:118720076(+) A-G intron -    22484847 chr5:118726537(+) A-G intron -    22484847 chr5:118726607(+) A-G intron -    22484847 chr5:118726613(+) A-G intron -    22484847 chr5:118727369(+) A-G intron -    22484847 chr5:118727374(+) A-G intron -    22484847 chr5:118727403(+) A-G intron -    22484847 chr5:118727409(+) A-G intron -    22484847 chr5:118728109(+) A-G intron -    22484847 chr5:118728150(+) A-G intron -    22484847 chr5:118728155(+) A-G intron -    22484847 chr5:118728160(+) A-G intron -    22484847 chr5:118728165(+) A-G intron -    22484847 chr5:118728267(+) A-G intron -    22484847 chr5:118728281(+) A-G intron -    22484847

RNA Modification:

Resource	Symbol	ModificationPosition	Type	Genomic Context	PMID
RMBase	TNFAIP8	chr5:118728537-118728538(+) m6A 3'UTR//5'UTR//CDS       - chr5:118728669-118728670(+) m6A 3'UTR//CDS       24284625//24981863//26404942//22608085 chr5:118728699-118728700(+) m6A 3'UTR//CDS       24284625//24981863//26404942//22608085 chr5:118728710-118728711(+) m6A 3'UTR//CDS       24284625//24209618//24981863//26404942//22608085 chr5:118729015-118729016(+) m6A 3'UTR//CDS       24284625//24209618//24981863//26404942//22575960//22608085 chr5:118729030-118729031(+) m6A 3'UTR//CDS       24284625//24209618//24981863//26404942//22575960//22608085 chr5:118729068-118729069(+) m6A 3'UTR//CDS       24284625//24209618//24981863//26404942//22575960//22608085 chr5:118729185-118729186(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//24981863//26404942//22575960//22608085 chr5:118729208-118729209(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//24981863//26404942//22575960//22608085 chr5:118729295-118729296(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//25456834//24981863//26404942//22575960//22608085 chr5:118729364-118729365(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//25456834//24981863//26404942//22575960//22608085 chr5:118729372-118729373(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//25456834//24981863//26404942//22575960//22608085 chr5:118729496-118729497(+) m6A 3'UTR       24284625//24981863//22608085 chr5:118729527-118729528(+) m6A 3'UTR       24284625//24981863//22608085 chr5:118729660-118729661(+) m6A 3'UTR       24981863//26404942//22608085 chr5:118729951-118729952(+) m6A 3'UTR       24981863//26404942//22608085 chr5:118729961-118729962(+) m6A 3'UTR       24981863//26404942//22608085 chr5:118730008-118730009(+) m6A 3'UTR       24981863//26404942//22608085 chr5:118734365-118734366(+) m6A 3'UTR       - chr5:118734391-118734392(+) m6A 3'UTR       - chr5:118734426-118734427(+) m6A 3'UTR       - chr5:118734448-118734449(+) m6A 3'UTR       - chr5:118734469-118734470(+) m6A 3'UTR       22608085 chr5:118734557-118734558(+) m6A 3'UTR       24284625//24981863//22608085 chr5:118734634-118734635(+) m6A 3'UTR       24284625//24981863//22608085 chr5:118734692-118734693(+) m6A 3'UTR       24284625//24981863//22608085 chr5:118734714-118734715(+) m6A 3'UTR       24284625//24981863//22608085 chr5:118734770-118734771(+) m6A 3'UTR       24284625//24981863//22608085 chr5:118734830-118734831(+) m6A 3'UTR       24284625//22608085 chr5:118734939-118734940(+) m6A 3'UTR       24284625//25456834//22608085 chr5:118734981-118734982(+) m6A 3'UTR       24284625//25456834//22608085 chr5:118735089-118735090(+) m6A 3'UTR       24284625//24981863//22608085 chr5:118735106-118735107(+) m6A 3'UTR       24284625//24981863//22608085 chr5:118735185-118735186(+) m6A 3'UTR       24284625//24981863//22608085 chr5:118735213-118735214(+) m6A 3'UTR       24284625//24981863//22608085

RNA Localization:

Resource	Symbol	Subcellular Localization	Tissue or Cell Line	PMID
RNALocate	hsa-miR-140-3p	Exosome HCC tissues     30542726 Exosome Primary dendritic cells|T cell line (J77)     21505438 Exosome Breast milk     22211110 Exosome Plasma     23663360 Exosome Colon cancer cell line (LIM1863)     25330373 Exosome Blood|B lymphoblastoid cells|Breast milk|Colon tissue|Endothelial cells|Epithelial cells|Lymphoma tissue|Mast cells|Seminal fluid|Tongue tissue     - Microvesicle Plasma     23077538 Microvesicle Seminal plasma     23539611 Microvesicle Follicular fluid     23666971 Microvesicle Hepatoma cells     23771658 Microvesicle Blood|Colon cancer cell line (LIM1863)|Fibroblasts|Mesenchymal stem cells|Urine     - Mitochondrion Skeletal muscle myoblasts     21637849 Mitochondrion Cell line (HEK-293|HeLa)     22984580
	TNFAIP8	Chromatin K562 cells     - Cytosol Human myelogenous leukemia cell line (K-562)     21613539 Exosome Blood     - Nucleolus K562 cells     - Nucleoplasm K562 cells     - Nucleus HCC cell line (HepG2)|HeLa-S3 cells|K562 cells     - Ribosome HEK-293 cells     22199352 Ribosome Colon cancer cells     24393600

Related Drug Information:

Resource	Symbol	Drug Name	PubChem ID	Function	Link
RNAInter	hsa-miR-140-3p	5-Fluorouracil 3385 Drug interaction    RC00006941

Resource	Symbol	Drug Name	PubChem ID	PMID
NoncoRNA	hsa-miR-140-3p	Cisplatin 5702198       30980798 Paclitaxel 36314       30980798 Doxorubicin 31703       25698578 Doxorubicin 31703       30980798

Resource	Symbol	Drug Name	PubChem ID
RNAactDrug	hsa-miR-140-3p	Panobinostat       6918837 Topotecan       60700 l-685,458       5479543

Interaction Network (The top 100 interactions):

Interactor1: hsa-miR-140-3p
Interactor2: TNFAIP8

Evidence Support:

Weak-Evidence	PAR-CLIP
Support Database	ViRBase

References:

PMID	22291592	Target region	3'UTR
Source	ViRBase	Interactor1 expression	None
Tissue or cell line	EF3D-AGO2 cells//LCL35 cells//LCL-BAC cells//LCL-BAC-D1 cells//LCL-BAC-D3 cells	Interactor2 expression	None
Description	We identified 7, 827 miRNA-interaction sites in 3, 492 cellular 3'UTRs. 531 of these sites contained seed matches to viral miRNAs.Table S6: High confidence miRNA-interaction sites in 3'UTRs.