Basic Information:

  VIRBase ID:  

HHID00064875

  Virus:  

Human gammaherpesvirus 4 (Epstein-Barr virus, EPV)

  Host:  

Homo sapiens

  Confidence Score:  

0.4752

  Interaction Type:  

Host-Host interaction

  Predicted Binding:

 

      hsa-miR-30c-2-3p:  MIMAT0004550          SNX10:  NM_001362753     

      *It may take a few minutes to display results.

Interactor Information:

	Interactor1	Interactor2
Symbol	hsa-miR-30c-2-3p	SNX10
miRBase Accession/Entrez ID	MIMAT0004550	29887
Organism	Homo sapiens	Homo sapiens
Category	miRNA	mRNA
Alias	-	OPTB8

ncRNA SNP information:

Resource	Symbol	SNP ID	SNP Position	Ref/Alt
miRNASNP-v3	hsa-miR-30c-2-3p	rs1262929323 chr6:71376964    A/G rs1413659455 chr6:71376968    T/C rs1421032991 chr6:71376975    C/A rs1421032991 chr6:71376975    C/G rs1488181071 chr6:71376967    G/T rs747913643 chr6:71376976    C/A rs760276048 chr6:71376974    G/C rs775896072 chr6:71376969    A/G

RNA Editing:

Resource	Symbol	Editing Position	Change	Genetic Region
RADAR	SNX10	chr7:26336925(+) A-I      intronic chr7:26336913(+) A-I      intronic chr7:26336881(+) A-I      intronic chr7:26336816(+) A-I      intronic chr7:26336780(+) A-I      intronic chr7:26338955(+) A-I      intronic chr7:26338952(+) A-I      intronic chr7:26338945(+) A-I      intronic chr7:26338880(+) A-I      intronic chr7:26338835(+) A-I      intronic chr7:26337828(+) A-I      intronic chr7:26337791(+) A-I      intronic chr7:26381136(+) A-I      intronic chr7:26376179(+) A-I      intronic chr7:26337701(+) A-I      intronic chr7:26337680(+) A-I      intronic chr7:26336988(+) A-I      intronic chr7:26336761(+) A-I      intronic chr7:26336430(+) A-I      intronic chr7:26336383(+) A-I      intronic chr7:26336369(+) A-I      intronic chr7:26333100(+) A-I      intronic chr7:26333094(+) A-I      intronic chr7:26333061(+) A-I      intronic chr7:26333060(+) A-I      intronic chr7:26333008(+) A-I      intronic chr7:26375539(+) A-I      intronic chr7:26372964(+) A-I      intronic chr7:26371189(+) A-I      intronic chr7:26371188(+) A-I      intronic chr7:26371100(+) A-I      intronic chr7:26337644(+) A-I      intronic chr7:26337641(+) A-I      intronic chr7:26370564(+) A-I      intronic chr7:26366751(+) A-I      intronic chr7:26366448(+) A-I      intronic chr7:26365610(+) A-I      intronic chr7:26337601(+) A-I      intronic chr7:26365448(+) A-I      intronic chr7:26357555(+) A-I      intronic chr7:26357519(+) A-I      intronic chr7:26337596(+) A-I      intronic chr7:26357485(+) A-I      intronic chr7:26357444(+) A-I      intronic chr7:26398181(+) A-I      intronic chr7:26398160(+) A-I      intronic chr7:26398158(+) A-I      intronic chr7:26398150(+) A-I      intronic chr7:26332907(+) A-I      intronic chr7:26332860(+) A-I      intronic chr7:26336976(+) A-I      intronic chr7:26382630(+) A-I      intronic chr7:26399972(+) A-I      intronic chr7:26398635(+) A-I      intronic chr7:26398626(+) A-I      intronic chr7:26398506(+) A-I      intronic chr7:26398105(+) A-I      intronic chr7:26398104(+) A-I      intronic chr7:26393334(+) A-I      intronic chr7:26355125(+) A-I      intronic chr7:26393272(+) A-I      intronic chr7:26393259(+) A-I      intronic chr7:26393208(+) A-I      intronic chr7:26393201(+) A-I      intronic chr7:26355168(+) A-I      intronic chr7:26355651(+) A-I      intronic chr7:26355652(+) A-I      intronic chr7:26393130(+) A-I      intronic chr7:26387662(+) A-I      intronic chr7:26387622(+) A-I      intronic chr7:26387053(+) A-I      intronic chr7:26382595(+) A-I      intronic chr7:26382591(+) A-I      intronic chr7:26355683(+) A-I      intronic chr7:26357382(+) A-I      intronic chr7:26381888(+) A-I      intronic chr7:26355049(+) A-I      intronic chr7:26353594(+) A-I      intronic chr7:26353575(+) A-I      intronic chr7:26353456(+) A-I      intronic chr7:26352284(+) A-I      intronic chr7:26352283(+) A-I      intronic chr7:26352220(+) A-I      intronic chr7:26352218(+) A-I      intronic chr7:26350935(+) A-I      intronic chr7:26350832(+) A-I      intronic chr7:26350794(+) A-I      intronic chr7:26350577(+) A-I      intronic chr7:26350565(+) A-I      intronic chr7:26350510(+) A-I      intronic chr7:26345707(+) A-I      intronic chr7:26342578(+) A-I      intronic chr7:26342572(+) A-I      intronic chr7:26340589(+) A-I      intronic chr7:26340584(+) A-I      intronic chr7:26340405(+) A-I      intronic chr7:26339993(+) A-I      intronic chr7:26339684(+) A-I      intronic chr7:26339670(+) A-I      intronic chr7:26339666(+) A-I      intronic chr7:26339660(+) A-I      intronic chr7:26339629(+) A-I      intronic chr7:26339576(+) A-I      intronic chr7:26339240(+) A-I      intronic chr7:26339208(+) A-I      intronic chr7:26339190(+) A-I      intronic chr7:26381856(+) A-I      intronic chr7:26381844(+) A-I      intronic chr7:26381288(+) A-I      intronic chr7:26339065(+) A-I      intronic chr7:26339001(+) A-I      intronic chr7:26338981(+) A-I      intronic chr7:26338973(+) A-I      intronic chr7:26350840(+) A-I      intronic chr7:26376092(+) A-I      intronic chr7:26355128(+) A-I      intronic chr7:26339896(+) A-I      intronic chr7:26354507(+) A-I      intronic chr7:26335712(+) A-I      intronic chr7:26339750(+) A-I      intronic chr7:26398178(+) A-I      intronic chr7:26376235(+) A-I      intronic chr7:26334934(+) A-I      intronic chr7:26332876(+) A-I      intronic chr7:26398207(+) A-I      intronic chr7:26338916(+) A-I      intronic chr7:26387638(+) A-I      intronic chr7:26355233(+) A-I      intronic chr7:26371085(+) A-I      intronic chr7:26398208(+) A-I      intronic chr7:26365134(+) A-I      intronic chr7:26336899(+) A-I      intronic chr7:26350936(+) A-I      intronic chr7:26381214(+) A-I      intronic chr7:26358205(+) A-I      intronic chr7:26337693(+) A-I      intronic chr7:26333048(+) A-I      intronic chr7:26358352(+) A-I      intronic chr7:26360152(+) A-I      intronic chr7:26370990(+) A-I      intronic chr7:26376166(+) A-I      intronic chr7:26398609(+) A-I      intronic chr7:26335648(+) A-I      intronic chr7:26398182(+) A-I      intronic chr7:26357428(+) A-I      intronic chr7:26364031(+) A-I      intronic chr7:26362667(+) A-I      intronic chr7:26339500(+) A-I      intronic chr7:26376307(+) A-I      intronic chr7:26370648(+) A-I      intronic chr7:26336401(+) A-I      intronic chr7:26354491(+) A-I      intronic chr7:26336786(+) A-I      intronic chr7:26337712(+) A-I      intronic chr7:26354503(+) A-I      intronic chr7:26339223(+) A-I      intronic chr7:26376204(+) A-I      intronic chr7:26376168(+) A-I      intronic chr7:26340478(+) A-I      intronic chr7:26381215(+) A-I      intronic chr7:26381385(+) A-I      intronic chr7:26371112(+) A-I      intronic chr7:26336833(+) A-I      intronic chr7:26398555(+) A-I      intronic chr7:26338933(+) A-I      intronic chr7:26366592(+) A-I      intronic chr7:26380753(+) A-I      intronic chr7:26382526(+) A-I      intronic chr7:26378263(+) A-I      intronic chr7:26338999(+) A-I      intronic chr7:26387634(+) A-I      intronic chr7:26339066(+) A-I      intronic chr7:26336845(+) A-I      intronic chr7:26350848(+) A-I      intronic chr7:26339575(+) A-I      intronic chr7:26354466(+) A-I      intronic chr7:26370493(+) A-I      intronic chr7:26337595(+) A-I      intronic chr7:26353975(+) A-I      intronic chr7:26370384(+) A-I      intronic chr7:26355271(+) A-I      intronic chr7:26371121(+) A-I      intronic chr7:26399973(+) A-I      intronic chr7:26350822(+) A-I      intronic chr7:26357424(+) A-I      intronic chr7:26337686(+) A-I      intronic chr7:26393214(+) A-I      intronic chr7:26364257(+) A-I      intronic chr7:26398565(+) A-I      intronic chr7:26339056(+) A-I      intronic chr7:26340383(+) A-I      intronic chr7:26355547(+) A-I      intronic chr7:26380844(+) A-I      intronic chr7:26387652(+) A-I      intronic chr7:26387250(+) A-I      intronic chr7:26339154(+) A-I      intronic chr7:26353527(+) A-I      intronic chr7:26339234(+) A-I      intronic chr7:26353461(+) A-I      intronic chr7:26332960(+) A-I      intronic chr7:26339974(+) A-I      intronic chr7:26370550(+) A-I      intronic chr7:26339225(+) A-I      intronic chr7:26370991(+) A-I      intronic chr7:26370967(+) A-I      intronic chr7:26398266(+) A-I      intronic chr7:26354381(+) A-I      intronic chr7:26342454(+) A-I      intronic chr7:26333014(+) A-I      intronic chr7:26380657(+) A-I      intronic chr7:26370512(+) A-I      intronic chr7:26364028(+) A-I      intronic chr7:26398102(+) A-I      intronic chr7:26339655(+) A-I      intronic chr7:26335675(+) A-I      intronic chr7:26332914(+) A-I      intronic chr7:26332955(+) A-I      intronic

Resource	Symbol	Editing Position	Change	SeqReg	exReg	PMID
DARNED	SNX10	chr7:26332845(+) A-G intron -    22484847 chr7:26332876(+) A-G intron -    22484847 chr7:26332914(+) A-G intron -    22484847 chr7:26332955(+) A-G intron -    22484847 chr7:26332960(+) A-G intron -    22484847 chr7:26333014(+) A-G intron -    22484847 chr7:26334911(+) A-G intron -    22484847 chr7:26334934(+) A-G intron -    22484847 chr7:26335648(+) A-G intron -    22484847 chr7:26335675(+) A-G intron -    22484847 chr7:26335712(+) A-G intron -    22484847 chr7:26335917(+) A-G intron -    22484847 chr7:26335964(+) A-G intron -    22484847 chr7:26336378(+) A-G intron -    22484847 chr7:26336786(+) A-G intron -    22484847 chr7:26336833(+) A-G intron -    22484847 chr7:26336845(+) A-G intron -    22484847 chr7:26336882(+) A-G intron -    22484847 chr7:26336899(+) A-G intron -    22484847 chr7:26337595(+) A-G intron -    22484847 chr7:26337686(+) A-G intron -    22484847 chr7:26337693(+) A-G intron -    22484847 chr7:26337704(+) A-G intron -    22484847 chr7:26337712(+) A-G intron -    22484847 chr7:26337749(+) A-G intron -    22484847 chr7:26337757(+) A-G intron -    22484847 chr7:26338915(+) A-G intron -    22484847 chr7:26338916(+) A-G intron -    22484847 chr7:26338933(+) A-G intron -    22484847 chr7:26338996(+) A-G intron -    22484847 chr7:26338999(+) A-G intron -    22484847 chr7:26339056(+) A-G intron -    22484847 chr7:26339066(+) A-G intron -    22484847 chr7:26339145(+) A-G intron -    22484847 chr7:26339150(+) A-G intron -    22484847 chr7:26339151(+) A-G intron -    22484847 chr7:26339154(+) A-G intron -    22484847 chr7:26339180(+) A-G intron -    22484847 chr7:26339223(+) A-G intron -    22484847 chr7:26339225(+) A-G intron -    22484847 chr7:26339234(+) A-G intron -    22484847 chr7:26339500(+) A-G intron -    22484847 chr7:26339575(+) A-G intron -    22484847 chr7:26339655(+) A-G intron -    22484847 chr7:26339750(+) A-G intron -    22484847 chr7:26339948(+) A-G intron -    22484847 chr7:26339987(+) A-G intron -    22484847 chr7:26340478(+) A-G intron -    22484847 chr7:26345691(+) A-T intron -    22484847 chr7:26350840(+) A-G intron -    22484847 chr7:26350936(+) A-G intron -    22484847 chr7:26353461(+) A-G intron -    22484847 chr7:26353527(+) A-G intron -    22484847 chr7:26353975(+) A-G intron -    22484847 chr7:26353976(+) A-G intron -    22484847 chr7:26354491(+) A-G intron -    22484847 chr7:26354497(+) A-G intron -    22484847 chr7:26354503(+) A-G intron -    22484847 chr7:26354507(+) A-G intron -    22484847 chr7:26354550(+) A-G intron -    22484847 chr7:26355128(+) A-G intron -    22484847 chr7:26355547(+) A-G intron -    22484847 chr7:26357383(+) A-G intron -    22484847 chr7:26357428(+) A-G intron -    22484847 chr7:26358134(+) T-C intron -    22484847 chr7:26364028(+) A-G intron -    22484847 chr7:26364031(+) A-G intron -    22484847 chr7:26370362(+) A-G intron -    22484847 chr7:26373151(+) A-G intron -    22484847 chr7:26376092(+) A-G intron -    22484847 chr7:26376166(+) A-G intron -    22484847 chr7:26376168(+) A-G intron -    22484847 chr7:26376204(+) A-G intron -    22484847 chr7:26376235(+) A-G intron -    22484847 chr7:26380657(+) A-G intron -    22484847 chr7:26381214(+) A-G intron -    22484847 chr7:26381215(+) A-G intron -    22484847 chr7:26381385(+) A-G intron -    22484847 chr7:26382428(+) A-G intron -    22484847 chr7:26387250(+) A-G intron -    22484847 chr7:26387316(+) C-A intron -    22484847 chr7:26387634(+) A-G intron -    22484847 chr7:26387635(+) A-G intron -    22484847 chr7:26387638(+) A-G intron -    22484847 chr7:26387652(+) A-G intron -    22484847 chr7:26393214(+) A-G intron -    22484847 chr7:26393257(+) A-G intron -    22484847 chr7:26398102(+) A-G intron -    22484847 chr7:26398178(+) A-G intron -    22484847 chr7:26398555(+) A-G intron -    22484847 chr7:26398565(+) A-G intron -    22484847 chr7:26398567(+) A-G intron -    22484847 chr7:26398609(+) A-G intron -    22484847 chr7:26399973(+) A-G intron -    22484847

RNA Modification:

Resource	Symbol	ModificationPosition	Type	Genomic Context	PMID
RMBase	SNX10	chr7:26331643-26331644(+) m6A 5'UTR       24209618 chr7:26331720-26331721(+) m6A 5'UTR//intron       - chr7:26412128-26412129(+) m6A CDS//exon       24981863 chr7:26413811-26413812(+) m6A 3'UTR       27773535

RNA Localization:

Resource	Symbol	Subcellular Localization	Tissue or Cell Line	PMID
RNALocate	hsa-miR-30c-2-3p	Exosome B cell line (Raji)|Jurkat-derived T cell line (J77cl20)     21505438 Exosome Plasma     23663360 Exosome Breast milk|Cell lines|Epididymal epithelial cells|Osteoblast|Plasma|Primary glioblastoma neurosphere cells|Primary keratinocyte|Saliva|Serum|Urine     - Microvesicle Seminal plasma     23539611 Microvesicle Serum     24797360 Microvesicle Fibroblasts|Mesenchymal stem cells     - Mitochondrion Cell line (HEK-293|HeLa)     22984580
	SNX10	Exosome Blood     - Membrane HCC cell line (HepG2)     - Nucleolus K562 cells     - Nucleoplasm K562 cells     - Nucleus HCC cell line (HepG2)|K562 cells     -

Related Drug Information:

Resource	Symbol	Drug Name	PubChem ID	Function	Link
RNAInter	hsa-miR-30c-2-3p	Gemcitabine 60750 Drug interaction    RC00006870 Eloxatine 5310940 Drug interaction    RC00006871 5-Fluorouracil 3385 Drug interaction    RC00006869

Resource	Symbol	Drug Name	PubChem ID	PMID
NoncoRNA	hsa-miR-30c-2-3p	Cisplatin 5702198       27506865

Interaction Network (The top 100 interactions):

Interactor1: hsa-miR-30c-2-3p
Interactor2: SNX10

Evidence Support:

Weak-Evidence	PAR-CLIP
Support Database	ViRBase

References:

PMID	22291592	Target region	3'UTR
Source	ViRBase	Interactor1 expression	None
Tissue or cell line	EF3D-AGO2 cells//LCL35 cells//LCL-BAC cells//LCL-BAC-D1 cells//LCL-BAC-D3 cells	Interactor2 expression	None
Description	We identified 7, 827 miRNA-interaction sites in 3, 492 cellular 3'UTRs. 531 of these sites contained seed matches to viral miRNAs.Table S6: High confidence miRNA-interaction sites in 3'UTRs.