Basic Information:

  VIRBase ID:  

HHID00064293

  Virus:  

Human gammaherpesvirus 4 (Epstein-Barr virus, EPV)

  Host:  

Homo sapiens

  Confidence Score:  

0.4752

  Interaction Type:  

Host-Host interaction

  Predicted Binding:

 

      hsa-miR-29b-1-5p:  MIMAT0004514          CCNYL1:  NM_001330218     

      *It may take a few minutes to display results.

Interactor Information:

	Interactor1	Interactor2
Symbol	hsa-miR-29b-1-5p	CCNYL1
miRBase Accession/Entrez ID	MIMAT0004514	151195
Organism	Homo sapiens	Homo sapiens
Category	miRNA	mRNA
Alias	-	-

ncRNA SNP information:

Resource	Symbol	SNP ID	SNP Position	Ref/Alt
miRNASNP-v3	hsa-miR-29b-1-5p	rs1189550020 chr7:130877522    G/GA rs1554489373 chr7:130877519    T/C rs1554489375 chr7:130877520    A/C rs782109811 chr7:130877509    TA/T rs778204762 chr7:130877526    C/A rs778204762 chr7:130877526    C/T

RNA Editing:

Resource	Symbol	Editing Position	Change	Genetic Region
RADAR	CCNYL1	chr2:208619237(+) A-I      3'UTR chr2:208619739(+) A-I      3'UTR chr2:208619756(+) A-I      3'UTR chr2:208619595(+) A-I      3'UTR chr2:208619584(+) A-I      3'UTR chr2:208619242(+) A-I      3'UTR chr2:208619542(+) A-I      3'UTR chr2:208619575(+) A-I      3'UTR chr2:208619234(+) A-I      3'UTR chr2:208619211(+) A-I      3'UTR chr2:208619231(+) A-I      3'UTR chr2:208619235(+) A-I      3'UTR chr2:208600529(+) A-I      intronic chr2:208619583(+) A-I      3'UTR chr2:208619590(+) A-I      3'UTR chr2:208619591(+) A-I      3'UTR chr2:208619725(+) A-I      3'UTR chr2:208619236(+) A-I      3'UTR chr2:208619225(+) A-I      3'UTR chr2:208619186(+) A-I      3'UTR chr2:208619183(+) A-I      3'UTR chr2:208619965(+) A-I      3'UTR chr2:208619180(+) A-I      3'UTR chr2:208619693(+) A-I      3'UTR chr2:208619483(+) A-I      3'UTR chr2:208603074(+) A-I      intronic chr2:208619498(+) A-I      3'UTR chr2:208603110(+) A-I      intronic chr2:208600516(+) A-I      intronic chr2:208605868(+) A-I      intronic chr2:208605864(+) A-I      intronic chr2:208579815(+) A-I      intronic chr2:208579833(+) A-I      intronic chr2:208579834(+) A-I      intronic chr2:208579836(+) A-I      intronic chr2:208579885(+) A-I      intronic chr2:208579893(+) A-I      intronic chr2:208579894(+) A-I      intronic chr2:208580653(+) A-I      intronic chr2:208581682(+) A-I      intronic chr2:208581683(+) A-I      intronic chr2:208586897(+) A-I      intronic chr2:208587049(+) A-I      intronic chr2:208587507(+) A-I      intronic chr2:208587598(+) A-I      intronic chr2:208587632(+) A-I      intronic chr2:208587633(+) A-I      intronic chr2:208605858(+) A-I      intronic chr2:208605817(+) A-I      intronic chr2:208605816(+) A-I      intronic chr2:208605796(+) A-I      intronic chr2:208603513(+) A-I      intronic chr2:208603507(+) A-I      intronic chr2:208603145(+) A-I      intronic chr2:208579838(+) A-I      intronic chr2:208603006(+) A-I      intronic chr2:208600495(+) A-I      intronic chr2:208600438(+) A-I      intronic chr2:208600436(+) A-I      intronic chr2:208600356(+) A-I      intronic chr2:208579739(+) A-I      intronic chr2:208600328(+) A-I      intronic chr2:208595256(+) A-I      intronic chr2:208594699(+) A-I      intronic chr2:208594642(+) A-I      intronic chr2:208588501(+) A-I      intronic chr2:208610489(+) A-I      intronic chr2:208608629(+) A-I      intronic chr2:208605939(+) A-I      intronic chr2:208605929(+) A-I      intronic chr2:208605928(+) A-I      intronic chr2:208605900(+) A-I      intronic chr2:208587640(+) A-I      intronic chr2:208610508(+) A-I      intronic chr2:208610497(+) A-I      intronic chr2:208619362(+) A-I      3'UTR chr2:208619440(+) A-I      3'UTR chr2:208619485(+) A-I      3'UTR chr2:208619445(+) A-I      3'UTR chr2:208619658(+) A-I      3'UTR chr2:208619989(+) A-I      3'UTR chr2:208620123(+) A-I      3'UTR chr2:208620122(+) A-I      3'UTR chr2:208620121(+) A-I      3'UTR chr2:208620111(+) A-I      3'UTR chr2:208620038(+) A-I      3'UTR chr2:208619774(+) A-I      3'UTR chr2:208620029(+) A-I      3'UTR chr2:208620022(+) A-I      3'UTR chr2:208620006(+) A-I      3'UTR chr2:208620000(+) A-I      3'UTR chr2:208619360(+) A-I      3'UTR chr2:208619775(+) A-I      3'UTR chr2:208619766(+) A-I      3'UTR chr2:208619736(+) A-I      3'UTR chr2:208619364(+) A-I      3'UTR chr2:208587604(+) A-I      intronic chr2:208595227(+) A-I      intronic chr2:208608656(+) A-I      intronic chr2:208608617(+) A-I      intronic chr2:208584667(+) A-I      intronic chr2:208577720(+) A-I      intronic chr2:208594650(+) A-I      intronic chr2:208595362(+) A-I      intronic chr2:208580652(+) A-I      intronic chr2:208579937(+) A-I      intronic chr2:208579777(+) A-I      intronic chr2:208606408(+) A-I      intronic chr2:208582810(+) A-I      intronic chr2:208588342(+) A-I      intronic chr2:208584919(+) A-I      intronic chr2:208584522(+) A-I      intronic chr2:208594645(+) A-I      intronic chr2:208585401(+) A-I      intronic chr2:208587033(+) A-I      intronic chr2:208580600(+) A-I      intronic chr2:208594574(+) A-I      intronic chr2:208584791(+) A-I      intronic chr2:208582813(+) A-I      intronic chr2:208601913(+) A-I      intronic chr2:208593262(+) A-I      intronic chr2:208600441(+) A-I      intronic chr2:208606665(+) A-I      intronic chr2:208611615(+) A-I      intronic chr2:208587430(+) A-I      intronic chr2:208595226(+) A-I      intronic chr2:208579845(+) A-I      intronic chr2:208619479(+) A-I      3'UTR chr2:208619675(+) A-I      3'UTR chr2:208619699(+) A-I      3'UTR chr2:208619504(+) A-I      3'UTR chr2:208619503(+) A-I      3'UTR chr2:208619462(+) A-I      3'UTR chr2:208619461(+) A-I      3'UTR chr2:208620032(+) A-I      3'UTR chr2:208619421(+) A-I      3'UTR chr2:208619740(+) A-I      3'UTR chr2:208619749(+) A-I      3'UTR chr2:208619491(+) A-I      3'UTR chr2:208619473(+) A-I      3'UTR chr2:208619669(+) A-I      3'UTR chr2:208619401(+) A-I      3'UTR chr2:208619757(+) A-I      3'UTR chr2:208619983(+) A-I      3'UTR chr2:208619742(+) A-I      3'UTR chr2:208620075(+) A-I      3'UTR chr2:208619893(+) A-I      3'UTR chr2:208619734(+) A-I      3'UTR chr2:208619870(+) A-I      3'UTR chr2:208595331(+) A-I      intronic chr2:208585191(+) A-I      intronic chr2:208610401(+) A-I      intronic chr2:208581761(+) A-I      intronic chr2:208584765(+) A-I      intronic chr2:208586914(+) A-I      intronic chr2:208595267(+) A-I      intronic chr2:208612449(+) A-I      intronic chr2:208587521(+) A-I      intronic chr2:208585374(+) A-I      intronic chr2:208609359(+) A-I      intronic chr2:208582770(+) A-I      intronic chr2:208583109(+) A-I      intronic chr2:208603561(+) A-I      intronic chr2:208584920(+) A-I      intronic chr2:208612294(+) A-I      intronic chr2:208585391(+) A-I      intronic chr2:208605725(+) A-I      intronic chr2:208593660(+) A-I      intronic chr2:208579881(+) A-I      intronic chr2:208587467(+) A-I      intronic chr2:208600365(+) A-I      intronic chr2:208606660(+) A-I      intronic chr2:208588505(+) A-I      intronic chr2:208608218(+) A-I      intronic chr2:208608205(+) A-I      intronic chr2:208580221(+) A-I      intronic chr2:208584735(+) A-I      intronic chr2:208596614(+) A-I      intronic chr2:208600464(+) A-I      intronic chr2:208579830(+) A-I      intronic chr2:208608593(+) A-I      intronic chr2:208583004(+) A-I      intronic chr2:208577644(+) A-I      intronic chr2:208610607(+) A-I      intronic chr2:208600517(+) A-I      intronic chr2:208609308(+) A-I      intronic chr2:208579827(+) A-I      intronic chr2:208604057(+) A-I      intronic chr2:208580184(+) A-I      intronic chr2:208588344(+) A-I      intronic chr2:208594579(+) A-I      intronic chr2:208594566(+) A-I      intronic chr2:208600502(+) A-I      intronic chr2:208587562(+) A-I      intronic chr2:208603624(+) A-I      intronic chr2:208606359(+) A-I      intronic chr2:208595388(+) A-I      intronic chr2:208583214(+) A-I      intronic chr2:208586936(+) A-I      intronic chr2:208587473(+) A-I      intronic chr2:208608577(+) A-I      intronic chr2:208605724(+) A-I      intronic chr2:208579066(+) A-I      NonSyn:Glu->Gly chr2:208579070(+) A-I      Syn:Lys->Lys

Resource	Symbol	Editing Position	Change	SeqReg	exReg	PMID
DARNED	CCNYL1	chr2:208619414(+) A-I exon 3'UTR    15342557 chr2:208619461(+) A-I exon 3'UTR    15342557 chr2:208619479(+) A-I exon 3'UTR    15342557   //21960545 chr2:208619488(+) A-I exon 3'UTR    15342557 chr2:208619534(+) A-I exon 3'UTR    15342557 chr2:208619585(+) A-I exon 3'UTR    15342557 chr2:208619588(+) A-I exon 3'UTR    15342557 chr2:208619650(+) A-I exon 3'UTR    15342557 chr2:208619662(+) A-I exon 3'UTR    15342557 chr2:208619742(+) A-I exon 3'UTR    15342557   //21960545 chr2:208619749(+) A-I exon 3'UTR    15342557   //21960545 chr2:208620134(+) A-I exon 3'UTR    15342557 chr2:208619315(+) A-I intron -    21960545   //22327324 chr2:208608218(+) A-I intron -    21960545 chr2:208608617(+) A-I intron -    21960545 chr2:208619316(+) A-I intron -    21960545 chr2:208619491(+) A-I intron -    21960545 chr2:208619479(+) A-G intron -    21725310   //22484847 chr2:208619749(+) A-G intron -    21725310   //22484847 chr2:208579827(+) A-G intron -    22484847 chr2:208579830(+) A-G intron -    22484847 chr2:208579881(+) A-G intron -    22484847 chr2:208580221(+) A-G intron -    22484847 chr2:208582770(+) A-G intron -    22484847 chr2:208584735(+) A-G intron -    22484847 chr2:208584791(+) A-G intron -    22484847 chr2:208585133(+) C-T intron -    22484847 chr2:208585191(+) A-G intron -    22484847 chr2:208585272(+) A-G intron -    22484847 chr2:208585374(+) A-G intron -    22484847 chr2:208586914(+) A-G intron -    22484847 chr2:208586936(+) A-G intron -    22484847 chr2:208587033(+) A-G intron -    22484847 chr2:208587467(+) A-G intron -    22484847 chr2:208594645(+) A-G intron -    22484847 chr2:208595226(+) A-G intron -    22484847 chr2:208595388(+) A-G intron -    22484847 chr2:208600441(+) A-G intron -    22484847 chr2:208603543(+) A-G intron -    22484847 chr2:208603544(+) A-G intron -    22484847 chr2:208603633(+) A-G intron -    22484847 chr2:208605924(+) A-G intron -    22484847 chr2:208606660(+) A-G intron -    22484847 chr2:208606665(+) A-G intron -    22484847 chr2:208606728(+) A-G intron -    22484847 chr2:208608617(+) A-G intron -    22484847 chr2:208609359(+) A-G intron -    22484847 chr2:208609368(+) A-G intron -    22484847 chr2:208610580(+) G-A intron -    22484847 chr2:208619377(+) A-G intron -    22484847 chr2:208619462(+) A-G intron -    22484847 chr2:208619650(+) A-G intron -    22484847 chr2:208619669(+) A-G intron -    22484847 chr2:208619675(+) A-G intron -    22484847 chr2:208619699(+) A-G intron -    22484847 chr2:208619742(+) A-G intron -    22484847 chr2:208619745(+) T-C intron -    22484847 chr2:208619870(+) A-G intron -    22484847 chr2:208619893(+) A-G intron -    22484847 chr2:208619947(+) T-A intron -    22484847

RNA Modification:

Resource	Symbol	ModificationPosition	Type	Genomic Context	PMID
RMBase	CCNYL1	chr2:208576463-208576464(+) m6A 5'UTR//intron       24981863 chr2:208576627-208576628(+) m6A CDS//intron       24209618 chr2:208615835-208615836(+) m6A 3'UTR//CDS//exon       24981863 chr2:208618333-208618334(+) m6A CDS//exon//intron       24981863//22608085 chr2:208618339-208618340(+) m6A CDS//exon//intron       24981863//22608085 chr2:208618453-208618454(+) m6A 3'UTR//exon//intron       24284625//24209618//25456834//24981863//22575960//22608085 chr2:208618469-208618470(+) m6A 3'UTR//exon//intron       24284625//24209618//25456834//24981863//22575960//22608085 chr2:208618500-208618501(+) m6A 3'UTR//exon//intron       24284625//24209618//25456834//24981863//22575960//22608085 chr2:208618550-208618551(+) m6A 3'UTR//exon//intron       24284625//24209618//25456834//24981863//27773535//22575960//22608085 chr2:208618558-208618559(+) m6A 3'UTR//exon//intron       24284625//24209618//25456834//24981863//27773535//22575960//22608085 chr2:208618592-208618593(+) m6A 3'UTR//exon//intron       24284625//24209618//25456834//24981863//27773535//22575960//22608085 chr2:208618611-208618612(+) m6A 3'UTR//intron       24284625//24209618//25456834//24981863//27773535//22608085 chr2:208618637-208618638(+) m6A 3'UTR//intron       24284625//24209618//25456834//24981863//27773535//22608085 chr2:208618651-208618652(+) m6A 3'UTR//intron       24284625//24209618//24981863//27773535//22608085 chr2:208618720-208618721(+) m6A 3'UTR//intron       24284625//24209618//24981863//27773535//22608085 chr2:208618739-208618740(+) m6A 3'UTR//intron       24284625//24209618//24981863//27773535//22608085 chr2:208618759-208618760(+) m6A 3'UTR//intron       24284625//24209618//24981863//27773535//22608085 chr2:208618768-208618769(+) m6A 3'UTR//intron       24284625//24981863//27773535//22608085 chr2:208618866-208618867(+) m6A 3'UTR//intron       24284625//24981863 chr2:208618873-208618874(+) m6A 3'UTR//intron       24284625//24981863 chr2:208618900-208618901(+) m6A 3'UTR//intron       24284625//24981863

RNA Localization:

Resource	Symbol	Subcellular Localization	Tissue or Cell Line	PMID
RNALocate	hsa-miR-29b-1-5p	Exosome Breast milk|Cell lines|Epididymal epithelial cells|Osteoblast|Plasma|Primary glioblastoma neurosphere cells|Primary keratinocyte|Saliva|Serum|Urine     - Microvesicle Seminal plasma     23539611 Microvesicle Fibroblasts|Mesenchymal stem cells     - Mitochondrion Skeletal muscle myoblasts     21637849
	CCNYL1	Chromatin K562 cells     - Cytosol Human myelogenous leukemia cell line (K-562)     21613539 Cytosol HCC cell line (HepG2)     - Exosome Blood     -

Interaction Network (The top 100 interactions):

Interactor1: hsa-miR-29b-1-5p
Interactor2: CCNYL1

Evidence Support:

Weak-Evidence	PAR-CLIP
Support Database	ViRBase

References:

PMID	22291592	Target region	3'UTR
Source	ViRBase	Interactor1 expression	None
Tissue or cell line	EF3D-AGO2 cells//LCL35 cells//LCL-BAC cells//LCL-BAC-D1 cells//LCL-BAC-D3 cells	Interactor2 expression	None
Description	We identified 7, 827 miRNA-interaction sites in 3, 492 cellular 3'UTRs. 531 of these sites contained seed matches to viral miRNAs.Table S6: High confidence miRNA-interaction sites in 3'UTRs.