Basic Information:

  VIRBase ID:  

HHID00064277

  Virus:  

Human gammaherpesvirus 4 (Epstein-Barr virus, EPV)

  Host:  

Homo sapiens

  Confidence Score:  

0.4752

  Interaction Type:  

Host-Host interaction

  Predicted Binding:

 

      hsa-miR-29b-1-5p:  MIMAT0004514          DDI2:  NM_032341     

      *It may take a few minutes to display results.

Interactor Information:

	Interactor1	Interactor2
Symbol	hsa-miR-29b-1-5p	DDI2
miRBase Accession/Entrez ID	MIMAT0004514	84301
Organism	Homo sapiens	Homo sapiens
Category	miRNA	mRNA
Alias	-	-

ncRNA SNP information:

Resource	Symbol	SNP ID	SNP Position	Ref/Alt
miRNASNP-v3	hsa-miR-29b-1-5p	rs1189550020 chr7:130877522    G/GA rs1554489373 chr7:130877519    T/C rs1554489375 chr7:130877520    A/C rs782109811 chr7:130877509    TA/T rs778204762 chr7:130877526    C/A rs778204762 chr7:130877526    C/T

RNA Editing:

Resource	Symbol	Editing Position	Change	Genetic Region
RADAR	DDI2	chr1:15991592(+) A-I      3'UTR chr1:15991586(+) A-I      3'UTR chr1:15984748(+) A-I      intronic chr1:15991595(+) A-I      3'UTR chr1:15977084(+) A-I      intronic chr1:15977083(+) A-I      intronic chr1:15991581(+) A-I      3'UTR chr1:15966352(+) A-I      intronic chr1:15991597(+) A-I      3'UTR chr1:15966351(+) A-I      intronic chr1:15966317(+) A-I      intronic chr1:15991603(+) A-I      3'UTR chr1:15984774(+) A-I      intronic chr1:15991598(+) A-I      3'UTR chr1:15991610(+) A-I      3'UTR chr1:15984786(+) A-I      intronic chr1:15985078(+) A-I      intronic chr1:15962001(+) A-I      intronic chr1:15956344(+) A-I      intronic chr1:15991604(+) A-I      3'UTR chr1:15985093(+) A-I      intronic chr1:15978639(+) A-I      intronic chr1:15979026(+) A-I      intronic chr1:15977044(+) A-I      intronic chr1:15981066(+) A-I      intronic chr1:15977078(+) A-I      intronic chr1:15979164(+) A-I      intronic chr1:15981118(+) A-I      intronic chr1:15977186(+) A-I      intronic chr1:15980192(+) A-I      intronic chr1:15979457(+) A-I      intronic chr1:15979406(+) A-I      intronic chr1:15979211(+) A-I      intronic chr1:15969170(+) A-I      intronic chr1:15969180(+) A-I      intronic chr1:15967712(+) A-I      intronic chr1:15966376(+) A-I      intronic chr1:15962845(+) A-I      intronic chr1:15962723(+) A-I      intronic chr1:15985008(+) A-I      intronic chr1:15982198(+) A-I      intronic chr1:15985003(+) A-I      intronic chr1:15969194(+) A-I      intronic chr1:15982095(+) A-I      intronic chr1:15961567(+) A-I      intronic chr1:15982205(+) A-I      intronic chr1:15961562(+) A-I      intronic chr1:15984811(+) A-I      intronic chr1:15961374(+) A-I      intronic chr1:15958870(+) A-I      intronic chr1:15984757(+) A-I      intronic chr1:15958881(+) A-I      intronic chr1:15982087(+) A-I      intronic chr1:15974232(+) A-I      intronic chr1:15984879(+) A-I      intronic chr1:15979156(+) A-I      intronic chr1:15980268(+) A-I      intronic chr1:15974297(+) A-I      intronic chr1:15974374(+) A-I      intronic chr1:15979141(+) A-I      intronic chr1:15977007(+) A-I      intronic chr1:15980157(+) A-I      intronic chr1:15982197(+) A-I      intronic chr1:15979140(+) A-I      intronic chr1:15958908(+) A-I      intronic chr1:15958866(+) A-I      intronic chr1:15958852(+) A-I      intronic chr1:15981155(+) A-I      intronic chr1:15956424(+) A-I      intronic chr1:15956410(+) A-I      intronic chr1:15956024(+) A-I      intronic chr1:15981006(+) A-I      intronic chr1:15981036(+) A-I      intronic chr1:15956020(+) A-I      intronic chr1:15956007(+) A-I      intronic chr1:15981894(+) A-I      intronic chr1:15955945(+) A-I      intronic chr1:15982182(+) A-I      intronic chr1:15955920(+) A-I      intronic chr1:15966353(+) A-I      intronic chr1:15969076(+) A-I      intronic chr1:15981904(+) A-I      intronic chr1:15985082(+) A-I      intronic chr1:15956489(+) A-I      intronic chr1:15985097(+) A-I      intronic chr1:15956004(+) A-I      intronic chr1:15974414(+) A-I      intronic chr1:15980125(+) A-I      intronic chr1:15974338(+) A-I      intronic chr1:15978787(+) A-I      intronic chr1:15950495(+) A-I      intronic chr1:15984828(+) A-I      intronic chr1:15956461(+) A-I      intronic chr1:15969532(+) A-I      intronic chr1:15956075(+) A-I      intronic chr1:15978670(+) A-I      intronic chr1:15974352(+) A-I      intronic chr1:15966009(+) A-I      intronic chr1:15978768(+) A-I      intronic chr1:15981992(+) A-I      intronic chr1:15961295(+) A-I      intronic chr1:15955931(+) A-I      intronic chr1:15961076(+) A-I      intronic chr1:15965988(+) A-I      intronic chr1:15966174(+) A-I      intronic chr1:15974379(+) A-I      intronic chr1:15985072(+) A-I      intronic chr1:15978592(+) A-I      intronic chr1:15976990(+) A-I      intronic chr1:15966148(+) A-I      intronic chr1:15974391(+) A-I      intronic chr1:15979197(+) A-I      intronic chr1:15962682(+) A-I      intronic chr1:15985136(+) A-I      intronic chr1:15980153(+) A-I      intronic chr1:15962717(+) A-I      intronic chr1:15956403(+) A-I      intronic chr1:15965169(+) A-I      intronic chr1:15991637(+) A-I      3'UTR chr1:15980919(+) A-I      intronic chr1:15979238(+) A-I      intronic chr1:15962040(+) A-I      intronic chr1:15982519(+) A-I      intronic chr1:15956301(+) A-I      intronic chr1:15978682(+) A-I      intronic chr1:15955955(+) A-I      intronic chr1:15981028(+) A-I      intronic chr1:15985105(+) A-I      intronic chr1:15958863(+) A-I      intronic chr1:15966345(+) A-I      intronic chr1:15958351(+) A-I      intronic chr1:15974275(+) A-I      intronic chr1:15969441(+) A-I      intronic chr1:15985237(+) A-I      intronic chr1:15977414(+) A-I      intronic chr1:15979155(+) A-I      intronic chr1:15978827(+) A-I      intronic chr1:15981865(+) A-I      intronic chr1:15978742(+) A-I      intronic chr1:15978733(+) A-I      intronic chr1:15969402(+) A-I      intronic chr1:15950173(+) A-I      intronic chr1:15956017(+) A-I      intronic chr1:15980133(+) A-I      intronic chr1:15978687(+) A-I      intronic chr1:15969458(+) A-I      intronic chr1:15956416(+) A-I      intronic chr1:15965265(+) A-I      intronic chr1:15961956(+) A-I      intronic chr1:15985161(+) A-I      intronic chr1:15981900(+) A-I      intronic chr1:15985002(+) A-I      intronic chr1:15955932(+) A-I      intronic chr1:15979237(+) A-I      intronic chr1:15978762(+) A-I      intronic chr1:15981837(+) A-I      intronic chr1:15961561(+) A-I      intronic chr1:15981071(+) A-I      intronic chr1:15958418(+) A-I      intronic chr1:15961962(+) A-I      intronic chr1:15981864(+) A-I      intronic chr1:15979421(+) A-I      intronic chr1:15956326(+) A-I      intronic chr1:15969011(+) A-I      intronic chr1:15956366(+) A-I      intronic chr1:15978720(+) A-I      intronic chr1:15978788(+) A-I      intronic chr1:15984825(+) A-I      intronic chr1:15982169(+) A-I      intronic chr1:15980254(+) A-I      intronic chr1:15980260(+) A-I      intronic chr1:15966168(+) A-I      intronic chr1:15956042(+) A-I      intronic chr1:15978669(+) A-I      intronic chr1:15985049(+) A-I      intronic chr1:15981010(+) A-I      intronic chr1:15955829(+) A-I      intronic chr1:15979877(+) A-I      intronic chr1:15962080(+) A-I      intronic chr1:15966413(+) A-I      intronic chr1:15962769(+) A-I      intronic chr1:15955881(+) A-I      intronic chr1:15969021(+) A-I      intronic chr1:15980230(+) A-I      intronic chr1:15969181(+) A-I      intronic chr1:15977914(+) A-I      intronic chr1:15966100(+) A-I      intronic chr1:15982571(+) A-I      intronic chr1:15978673(+) A-I      intronic chr1:15981070(+) A-I      intronic chr1:15981003(+) A-I      intronic chr1:15990582(+) A-I      3'UTR chr1:15965210(+) A-I      intronic chr1:15977090(+) A-I      intronic chr1:15955833(+) A-I      intronic chr1:15978600(+) A-I      intronic chr1:15985155(+) A-I      intronic chr1:15978727(+) A-I      intronic chr1:15979420(+) A-I      intronic chr1:15977061(+) A-I      intronic chr1:15980071(+) A-I      intronic chr1:15965141(+) A-I      intronic chr1:15974292(+) A-I      intronic chr1:15985183(+) A-I      intronic chr1:15984745(+) A-I      intronic chr1:15968996(+) A-I      intronic chr1:15963844(+) A-I      intronic chr1:15963144(+) A-I      intronic chr1:15979152(+) A-I      intronic chr1:15985145(+) A-I      intronic chr1:15984906(+) A-I      intronic chr1:15962765(+) A-I      intronic chr1:15990584(+) A-I      3'UTR chr1:15982008(+) A-I      intronic chr1:15980227(+) A-I      intronic chr1:15966098(+) A-I      intronic chr1:15980255(+) A-I      intronic chr1:15966312(+) A-I      intronic chr1:15978736(+) A-I      intronic chr1:15961201(+) A-I      intronic chr1:15979019(+) A-I      intronic chr1:15980066(+) A-I      intronic chr1:15961467(+) A-I      intronic chr1:15979064(+) A-I      intronic chr1:15955926(+) A-I      intronic chr1:15974393(+) A-I      intronic chr1:15956368(+) A-I      intronic chr1:15974366(+) A-I      intronic chr1:15966382(+) A-I      intronic chr1:15978909(+) A-I      intronic chr1:15966380(+) A-I      intronic chr1:15980176(+) A-I      intronic chr1:15978644(+) A-I      intronic chr1:15985110(+) A-I      intronic chr1:15962030(+) A-I      intronic chr1:15980915(+) A-I      intronic chr1:15979008(+) A-I      intronic chr1:15956382(+) A-I      intronic chr1:15966059(+) A-I      intronic

Resource	Symbol	Editing Position	Change	SeqReg	exReg	PMID
DARNED	DDI2	chr1:15981028(+) A-I intron -    22327324 chr1:15962741(+) A-I intron -    21960545 chr1:15966100(+) A-I intron -    21960545 chr1:15968996(+) A-I intron -    21960545 chr1:15969011(+) A-I intron -    21960545 chr1:15980255(+) A-I intron -    21960545 chr1:15982519(+) A-I intron -    21960545 chr1:15982598(+) A-I intron -    21960545 chr1:15955829(+) A-G intron -    22484847 chr1:15955833(+) A-G intron -    22484847 chr1:15955881(+) A-G intron -    22484847 chr1:15955926(+) A-G intron -    22484847 chr1:15955931(+) A-G intron -    22484847 chr1:15955932(+) A-G intron -    22484847 chr1:15955955(+) A-G intron -    22484847 chr1:15956004(+) A-G intron -    22484847 chr1:15956042(+) A-G intron -    22484847 chr1:15956239(+) C-T intron -    22484847 chr1:15956326(+) A-G intron -    22484847 chr1:15956366(+) A-G intron -    22484847 chr1:15956382(+) A-G intron -    22484847 chr1:15956403(+) A-G intron -    22484847 chr1:15956416(+) A-G intron -    22484847 chr1:15956461(+) A-G intron -    22484847 chr1:15956489(+) A-G intron -    22484847 chr1:15958418(+) A-G intron -    22484847 chr1:15958863(+) A-G intron -    22484847 chr1:15961076(+) A-G intron -    22484847 chr1:15961956(+) A-G intron -    22484847 chr1:15961962(+) A-G intron -    22484847 chr1:15962040(+) A-G intron -    22484847 chr1:15962717(+) A-G intron -    22484847 chr1:15963139(+) G-A intron -    22484847 chr1:15965141(+) A-G intron -    22484847 chr1:15965169(+) A-G intron -    22484847 chr1:15966009(+) A-G intron -    22484847 chr1:15966098(+) A-G intron -    22484847 chr1:15966312(+) A-G intron -    22484847 chr1:15966353(+) A-G intron -    22484847 chr1:15966380(+) A-G intron -    22484847 chr1:15968996(+) A-G intron -    22484847 chr1:15969021(+) A-G intron -    22484847 chr1:15969181(+) A-G intron -    22484847 chr1:15969441(+) A-G intron -    22484847 chr1:15974275(+) A-G intron -    22484847 chr1:15974338(+) A-G intron -    22484847 chr1:15974352(+) A-G intron -    22484847 chr1:15974384(+) G-A intron -    22484847 chr1:15975485(+) T-A intron -    22484847 chr1:15976990(+) A-G intron -    22484847 chr1:15977090(+) A-G intron -    22484847 chr1:15977414(+) A-G intron -    22484847 chr1:15977914(+) A-G intron -    22484847 chr1:15978669(+) A-G intron -    22484847 chr1:15978670(+) A-G intron -    22484847 chr1:15978673(+) A-G intron -    22484847 chr1:15978687(+) A-G intron -    22484847 chr1:15978733(+) A-G intron -    22484847 chr1:15978742(+) A-G intron -    22484847 chr1:15978788(+) A-G intron -    22484847 chr1:15978827(+) A-G intron -    22484847 chr1:15979064(+) A-G intron -    22484847 chr1:15979197(+) A-G intron -    22484847 chr1:15979237(+) A-G intron -    22484847 chr1:15979238(+) A-G intron -    22484847 chr1:15979877(+) A-G intron -    22484847 chr1:15980176(+) A-G intron -    22484847 chr1:15980230(+) A-G intron -    22484847 chr1:15981028(+) A-G intron -    22484847 chr1:15981070(+) A-G intron -    22484847 chr1:15982571(+) A-G intron -    22484847

RNA Modification:

Resource	Symbol	ModificationPosition	Type	Genomic Context	PMID
RMBase	DDI2	chr1:15986416-15986417(+) m6A 3'UTR       24284625//24981863//22608085 chr1:15986509-15986510(+) m6A 3'UTR       24284625//24981863//22575960//22608085 chr1:15986556-15986557(+) m6A 3'UTR       24284625//24981863//22575960//22608085 chr1:15986572-15986573(+) m6A 3'UTR       24284625//24981863//22575960//22608085 chr1:15986616-15986617(+) m6A 3'UTR       24284625//25456834//24981863//26404942//22575960//22608085 chr1:15986631-15986632(+) m6A 3'UTR       24284625//25456834//24981863//26404942//22575960//22608085 chr1:15986746-15986747(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//25456834//24981863//22575960//22608085 chr1:15986788-15986789(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//24981863//22575960//22608085 chr1:15986835-15986836(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//24981863//22575960//22608085 chr1:15986872-15986873(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//24981863//22575960//22608085 chr1:15986884-15986885(+) m6A 3'UTR       24284625//24981863//22575960//22608085 chr1:15986946-15986947(+) m6A 3'UTR       24284625//24981863//22608085 chr1:15987101-15987102(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//24981863//26404942//22608085 chr1:15987183-15987184(+) m6A 3'UTR       24284625//24981863//26404942//22608085 chr1:15987233-15987234(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//24981863//22608085 chr1:15987305-15987306(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//24981863//27773535//22608085 chr1:15987326-15987327(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//24981863//22608085 chr1:15987436-15987437(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//24981863//27773535//22575960//22608085 chr1:15987445-15987446(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//24981863//26404942//27773535//22575960//22608085 chr1:15987466-15987467(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//24981863//26404942//27773535//22575960//22608085 chr1:15987512-15987513(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//24981863//26404942//27773535//22575960//22608085 chr1:15987530-15987531(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//24981863//26404942//27773535//22575960//22608085 chr1:15987543-15987544(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//24981863//26404942//27773535//22575960//22608085 chr1:15987560-15987561(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//24981863//26404942//27773535//22575960//22608085 chr1:15987589-15987590(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//24981863//26404942//27773535//22575960//22608085 chr1:15987638-15987639(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//24981863//27773535//22575960//22608085 chr1:15987696-15987697(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//24981863//27773535//22575960//22608085 chr1:15987771-15987772(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//24981863//27773535//22575960//22608085 chr1:15987800-15987801(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//24981863//27773535//22575960//22608085 chr1:15987847-15987848(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//24981863//26404942//27773535//22575960//22608085 chr1:15987881-15987882(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//25456834//24981863//26404942//27773535//22575960//22608085 chr1:15987893-15987894(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//25456834//24981863//26404942//27773535//22575960//22608085 chr1:15987930-15987931(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//25456834//24981863//27773535//22575960//22608085 chr1:15987963-15987964(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//25456834//24981863//27773535//22575960//22608085 chr1:15987974-15987975(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//25456834//24981863//27773535//22575960//22608085 chr1:15988024-15988025(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//25456834//24981863//22575960//22608085 chr1:15988167-15988168(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//24981863//22575960//22608085 chr1:15988197-15988198(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//24981863//22575960//22608085 chr1:15988236-15988237(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//24981863//27773535//22575960//22608085 chr1:15988257-15988258(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//24981863//22575960//22608085 chr1:15988324-15988325(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//24981863//22608085 chr1:15988602-15988603(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//25456834//24981863//22608085 chr1:15988610-15988611(+) m6A 3'UTR       24284625//24209618//25456834//24981863//22608085 chr1:15988683-15988684(+) m6A 3'UTR       24284625//25456834//24981863//22608085 chr1:15988982-15988983(+) m6A 3'UTR       22608085 chr1:15988987-15988988(+) m6A 3'UTR       22608085 chr1:15989018-15989019(+) m6A 3'UTR       22608085 chr1:15989044-15989045(+) m6A 3'UTR       22608085 chr1:15993897-15993898(+) m6A 3'UTR       24284625 chr1:15993920-15993921(+) m6A 3'UTR       24284625 chr1:15994080-15994081(+) m6A 3'UTR       24284625 chr1:15995196-15995197(+) m6A 3'UTR       27773535 chr1:15995271-15995272(+) m6A 3'UTR       27773535 chr1:15995280-15995281(+) m6A 3'UTR       27773535 chr1:15995290-15995291(+) m6A 3'UTR       27773535 chr1:15995295-15995296(+) m6A 3'UTR       27773535 chr1:15995345-15995346(+) m6A 3'UTR       27773535 chr1:15995352-15995353(+) m6A 3'UTR       27773535

RNA Localization:

Resource	Symbol	Subcellular Localization	Tissue or Cell Line	PMID
RNALocate	hsa-miR-29b-1-5p	Exosome Breast milk|Cell lines|Epididymal epithelial cells|Osteoblast|Plasma|Primary glioblastoma neurosphere cells|Primary keratinocyte|Saliva|Serum|Urine     - Microvesicle Seminal plasma     23539611 Microvesicle Fibroblasts|Mesenchymal stem cells     - Mitochondrion Skeletal muscle myoblasts     21637849
	DDI2	Chromatin K562 cells     - Cytosol HCC cell line (HepG2)|K562 cells     - Exosome Blood     - Nucleolus K562 cells     - Nucleoplasm K562 cells     - Nucleus HeLa-S3 cells     - Ribosome Colon cancer cells     24393600

Interaction Network (The top 100 interactions):

Interactor1: hsa-miR-29b-1-5p
Interactor2: DDI2

Evidence Support:

Weak-Evidence	PAR-CLIP
Support Database	ViRBase

References:

PMID	22291592	Target region	3'UTR
Source	ViRBase	Interactor1 expression	None
Tissue or cell line	EF3D-AGO2 cells//LCL35 cells//LCL-BAC cells//LCL-BAC-D1 cells//LCL-BAC-D3 cells	Interactor2 expression	None
Description	We identified 7, 827 miRNA-interaction sites in 3, 492 cellular 3'UTRs. 531 of these sites contained seed matches to viral miRNAs.Table S6: High confidence miRNA-interaction sites in 3'UTRs.