Basic Information:

  VIRBase ID:  

HHID00064205

  Virus:  

Human gammaherpesvirus 4 (Epstein-Barr virus, EPV)

  Host:  

Homo sapiens

  Confidence Score:  

0.4752

  Interaction Type:  

Host-Host interaction

  Predicted Binding:

 

      hsa-miR-29b-1-5p:  MIMAT0004514          DCAF7:  NR_073585     

      *It may take a few minutes to display results.

Interactor Information:

	Interactor1	Interactor2
Symbol	hsa-miR-29b-1-5p	DCAF7
miRBase Accession/Entrez ID	MIMAT0004514	10238
Organism	Homo sapiens	Homo sapiens
Category	miRNA	mRNA
Alias	-	AN11//HAN11//SWAN-1//WDR68

ncRNA SNP information:

Resource	Symbol	SNP ID	SNP Position	Ref/Alt
miRNASNP-v3	hsa-miR-29b-1-5p	rs1189550020 chr7:130877522    G/GA rs1554489373 chr7:130877519    T/C rs1554489375 chr7:130877520    A/C rs782109811 chr7:130877509    TA/T rs778204762 chr7:130877526    C/A rs778204762 chr7:130877526    C/T

RNA Editing:

Resource	Symbol	Editing Position	Change	Genetic Region
RADAR	DCAF7	chr17:61634741(+) A-I      intronic chr17:61634117(+) A-I      intronic chr17:61647672(+) A-I      intronic chr17:61647650(+) A-I      intronic chr17:61647653(+) A-I      intronic chr17:61640255(+) A-I      intronic chr17:61640253(+) A-I      intronic chr17:61640248(+) A-I      intronic chr17:61634042(+) A-I      intronic chr17:61634051(+) A-I      intronic chr17:61634075(+) A-I      intronic chr17:61634076(+) A-I      intronic chr17:61634077(+) A-I      intronic chr17:61634113(+) A-I      intronic chr17:61634258(+) A-I      intronic chr17:61634268(+) A-I      intronic chr17:61634304(+) A-I      intronic chr17:61634731(+) A-I      intronic chr17:61634733(+) A-I      intronic chr17:61635279(+) A-I      intronic chr17:61635361(+) A-I      intronic chr17:61635391(+) A-I      intronic chr17:61636028(+) A-I      intronic chr17:61636051(+) A-I      intronic chr17:61636053(+) A-I      intronic chr17:61636520(+) A-I      intronic chr17:61636521(+) A-I      intronic chr17:61636551(+) A-I      intronic chr17:61636552(+) A-I      intronic chr17:61636642(+) A-I      intronic chr17:61650185(+) A-I      intronic chr17:61637088(+) A-I      intronic chr17:61640298(+) A-I      intronic chr17:61643237(+) A-I      intronic chr17:61643238(+) A-I      intronic chr17:61643300(+) A-I      intronic chr17:61643315(+) A-I      intronic chr17:61643342(+) A-I      intronic chr17:61643359(+) A-I      intronic chr17:61643360(+) A-I      intronic chr17:61643364(+) A-I      intronic chr17:61643368(+) A-I      intronic chr17:61644208(+) A-I      intronic chr17:61644427(+) A-I      intronic chr17:61650198(+) A-I      intronic chr17:61650210(+) A-I      intronic chr17:61633716(+) A-I      intronic chr17:61665691(+) A-I      intronic chr17:61653698(+) A-I      intronic chr17:61652494(+) A-I      intronic chr17:61652482(+) A-I      intronic chr17:61652187(+) A-I      intronic chr17:61652158(+) A-I      intronic chr17:61650416(+) A-I      intronic chr17:61650265(+) A-I      intronic chr17:61650253(+) A-I      intronic chr17:61645499(+) A-I      intronic chr17:61637060(+) A-I      intronic chr17:61633729(+) A-I      intronic chr17:61650249(+) A-I      intronic chr17:61650224(+) A-I      intronic chr17:61650223(+) A-I      intronic chr17:61633730(+) A-I      intronic chr17:61633770(+) A-I      intronic chr17:61633809(+) A-I      intronic chr17:61645562(+) A-I      intronic chr17:61645547(+) A-I      intronic chr17:61644439(+) A-I      intronic chr17:61644426(+) A-I      intronic chr17:61645596(+) A-I      intronic chr17:61645507(+) A-I      intronic chr17:61645639(+) A-I      intronic chr17:61647327(+) A-I      intronic chr17:61647600(+) A-I      intronic chr17:61647694(+) A-I      intronic chr17:61647695(+) A-I      intronic chr17:61647704(+) A-I      intronic chr17:61647721(+) A-I      intronic chr17:61648427(+) A-I      intronic chr17:61648440(+) A-I      intronic chr17:61648454(+) A-I      intronic chr17:61648472(+) A-I      intronic chr17:61633702(+) A-I      intronic chr17:61633706(+) A-I      intronic chr17:61645468(+) A-I      intronic chr17:61643339(+) A-I      intronic chr17:61647664(+) A-I      intronic chr17:61635922(+) A-I      intronic chr17:61647551(+) A-I      intronic chr17:61629367(+) A-I      intronic chr17:61636038(+) A-I      intronic chr17:61647775(+) A-I      intronic chr17:61634323(+) A-I      intronic chr17:61650971(+) A-I      intronic chr17:61641194(+) A-I      intronic chr17:61645624(+) A-I      intronic chr17:61647239(+) A-I      intronic chr17:61652549(+) A-I      intronic chr17:61652572(+) A-I      intronic chr17:61644374(+) A-I      intronic chr17:61635331(+) A-I      intronic chr17:61648340(+) A-I      intronic chr17:61641055(+) A-I      intronic chr17:61663993(+) A-I      intronic chr17:61650921(+) A-I      intronic chr17:61645597(+) A-I      intronic chr17:61645556(+) A-I      intronic chr17:61635490(+) A-I      intronic chr17:61647668(+) A-I      intronic chr17:61629292(+) A-I      intronic chr17:61643394(+) A-I      intronic chr17:61652100(+) A-I      intronic chr17:61640421(+) A-I      intronic chr17:61638511(+) A-I      intronic chr17:61645623(+) A-I      intronic chr17:61635350(+) A-I      intronic chr17:61665298(+) A-I      intronic chr17:61665228(+) A-I      intronic chr17:61665205(+) A-I      intronic chr17:61634108(+) A-I      intronic chr17:61638608(+) A-I      intronic chr17:61634063(+) A-I      intronic chr17:61652132(+) A-I      intronic chr17:61634750(+) A-I      intronic chr17:61633983(+) A-I      intronic chr17:61665614(+) A-I      intronic chr17:61645151(+) A-I      intronic chr17:61647636(+) A-I      intronic chr17:61645649(+) A-I      intronic chr17:61634799(+) A-I      intronic chr17:61654194(+) A-I      intronic chr17:61636099(+) A-I      intronic chr17:61638473(+) A-I      intronic chr17:61647240(+) A-I      intronic chr17:61636401(+) A-I      intronic chr17:61640285(+) A-I      intronic chr17:61665649(+) A-I      intronic chr17:61634339(+) A-I      intronic chr17:61633783(+) A-I      intronic chr17:61633810(+) A-I      intronic chr17:61650307(+) A-I      intronic chr17:61650225(+) A-I      intronic chr17:61665611(+) A-I      intronic chr17:61651041(+) A-I      intronic chr17:61650944(+) A-I      intronic chr17:61635973(+) A-I      intronic chr17:61650338(+) A-I      intronic chr17:61633836(+) A-I      intronic chr17:61635430(+) A-I      intronic chr17:61633844(+) A-I      intronic chr17:61650236(+) A-I      intronic chr17:61640325(+) A-I      intronic chr17:61641025(+) A-I      intronic chr17:61648496(+) A-I      intronic chr17:61645162(+) A-I      intronic chr17:61665328(+) A-I      intronic chr17:61650398(+) A-I      intronic chr17:61635947(+) A-I      intronic chr17:61645264(+) A-I      intronic chr17:61636052(+) A-I      intronic chr17:61636078(+) A-I      intronic chr17:61635277(+) A-I      intronic chr17:61644355(+) A-I      intronic chr17:61645451(+) A-I      intronic chr17:61650926(+) A-I      intronic chr17:61644385(+) A-I      intronic chr17:61636622(+) A-I      intronic chr17:61638489(+) A-I      intronic chr17:61647639(+) A-I      intronic chr17:61640449(+) A-I      intronic chr17:61647605(+) A-I      intronic chr17:61636998(+) A-I      intronic chr17:61665268(+) A-I      intronic chr17:61650333(+) A-I      intronic chr17:61643611(+) A-I      intronic chr17:61636461(+) A-I      intronic chr17:61650367(+) A-I      intronic chr17:61635326(+) A-I      intronic chr17:61638470(+) A-I      intronic chr17:61642443(+) A-I      intronic chr17:61635422(+) A-I      intronic chr17:61633766(+) A-I      intronic chr17:61638519(+) A-I      intronic chr17:61650298(+) A-I      intronic chr17:61634314(+) A-I      intronic chr17:61634107(+) A-I      intronic chr17:61633975(+) A-I      intronic chr17:61634749(+) A-I      intronic chr17:61650831(+) A-I      intronic chr17:61648426(+) A-I      intronic chr17:61645539(+) A-I      intronic chr17:61645138(+) A-I      intronic chr17:61665300(+) A-I      intronic chr17:61635386(+) A-I      intronic chr17:61644120(+) A-I      intronic chr17:61634081(+) A-I      intronic chr17:61635968(+) A-I      intronic chr17:61665648(+) A-I      intronic chr17:61640286(+) A-I      intronic chr17:61650386(+) A-I      intronic chr17:61635396(+) A-I      intronic chr17:61631472(+) A-I      intronic chr17:61640451(+) A-I      intronic chr17:61640238(+) A-I      intronic chr17:61634255(+) A-I      intronic chr17:61653539(+) A-I      intronic chr17:61647312(+) A-I      intronic chr17:61645045(+) A-I      intronic chr17:61634338(+) A-I      intronic chr17:61640288(+) A-I      intronic chr17:61647213(+) A-I      intronic chr17:61644157(+) A-I      intronic chr17:61647138(+) A-I      intronic chr17:61629359(+) A-I      intronic chr17:61651010(+) A-I      intronic chr17:61640389(+) A-I      intronic chr17:61636017(+) A-I      intronic chr17:61640221(+) A-I      intronic chr17:61659930(+) A-I      intronic chr17:61633675(+) A-I      intronic chr17:61635369(+) A-I      intronic chr17:61663581(+) A-I      intronic chr17:61654110(+) A-I      intronic chr17:61636417(+) A-I      intronic chr17:61636079(+) A-I      intronic chr17:61635281(+) A-I      intronic chr17:61636107(+) A-I      intronic chr17:61640459(+) A-I      intronic chr17:61663711(+) A-I      intronic chr17:61650909(+) A-I      intronic chr17:61635517(+) A-I      intronic chr17:61647174(+) A-I      intronic chr17:61651040(+) A-I      intronic chr17:61650193(+) A-I      intronic chr17:61647760(+) A-I      intronic chr17:61645798(+) A-I      intronic chr17:61645052(+) A-I      intronic chr17:61650279(+) A-I      intronic chr17:61640279(+) A-I      intronic chr17:61652636(+) A-I      intronic chr17:61650217(+) A-I      intronic chr17:61650363(+) A-I      intronic chr17:61647135(+) A-I      intronic chr17:61647132(+) A-I      intronic chr17:61648476(+) A-I      intronic chr17:61644018(+) A-I      intronic chr17:61650148(+) A-I      intronic chr17:61633659(+) A-I      intronic chr17:61642789(+) A-I      intronic chr17:61647093(+) A-I      intronic chr17:61645133(+) A-I      intronic chr17:61635957(+) A-I      intronic chr17:61650263(+) A-I      intronic chr17:61645098(+) A-I      intronic chr17:61634052(+) A-I      intronic chr17:61647663(+) A-I      intronic chr17:61666012(+) A-I      intronic chr17:61645160(+) A-I      intronic chr17:61644386(+) A-I      intronic chr17:61654114(+) A-I      intronic chr17:61636093(+) A-I      intronic chr17:61650830(+) A-I      intronic chr17:61640985(+) A-I      intronic chr17:61635289(+) A-I      intronic chr17:61650321(+) A-I      intronic chr17:61642374(+) A-I      intronic chr17:61638505(+) A-I      intronic chr17:61650359(+) A-I      intronic chr17:61635318(+) A-I      intronic chr17:61635476(+) A-I      intronic chr17:61645486(+) A-I      intronic chr17:61646078(+) A-I      intronic chr17:61635502(+) A-I      intronic chr17:61644400(+) A-I      intronic chr17:61652545(+) A-I      intronic chr17:61640319(+) A-I      intronic chr17:61644048(+) A-I      intronic

Resource	Symbol	Editing Position	Change	SeqReg	exReg	PMID
DARNED	DCAF7	chr17:61633810(+) A-I intron -    22327324 chr17:61640389(+) A-I intron -    22327324 chr17:61633810(+) A-G intron -    22484847 chr17:61633836(+) A-G intron -    22484847 chr17:61633844(+) A-G intron -    22484847 chr17:61634397(+) A-T intron -    22484847 chr17:61634750(+) A-G intron -    22484847 chr17:61635331(+) A-G intron -    22484847 chr17:61635350(+) A-G intron -    22484847 chr17:61635396(+) A-G intron -    22484847 chr17:61636078(+) A-G intron -    22484847 chr17:61636099(+) A-G intron -    22484847 chr17:61638519(+) A-G intron -    22484847 chr17:61640319(+) A-G intron -    22484847 chr17:61644157(+) A-G intron -    22484847 chr17:61645045(+) A-G intron -    22484847 chr17:61647132(+) A-G intron -    22484847 chr17:61647239(+) A-G intron -    22484847 chr17:61650338(+) A-G intron -    22484847 chr17:61650359(+) A-G intron -    22484847 chr17:61650398(+) A-G intron -    22484847 chr17:61650830(+) A-G intron -    22484847 chr17:61650831(+) A-G intron -    22484847 chr17:61665268(+) A-G intron -    22484847

RNA Modification:

Resource	Symbol	ModificationPosition	Type	Genomic Context	PMID
RMBase	DCAF7	chr17:61627863-61627864(+) m6A 5'UTR       24284625//24981863 chr17:61627959-61627960(+) m6A 5'UTR//exon       24284625//24981863//22575960 chr17:61628089-61628090(+) m6A CDS//exon       24284625//24981863//26404942//22575960 chr17:61628105-61628106(+) m6A CDS//exon       24284625//24981863//26404942//22575960 chr17:61629739-61629740(+) m6A exon//intron       - chr17:61660964-61660965(+) m6A CDS//intron       26404942 chr17:61660987-61660988(+) m6A CDS//intron       26404942 chr17:61661023-61661024(+) m6A CDS//intron       26404942 chr17:61661032-61661033(+) m6A CDS//intron       26404942 chr17:61667186-61667187(+) Y 3'UTR//exon//intron       26075521 chr17:61667665-61667666(+) m6A 3'UTR//intron       24981863 chr17:61667670-61667671(+) m6A 3'UTR//intron       24981863 chr17:61667688-61667689(+) m6A 3'UTR//intron       24981863 chr17:61667696-61667697(+) m6A 3'UTR//intron       24981863 chr17:61667797-61667798(+) m6A 3'UTR//intron       24981863 chr17:61668870-61668871(+) m6A 3'UTR//intron       - chr17:61668880-61668881(+) m6A 3'UTR//intron       - chr17:61669377-61669378(+) m6A 3'UTR//intron       - chr17:61669448-61669449(+) m6A 3'UTR//intron       - chr17:61669563-61669564(+) m6A 3'UTR//intron       - chr17:61669687-61669688(+) m6A 3'UTR//intron       24981863 chr17:61669756-61669757(+) m6A 3'UTR//intron       24981863 chr17:61669831-61669832(+) m6A 3'UTR//intron       24981863//27773535 chr17:61669838-61669839(+) Am 3'UTR//intron       - chr17:61669853-61669854(+) m6A 3'UTR//intron       24981863//27773535 chr17:61669999-61670000(+) m6A 3'UTR//intron       24981863 chr17:61670007-61670008(+) m6A 3'UTR//intron       24981863 chr17:61670524-61670525(+) Am 3'UTR//intron       - chr17:61670652-61670653(+) m6A 3'UTR//intron       24284625 chr17:61670795-61670796(+) m6A 3'UTR//intron       24284625//24981863//22608085 chr17:61670825-61670826(+) m6A 3'UTR//intron       24284625//24981863//22608085 chr17:61670845-61670846(+) m6A 3'UTR//intron       24284625//24981863//22608085 chr17:61670869-61670870(+) m6A 3'UTR//intron       24284625//24981863//22608085 chr17:61670935-61670936(+) m6A 3'UTR//intron       24284625//22608085 chr17:61670953-61670954(+) m6A 3'UTR//intron       -

RNA Localization:

Resource	Symbol	Subcellular Localization	Tissue or Cell Line	PMID
RNALocate	hsa-miR-29b-1-5p	Exosome Breast milk|Cell lines|Epididymal epithelial cells|Osteoblast|Plasma|Primary glioblastoma neurosphere cells|Primary keratinocyte|Saliva|Serum|Urine     - Microvesicle Seminal plasma     23539611 Microvesicle Fibroblasts|Mesenchymal stem cells     - Mitochondrion Skeletal muscle myoblasts     21637849
	DCAF7	Chromatin K562 cells     - Cytoplasm Nasopharyngeal carcinoma cells     20498841 Cytosol Human myelogenous leukemia cell line (K-562)     21613539 Cytosol K562 cells     - Exosome Blood     - Nucleolus K562 cells     - Nucleoplasm K562 cells     - Nucleus Nasopharyngeal carcinoma cells     20498841 Nucleus HeLa-S3 cells|K562 cells     - Ribosome Colon cancer cells     24393600

Interaction Network (The top 100 interactions):

Interactor1: hsa-miR-29b-1-5p
Interactor2: DCAF7

Evidence Support:

Weak-Evidence	PAR-CLIP
Support Database	ViRBase

References:

PMID	22291592	Target region	3'UTR
Source	ViRBase	Interactor1 expression	None
Tissue or cell line	EF3D-AGO2 cells//LCL35 cells//LCL-BAC cells//LCL-BAC-D1 cells//LCL-BAC-D3 cells	Interactor2 expression	None
Description	We identified 7, 827 miRNA-interaction sites in 3, 492 cellular 3'UTRs. 531 of these sites contained seed matches to viral miRNAs.Table S6: High confidence miRNA-interaction sites in 3'UTRs.