Basic Information:

  VIRBase ID:  

HHID00061023

  Virus:  

Human gammaherpesvirus 4 (Epstein-Barr virus, EPV)

  Host:  

Homo sapiens

  Confidence Score:  

0.4752

  Interaction Type:  

Host-Host interaction

  Predicted Binding:

 

      hsa-miR-589-3p:  MIMAT0003256          FER:  NR_146155     

      *It may take a few minutes to display results.

Interactor Information:

	Interactor1	Interactor2
Symbol	hsa-miR-589-3p	FER
miRBase Accession/Entrez ID	MIMAT0003256	2241
Organism	Homo sapiens	Homo sapiens
Category	miRNA	mRNA
Alias	-	p94-Fer//PPP1R74//TYK3

ncRNA SNP information:

Resource	Symbol	SNP ID	SNP Position	Ref/Alt
miRNASNP-v3	hsa-miR-589-3p	rs1049301106 chr7:5495848    T/C rs1276512832 chr7:5495846    C/T rs1324236236 chr7:5495841    A/G rs1325949855 chr7:5495842    C/G rs372099307 chr7:5495838    G/A rs375178432 chr7:5495844    G/A rs375178432 chr7:5495844    G/C rs560730191 chr7:5495840    A/G rs752134836 chr7:5495843    C/T rs911558892 chr7:5495839    G/A rs1233118791 chr7:5495854    C/T rs1319027993 chr7:5495851    G/A rs1319027993 chr7:5495851    G/T rs751258950 chr7:5495856    G/A

RNA Editing:

Resource	Symbol	Editing Position	Change	Genetic Region
RADAR	FER	chr5:108344599(+) A-I      intronic chr5:108344780(+) A-I      intronic chr5:108344917(+) A-I      intronic chr5:108344920(+) A-I      intronic chr5:108344937(+) A-I      intronic chr5:108379514(+) A-I      intronic chr5:108091287(+) A-I      intronic chr5:108091753(+) A-I      intronic chr5:108100320(+) A-I      intronic chr5:108102799(+) A-I      intronic chr5:108102804(+) A-I      intronic chr5:108102858(+) A-I      intronic chr5:108102959(+) A-I      intronic chr5:108103265(+) A-I      intronic chr5:108103358(+) A-I      intronic chr5:108103392(+) A-I      intronic chr5:108103404(+) A-I      intronic chr5:108125533(+) A-I      intronic chr5:108125556(+) A-I      intronic chr5:108130019(+) A-I      intronic chr5:108130058(+) A-I      intronic chr5:108130109(+) A-I      intronic chr5:108134371(+) A-I      intronic chr5:108134389(+) A-I      intronic chr5:108134390(+) A-I      intronic chr5:108134393(+) A-I      intronic chr5:108136151(+) A-I      intronic chr5:108136156(+) A-I      intronic chr5:108136204(+) A-I      intronic chr5:108136235(+) A-I      intronic chr5:108136240(+) A-I      intronic chr5:108136569(+) A-I      intronic chr5:108136601(+) A-I      intronic chr5:108379519(+) A-I      intronic chr5:108379520(+) A-I      intronic chr5:108379521(+) A-I      intronic chr5:108379551(+) A-I      intronic chr5:108379576(+) A-I      intronic chr5:108379944(+) A-I      intronic chr5:108380009(+) A-I      intronic chr5:108388838(+) A-I      intronic chr5:108388853(+) A-I      intronic chr5:108388901(+) A-I      intronic chr5:108388940(+) A-I      intronic chr5:108389004(+) A-I      intronic chr5:108389005(+) A-I      intronic chr5:108389009(+) A-I      intronic chr5:108389012(+) A-I      intronic chr5:108389016(+) A-I      intronic chr5:108389029(+) A-I      intronic chr5:108389623(+) A-I      intronic chr5:108389653(+) A-I      intronic chr5:108389654(+) A-I      intronic chr5:108389660(+) A-I      intronic chr5:108393223(+) A-I      intronic chr5:108393241(+) A-I      intronic chr5:108393243(+) A-I      intronic chr5:108394551(+) A-I      intronic chr5:108394570(+) A-I      intronic chr5:108396209(+) A-I      intronic chr5:108396235(+) A-I      intronic chr5:108396238(+) A-I      intronic chr5:108396278(+) A-I      intronic chr5:108411150(+) A-I      intronic chr5:108411331(+) A-I      intronic chr5:108156725(+) A-I      intronic chr5:108152690(+) A-I      intronic chr5:108152632(+) A-I      intronic chr5:108154061(+) A-I      intronic chr5:108230259(+) A-I      intronic chr5:108230220(+) A-I      intronic chr5:108230207(+) A-I      intronic chr5:108230196(+) A-I      intronic chr5:108230191(+) A-I      intronic chr5:108230180(+) A-I      intronic chr5:108230128(+) A-I      intronic chr5:108106338(+) A-I      intronic chr5:108183689(+) A-I      intronic chr5:108344514(+) A-I      intronic chr5:108344513(+) A-I      intronic chr5:108344492(+) A-I      intronic chr5:108344488(+) A-I      intronic chr5:108304043(+) A-I      intronic chr5:108304037(+) A-I      intronic chr5:108440524(+) A-I      intronic chr5:108440537(+) A-I      intronic chr5:108458876(+) A-I      intronic chr5:108458888(+) A-I      intronic chr5:108458907(+) A-I      intronic chr5:108458936(+) A-I      intronic chr5:108458937(+) A-I      intronic chr5:108458961(+) A-I      intronic chr5:108459022(+) A-I      intronic chr5:108459033(+) A-I      intronic chr5:108459056(+) A-I      intronic chr5:108459064(+) A-I      intronic chr5:108459786(+) A-I      intronic chr5:108459810(+) A-I      intronic chr5:108459915(+) A-I      intronic chr5:108463164(+) A-I      intronic chr5:108463185(+) A-I      intronic chr5:108463291(+) A-I      intronic chr5:108519445(+) A-I      intronic chr5:108304033(+) A-I      intronic chr5:108304008(+) A-I      intronic chr5:108152638(+) A-I      intronic chr5:108152642(+) A-I      intronic chr5:108152655(+) A-I      intronic chr5:108152694(+) A-I      intronic chr5:108153970(+) A-I      intronic chr5:108153984(+) A-I      intronic chr5:108154043(+) A-I      intronic chr5:108154728(+) A-I      intronic chr5:108154817(+) A-I      intronic chr5:108154945(+) A-I      intronic chr5:108154946(+) A-I      intronic chr5:108158672(+) A-I      intronic chr5:108158689(+) A-I      intronic chr5:108158762(+) A-I      intronic chr5:108162169(+) A-I      intronic chr5:108162207(+) A-I      intronic chr5:108165237(+) A-I      intronic chr5:108165243(+) A-I      intronic chr5:108251052(+) A-I      intronic chr5:108251018(+) A-I      intronic chr5:108251015(+) A-I      intronic chr5:108251014(+) A-I      intronic chr5:108185816(+) A-I      intronic chr5:108185808(+) A-I      intronic chr5:108185775(+) A-I      intronic chr5:108156762(+) A-I      intronic chr5:108156752(+) A-I      intronic chr5:108156749(+) A-I      intronic chr5:108156748(+) A-I      intronic chr5:108156738(+) A-I      intronic chr5:108156734(+) A-I      intronic chr5:108156728(+) A-I      intronic chr5:108169314(+) A-I      intronic chr5:108169418(+) A-I      intronic chr5:108169423(+) A-I      intronic chr5:108169468(+) A-I      intronic chr5:108171019(+) A-I      intronic chr5:108171069(+) A-I      intronic chr5:108171075(+) A-I      intronic chr5:108171104(+) A-I      intronic chr5:108171121(+) A-I      intronic chr5:108175517(+) A-I      intronic chr5:108179359(+) A-I      intronic chr5:108179496(+) A-I      intronic chr5:108183795(+) A-I      intronic chr5:108183871(+) A-I      intronic chr5:108199096(+) A-I      intronic chr5:108239088(+) A-I      intronic chr5:108239111(+) A-I      intronic chr5:108244532(+) A-I      intronic chr5:108244589(+) A-I      intronic chr5:108248192(+) A-I      intronic chr5:108248250(+) A-I      intronic chr5:108251098(+) A-I      intronic chr5:108267411(+) A-I      intronic chr5:108279488(+) A-I      intronic chr5:108279709(+) A-I      intronic chr5:108286999(+) A-I      intronic chr5:108296627(+) A-I      intronic chr5:108296630(+) A-I      intronic chr5:108296652(+) A-I      intronic chr5:108296668(+) A-I      intronic chr5:108303362(+) A-I      intronic chr5:108303878(+) A-I      intronic chr5:108303941(+) A-I      intronic chr5:108304038(+) A-I      intronic chr5:108304095(+) A-I      intronic chr5:108304097(+) A-I      intronic chr5:108344510(+) A-I      intronic chr5:108344511(+) A-I      intronic chr5:108344512(+) A-I      intronic chr5:108344583(+) A-I      intronic chr5:108158848(+) A-I      intronic chr5:108389591(+) A-I      intronic chr5:108463234(+) A-I      intronic chr5:108190569(+) A-I      intronic chr5:108171138(+) A-I      intronic chr5:108303262(+) A-I      intronic chr5:108171012(+) A-I      intronic chr5:108459838(+) A-I      intronic chr5:108396281(+) A-I      intronic chr5:108102746(+) A-I      intronic chr5:108091591(+) A-I      intronic chr5:108379501(+) A-I      intronic chr5:108091209(+) A-I      intronic chr5:108266416(+) A-I      intronic chr5:108396183(+) A-I      intronic chr5:108169307(+) A-I      intronic chr5:108344516(+) A-I      intronic chr5:108266432(+) A-I      intronic chr5:108243136(+) A-I      intronic chr5:108185785(+) A-I      intronic chr5:108170288(+) A-I      intronic chr5:108102747(+) A-I      intronic chr5:108125421(+) A-I      intronic chr5:108303354(+) A-I      intronic chr5:108100372(+) A-I      intronic chr5:108243177(+) A-I      intronic chr5:108296709(+) A-I      intronic chr5:108244618(+) A-I      intronic chr5:108380089(+) A-I      intronic chr5:108379485(+) A-I      intronic chr5:108182041(+) A-I      intronic chr5:108244539(+) A-I      intronic chr5:108152750(+) A-I      intronic chr5:108183688(+) A-I      intronic chr5:108183617(+) A-I      intronic chr5:108244673(+) A-I      intronic chr5:108302189(+) A-I      intronic chr5:108303968(+) A-I      intronic chr5:108303967(+) A-I      intronic chr5:108459676(+) A-I      intronic chr5:108303911(+) A-I      intronic chr5:108394498(+) A-I      intronic chr5:108395025(+) A-I      intronic chr5:108388908(+) A-I      intronic chr5:108251105(+) A-I      intronic chr5:108344989(+) A-I      intronic chr5:108170279(+) A-I      intronic chr5:108170184(+) A-I      intronic chr5:108244367(+) A-I      intronic chr5:108267366(+) A-I      intronic chr5:108344800(+) A-I      intronic chr5:108302311(+) A-I      intronic chr5:108523970(+) A-I      3'UTR chr5:108389599(+) A-I      intronic chr5:108153860(+) A-I      intronic chr5:108102884(+) A-I      intronic chr5:108156720(+) A-I      intronic chr5:108251075(+) A-I      intronic chr5:108393248(+) A-I      intronic chr5:108248323(+) A-I      intronic chr5:108379486(+) A-I      intronic chr5:108303382(+) A-I      intronic chr5:108156651(+) A-I      intronic chr5:108302272(+) A-I      intronic chr5:108165260(+) A-I      intronic chr5:108158802(+) A-I      intronic chr5:108244581(+) A-I      intronic chr5:108389521(+) A-I      intronic chr5:108379412(+) A-I      intronic chr5:108136493(+) A-I      intronic chr5:108459747(+) A-I      intronic chr5:108344853(+) A-I      intronic chr5:108153979(+) A-I      intronic chr5:108182466(+) A-I      intronic chr5:108391407(+) A-I      intronic chr5:108136256(+) A-I      intronic chr5:108388963(+) A-I      intronic chr5:108183734(+) A-I      intronic chr5:108125781(+) A-I      intronic chr5:108303902(+) A-I      intronic chr5:108379525(+) A-I      intronic chr5:108152684(+) A-I      intronic chr5:108389574(+) A-I      intronic chr5:108344909(+) A-I      intronic chr5:108393198(+) A-I      intronic chr5:108266365(+) A-I      intronic chr5:108125437(+) A-I      intronic chr5:108397968(+) A-I      intronic chr5:108380093(+) A-I      intronic chr5:108344849(+) A-I      intronic chr5:108182024(+) A-I      intronic chr5:108158753(+) A-I      intronic chr5:108185659(+) A-I      intronic chr5:108344603(+) A-I      intronic chr5:108243193(+) A-I      intronic chr5:108183850(+) A-I      intronic chr5:108401323(+) A-I      intronic chr5:108183843(+) A-I      intronic chr5:108235450(+) A-I      intronic chr5:108145527(+) A-I      intronic chr5:108136191(+) A-I      intronic chr5:108182066(+) A-I      intronic chr5:108134428(+) A-I      intronic chr5:108185817(+) A-I      intronic chr5:108243075(+) A-I      intronic chr5:108391384(+) A-I      intronic chr5:108136145(+) A-I      intronic chr5:108296764(+) A-I      intronic chr5:108090009(+) A-I      intronic chr5:108266504(+) A-I      intronic chr5:108163599(+) A-I      intronic chr5:108185638(+) A-I      intronic chr5:108158756(+) A-I      intronic chr5:108304070(+) A-I      intronic chr5:108393209(+) A-I      intronic chr5:108244506(+) A-I      intronic chr5:108306056(+) A-I      intronic chr5:108388832(+) A-I      intronic chr5:108091205(+) A-I      intronic chr5:108129999(+) A-I      intronic chr5:108243134(+) A-I      intronic chr5:108179324(+) A-I      intronic chr5:108395023(+) A-I      intronic chr5:108244458(+) A-I      intronic chr5:108259803(+) A-I      intronic chr5:108089946(+) A-I      intronic chr5:108183762(+) A-I      intronic chr5:108395022(+) A-I      intronic chr5:108183855(+) A-I      intronic chr5:108394534(+) A-I      intronic chr5:108102930(+) A-I      intronic chr5:108183718(+) A-I      intronic chr5:108183653(+) A-I      intronic chr5:108389666(+) A-I      intronic chr5:108244652(+) A-I      intronic chr5:108185637(+) A-I      intronic chr5:108345011(+) A-I      intronic chr5:108389472(+) A-I      intronic chr5:108125404(+) A-I      intronic chr5:108303873(+) A-I      intronic chr5:108388907(+) A-I      intronic chr5:108089957(+) A-I      intronic chr5:108179480(+) A-I      intronic chr5:108471936(+) A-I      intronic chr5:108102945(+) A-I      intronic chr5:108154816(+) A-I      intronic chr5:108306043(+) A-I      intronic chr5:108459857(+) A-I      intronic chr5:108394563(+) A-I      intronic chr5:108266444(+) A-I      intronic chr5:108244681(+) A-I      intronic chr5:108244586(+) A-I      intronic chr5:108393287(+) A-I      intronic chr5:108170192(+) A-I      intronic

Resource	Symbol	Editing Position	Change	SeqReg	exReg	PMID
DARNED	FER	chr5:108091591(+) A-G intron -    22484847 chr5:108102746(+) A-G intron -    22484847 chr5:108102747(+) A-G intron -    22484847 chr5:108102884(+) A-G intron -    22484847 chr5:108102885(+) A-G intron -    22484847 chr5:108102930(+) A-G intron -    22484847 chr5:108102945(+) A-G intron -    22484847 chr5:108103457(+) A-G intron -    22484847 chr5:108125335(+) A-G intron -    22484847 chr5:108125404(+) A-G intron -    22484847 chr5:108125421(+) A-G intron -    22484847 chr5:108125437(+) A-G intron -    22484847 chr5:108125781(+) A-G intron -    22484847 chr5:108129999(+) A-G intron -    22484847 chr5:108135752(+) T-C intron -    22484847 chr5:108136145(+) A-G intron -    22484847 chr5:108136191(+) A-G intron -    22484847 chr5:108136256(+) A-G intron -    22484847 chr5:108136493(+) A-G intron -    22484847 chr5:108169307(+) A-G intron -    22484847 chr5:108170192(+) A-G intron -    22484847 chr5:108171012(+) A-G intron -    22484847 chr5:108179418(+) T-C intron -    22484847 chr5:108181091(+) T-C intron -    22484847 chr5:108185659(+) A-G intron -    22484847 chr5:108213789(+) T-G intron -    22484847 chr5:108235384(+) A-G intron -    22484847 chr5:108243134(+) A-G intron -    22484847 chr5:108243136(+) A-G intron -    22484847 chr5:108243177(+) A-G intron -    22484847 chr5:108244592(+) A-G intron -    22484847 chr5:108251105(+) A-G intron -    22484847 chr5:108267335(+) A-G intron -    22484847 chr5:108287056(+) A-G intron -    22484847 chr5:108302189(+) A-G intron -    22484847 chr5:108302272(+) A-G intron -    22484847 chr5:108302361(+) A-G intron -    22484847 chr5:108303902(+) A-G intron -    22484847 chr5:108303967(+) A-G intron -    22484847 chr5:108303968(+) A-G intron -    22484847 chr5:108306043(+) A-G intron -    22484847 chr5:108344410(+) A-G intron -    22484847 chr5:108344426(+) A-G intron -    22484847 chr5:108344427(+) A-G intron -    22484847 chr5:108344516(+) A-G intron -    22484847 chr5:108344603(+) A-G intron -    22484847 chr5:108344800(+) A-G intron -    22484847 chr5:108344849(+) A-G intron -    22484847 chr5:108344909(+) A-G intron -    22484847 chr5:108344911(+) A-G intron -    22484847 chr5:108345011(+) A-G intron -    22484847 chr5:108379412(+) A-G intron -    22484847 chr5:108379440(+) A-G intron -    22484847 chr5:108379485(+) A-G intron -    22484847 chr5:108379486(+) A-G intron -    22484847 chr5:108379501(+) A-G intron -    22484847 chr5:108379525(+) A-G intron -    22484847 chr5:108380019(+) A-G intron -    22484847 chr5:108380089(+) A-G intron -    22484847 chr5:108380093(+) A-G intron -    22484847 chr5:108388907(+) A-G intron -    22484847 chr5:108388908(+) A-G intron -    22484847 chr5:108388964(+) A-G intron -    22484847 chr5:108389420(+) A-G intron -    22484847 chr5:108389471(+) A-G intron -    22484847 chr5:108389472(+) A-G intron -    22484847 chr5:108389521(+) A-G intron -    22484847 chr5:108389531(+) A-G intron -    22484847 chr5:108389574(+) A-G intron -    22484847 chr5:108389591(+) A-G intron -    22484847 chr5:108389599(+) A-G intron -    22484847 chr5:108393198(+) A-G intron -    22484847 chr5:108393209(+) A-G intron -    22484847 chr5:108393248(+) A-G intron -    22484847 chr5:108394534(+) A-G intron -    22484847 chr5:108394563(+) A-G intron -    22484847 chr5:108459702(+) A-G intron -    22484847 chr5:108459747(+) A-G intron -    22484847 chr5:108463234(+) A-G intron -    22484847

RNA Modification:

Resource	Symbol	ModificationPosition	Type	Genomic Context	PMID
RMBase	FER	chr5:108084255-108084256(+) m6A exon//intron       25456834//27773536 chr5:108084311-108084312(+) m6A exon//intron       27773536 chr5:108084319-108084320(+) m6A exon//intron       27773536 chr5:108120839-108120840(+) Tm intron       - chr5:108523206-108523207(+) m6A 3'UTR//CDS//exon       24981863//22608085 chr5:108523233-108523234(+) m6A 3'UTR//CDS//exon       24981863//22608085 chr5:108523266-108523267(+) m6A 3'UTR//CDS//exon       24981863//22608085 chr5:108523293-108523294(+) m6A 3'UTR//exon       24981863//22608085 chr5:108523307-108523308(+) m6A 3'UTR//exon       24981863//22608085 chr5:108524190-108524191(+) m6A 3'UTR       24981863 chr5:108524200-108524201(+) m6A 3'UTR       24981863 chr5:108524220-108524221(+) m6A 3'UTR       24981863 chr5:108524273-108524274(+) m6A 3'UTR       24981863 chr5:108524302-108524303(+) m6A 3'UTR       24981863 chr5:108527995-108527996(+) m6A 3'UTR       24981863 chr5:108528007-108528008(+) m6A 3'UTR       24981863 chr5:108528034-108528035(+) m6A 3'UTR       24981863 chr5:108528626-108528627(+) m6A 3'UTR       24981863 chr5:108528642-108528643(+) m6A 3'UTR       24981863

RNA Localization:

Resource	Symbol	Subcellular Localization	Tissue or Cell Line	PMID
RNALocate	hsa-miR-589-3p	Exosome Breast milk|Cell lines|Epididymal epithelial cells|Osteoblast|Plasma|Primary glioblastoma neurosphere cells|Primary keratinocyte|Saliva|Serum|Urine     - Microvesicle Mesenchymal stem cells     - Mitochondrion Cell line (HEK-293|HeLa)     22984580
	FER	Chromatin K562 cells     - Cytosol HCC cell line (HepG2)|K562 cells     - Exosome Blood     - Membrane HCC cell line (HepG2)|K562 cells     - Nucleoplasm K562 cells     - Nucleus HCC cell line (HepG2)|HeLa-S3 cells|K562 cells     -

Interaction Network (The top 100 interactions):

Interactor1: hsa-miR-589-3p
Interactor2: FER

Evidence Support:

Weak-Evidence	PAR-CLIP
Support Database	ViRBase

References:

PMID	22291592	Target region	3'UTR
Source	ViRBase	Interactor1 expression	None
Tissue or cell line	EF3D-AGO2 cells//LCL35 cells//LCL-BAC cells//LCL-BAC-D1 cells//LCL-BAC-D3 cells	Interactor2 expression	None
Description	We identified 7, 827 miRNA-interaction sites in 3, 492 cellular 3'UTRs. 531 of these sites contained seed matches to viral miRNAs.Table S6: High confidence miRNA-interaction sites in 3'UTRs.