Basic Information:

  VIRBase ID:  

HHID00058798

  Virus:  

Human gammaherpesvirus 4 (Epstein-Barr virus, EPV)

  Host:  

Homo sapiens

  Confidence Score:  

0.4752

  Interaction Type:  

Host-Host interaction

  Predicted Binding:

 

      hsa-miR-193b-3p:  MIMAT0002819          AKAP13:  NM_007200     

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Interactor Information:

	Interactor1	Interactor2
Symbol	hsa-miR-193b-3p	AKAP13
miRBase Accession/Entrez ID	MIMAT0002819	11214
Organism	Homo sapiens	Homo sapiens
Category	miRNA	mRNA
Alias	-	AKAP-13//AKAP-Lbc//ARHGEF13//BRX//c-lbc//HA-3//Ht31//LBC//p47//PRKA13//PROTO-LB//PROTO-LBC

ncRNA SNP information:

Resource	Symbol	SNP ID	SNP Position	Ref/Alt
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RNA Editing:

Resource	Symbol	Editing Position	Change	Genetic Region
RADAR	AKAP13	chr15:86122528(+) A-I      NonSyn:Lys->Arg chr15:86122527(+) A-I      NonSyn:Lys->Glu chr15:86122526(+) A-I      Syn:Val->Val chr15:86122489(+) A-I      NonSyn:Gln->Arg chr15:86200332(+) A-I      intronic chr15:85943543(+) A-I      intronic chr15:85943535(+) A-I      intronic chr15:86200305(+) A-I      intronic chr15:85943492(+) A-I      intronic chr15:85943291(+) A-I      intronic chr15:86200262(+) A-I      intronic chr15:86155970(+) A-I      intronic chr15:86244858(+) A-I      intronic chr15:86155933(+) A-I      intronic chr15:86227554(+) A-I      intronic chr15:86155931(+) A-I      intronic chr15:85943353(+) A-I      intronic chr15:86227701(+) A-I      intronic chr15:86227542(+) A-I      intronic chr15:86200334(+) A-I      intronic chr15:86244849(+) A-I      intronic chr15:86155917(+) A-I      intronic chr15:85943376(+) A-I      intronic chr15:86155900(+) A-I      intronic chr15:86244836(+) A-I      intronic chr15:86047682(+) A-I      intronic chr15:86071417(+) A-I      intronic chr15:86047677(+) A-I      intronic chr15:86047666(+) A-I      intronic chr15:85943530(+) A-I      intronic chr15:86047648(+) A-I      intronic chr15:86047643(+) A-I      intronic chr15:86227705(+) A-I      intronic chr15:85943496(+) A-I      intronic chr15:85944211(+) A-I      intronic chr15:85943381(+) A-I      intronic chr15:86227609(+) A-I      intronic chr15:86227607(+) A-I      intronic chr15:86227594(+) A-I      intronic chr15:85944197(+) A-I      intronic chr15:86227592(+) A-I      intronic chr15:86227591(+) A-I      intronic chr15:86227583(+) A-I      intronic chr15:86130939(+) A-I      intronic chr15:86012285(+) A-I      intronic chr15:86002860(+) A-I      intronic chr15:86002835(+) A-I      intronic chr15:86002824(+) A-I      intronic chr15:86002800(+) A-I      intronic chr15:86002613(+) A-I      intronic chr15:86002582(+) A-I      intronic chr15:86184956(+) A-I      intronic chr15:86002556(+) A-I      intronic chr15:86002553(+) A-I      intronic 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     intronic chr15:86113506(+) A-I      intronic chr15:86113524(+) A-I      intronic chr15:86113526(+) A-I      intronic chr15:86113532(+) A-I      intronic chr15:86113563(+) A-I      intronic chr15:85942639(+) A-I      intronic chr15:85942616(+) A-I      intronic chr15:85942606(+) A-I      intronic chr15:85930401(+) A-I      intronic chr15:85942543(+) A-I      intronic chr15:86113572(+) A-I      intronic chr15:85930382(+) A-I      intronic chr15:85929239(+) A-I      intronic chr15:85929236(+) A-I      intronic chr15:85929218(+) A-I      intronic chr15:85929214(+) A-I      intronic chr15:85929198(+) A-I      intronic chr15:85927837(+) A-I      intronic chr15:85927833(+) A-I      intronic chr15:85927827(+) A-I      intronic chr15:86113589(+) A-I      intronic chr15:85942008(+) A-I      intronic chr15:85941996(+) A-I      intronic chr15:86116657(+) A-I      intronic chr15:86116708(+) A-I      intronic chr15:85927772(+) A-I      intronic chr15:85926386(+) A-I      intronic 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RNA Localization:

Resource	Symbol	Subcellular Localization	Tissue or Cell Line	PMID
RNALocate	hsa-miR-193b-3p	Cytoplasm Cell line (HeLa)     21695135 Cytoplasm Breast adenocarcinoma cells (MCF-7)|Cervical adenocarcinoma cells (HeLa)     24918059 Exosome Primary ovarian tumor cells|Serum     18589210 Exosome Primary dendritic cells|T cell line (J77)     21505438 Exosome Brain tissue     23382797 Exosome Plasma     23663360 Exosome Human mast cell line (HMC-1)     24009880 Exosome Plasma     24683445 Exosome B lymphoblastoid cells|Breast milk|Chronic lymphocytic leukemia cells|Tongue tissue     - Extracellular vesicle HEK-293T cells     22849433 Microvesicle Seminal plasma     23539611 Microvesicle Follicular fluid     23666971 Microvesicle Colon cancer cell line (LIM1863)|Fibroblasts|Mesenchymal stem cells|Urine     - Mitochondrion Myotube     27396686 Mitochondrion Skeletal muscle myoblasts     21637849 Mitochondrion Cell line (HEK-293|HeLa)     22984580 Nucleolus HeLa cells     23940654 Nucleus Breast adenocarcinoma cells (MCF-7)|Cervical adenocarcinoma cells (HeLa)     24918059 Nucleus Neural progenitor cells     21363885
	AKAP13	Cytoplasm Nasopharyngeal carcinoma cells     20498841 Cytoplasm Nasopharyngeal carcinoma cells     20498841 Cytoplasm Nasopharyngeal carcinoma cells     20498841 Cytosol Human myelogenous leukemia cell line (K-562)     21613539 Cytosol HCC cell line (HepG2)     - Exosome Blood     - Insoluble cytoplasm HCC cell line (HepG2)     - Nucleus Nasopharyngeal carcinoma cells     20498841 Nucleus Nasopharyngeal carcinoma cells     20498841 Nucleus Nasopharyngeal carcinoma cells     20498841 Nucleus HCC cell line (HepG2)|HeLa-S3 cells     - Ribosome HEK-293 cells     22199352

Related Drug Information:

Resource	Symbol	Drug Name	PubChem ID	Function
ncDR	hsa-miR-193b-3p	S-Decyl p-toluenethiosulfonate 97461 Drug resistant Benzethonium chloride 8478 Drug resistant Jacaranone 73307 Drug resistant (2S)-N-[(E,2S,4S,7S)-7-[[(2R)-2-Aminopropanoyl]amino]-4-formyl-5-(3-hydroxy-4-methoxyphenyl)-2-[[(Z)-3-(4-methoxyphenyl)-2-(methylamino)prop-2-enoyl]amino]-3,6,10-trioxodec-8-en-4-yl]-3-(4-hydroxyphenyl)-N-methyl-2-(methylamino)propanamide 6444175 Drug resistant Xestin A 5352066 Drug resistant Cyclosporin A 5284373 Drug resistant 4-Quinazolinamine, 2-[2-(1-pyrrolidinylazo)phenyl]- 424332 Drug resistant Cbz-[Lys3]-Didemnin B 398464 Drug resistant 1H-Benz[g]indol-5-ol, 2-phenyl 371327 Drug resistant Janus Red 3081985 Drug resistant Tamoxifen 2733526 Drug resistant 7-Fluoro-2-benzoyl-3-trifluoromethylquioxaline 1,4-dioxide 23635154 Drug resistant (R)-(2,8-Bis(trifluoromethyl)quinolin-4-yl)((S)-piperidin-2-yl)methanol hydrochloride 18660697 Drug resistant Methyl (7E,9Z,11S,12R,13S,14R,15R,17R,18S,19S,20E)-2,16-diacetyloxy-11,12,14,18,19,31-hexahydroxy-3,7,11,13,17,19,21,27-octamethyl-6,28-dioxo-23,25-dioxa-5-azatetracyclo[20.7.1.14,29.026,30]hentriaconta-1,3,7,9,20,22(30),26,29(31)-octaene-15-carboxylate 138319233 Drug resistant Triethyltin chloride 13820 Drug resistant Methyl ester prodigiosene 136040158 Drug resistant Berberine chloride 12456 Drug resistant Litmomycin 12310334 Drug resistant (1S,3R,7Z,9R,12S,13R,15S)-13-Butan-2-yl-13-hydroxy-3,7,12-trimethyl-10,14,16-trioxatetracyclo[7.5.1.13,6.012,15]hexadeca-5,7-diene-4,11-dione 11972510 Drug resistant ethyl, methoxy, prodigisine - Drug resistant naphtho[2,3-d]oxazole-4,9-dione, 2-(1,1-dimethylethyl)- - Drug resistant pyrimidine, 2,4,5-trichloro-6-isopropyl- - Drug resistant 1-o-octadecyl-2-methoxy-glycero-3-phosphocarnitine - Drug resistant bafilomycin deriv - Drug resistant michicarcin - Drug resistant geldanamycin dimethylglycinate - Drug sensitive

Resource	Symbol	Drug Name	PubChem ID	Function	Link
RNAInter	hsa-miR-193b-3p	Hyaluronidase 91820602 Drug interaction    RC00005459 Oxaliplatine 6857599 Drug interaction    RC00005457 Gemcitabine 60750 Drug interaction    RC00005447 Progesterone 5994 Drug interaction    RC00005442 Vincristine 5978 Drug interaction    RC00005441 Estradiol 5757 Drug interaction    RC00005440 Mitomycin 5746 Drug interaction    RC00005439 Temozolomide 5394 Drug interaction    RC00005438 Eloxatine 5310940 Drug interaction    RC00005456 Imatinib 5291 Drug interaction    RC00005437 Decitabine 451668 Drug interaction    RC00005454 Docosahexaenoic acid 445580 Drug interaction    RC00005453 Cyclopamine 442972 Drug interaction    RC00005452 Carboplatinum 38904 Drug interaction    RC00005446 Paclitaxel 36314 Drug interaction    RC00005445 5-Fluorouracil 3385 Drug interaction    RC00005436 Enoxacin 3229 Drug interaction    RC00005435 Doxorubicin 31703 Drug interaction    RC00005444 cis-Diaminedichloroplatinum 2767 Drug interaction    RC00005434 Tamoxifen 2733526 Drug interaction    RC00005455 Sorafenib 216239 Drug interaction    RC00005451 Arsenic trioxide 14888 Drug interaction    RC00005443 Docetaxel 148124 Drug interaction    RC00005450 Leucovorin 135403648 Drug interaction    RC00005460 Methotrexate 126941 Drug interaction    RC00005449 Ginsenoside Rh2 119307 Drug interaction    RC00005448 Abt-737 11228183 Drug interaction    RC00005458 Urokinase - Drug interaction    RC00005461 5-aza-2'-deoxycytidine (5-Aza-CdR) + 4-phenylbutyric acid (PBA) - Drug interaction    RC00005462 Bio-Oss - Drug interaction    RC00005463

Resource	Symbol	Drug Name	PubChem ID	PMID
NoncoRNA	hsa-miR-193b-3p	Cisplatin 5702198       25356050 5-Fluorouracil 3385       25356050

Interaction Network (The top 100 interactions):

Interactor1: hsa-miR-193b-3p
Interactor2: AKAP13

Evidence Support:

Weak-Evidence	PAR-CLIP
Support Database	ViRBase

References:

PMID	22291592	Target region	3'UTR
Source	ViRBase	Interactor1 expression	None
Tissue or cell line	EF3D-AGO2 cells//LCL35 cells//LCL-BAC cells//LCL-BAC-D1 cells//LCL-BAC-D3 cells	Interactor2 expression	None
Description	We identified 7, 827 miRNA-interaction sites in 3, 492 cellular 3'UTRs. 531 of these sites contained seed matches to viral miRNAs.Table S6: High confidence miRNA-interaction sites in 3'UTRs.