Detail Information
Interactor1 | Interactor2 | |
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Symbol | hsa-miR-30e-5p | VPS41 |
miRBase Accession/Entrez ID |
MIMAT0000692 | 27072 |
Organism | Homo sapiens | Homo sapiens |
Category | miRNA | mRNA |
Alias | - | HVPS41//hVps41p//HVSP41 |
Resource | Symbol | SNP ID | SNP Position | Ref/Alt | |||||||||
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miRNASNP-v3 | hsa-miR-30e-5p |
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Resource | Symbol | Editing Position | Change | Genetic Region | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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RADAR | VPS41 |
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Resource | Symbol | Editing Position | Change | SeqReg | exReg | PMID | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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DARNED | VPS41 |
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Resource | Symbol | ModificationPosition | Type | Genomic Context | PMID | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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RMBase | VPS41 |
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Resource | Symbol | Subcellular Localization | Tissue or Cell Line | PMID | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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RNALocate | hsa-miR-30e-5p |
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VPS41 |
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Resource | Symbol | Drug Name | PubChem ID |
Function | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ncDR | hsa-miR-30e-5p |
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Resource | Symbol | Drug Name | PubChem ID |
Function | Link | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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RNAInter | hsa-miR-30e-5p |
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Interactor1: hsa-miR-30e-5p | Interactor2: VPS41 |
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Weak-Evidence | HITS-CLIP | |
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Support Database | ViRBase |
PMID | 22473208 | Target region | None |
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Source | ViRBase | Interactor1 expression | None |
Tissue or cell line | Jijoye cells | Interactor2 expression | None |
Description | Our HITS-CLIP data yield 1185 human 3'UTRs targeted by members of the miR-17~92 cluster in Jijoye cells. Comparison to the 1664 3'UTRs targeted by EBV miRNAs reveals 740 shared genes (44% of EBV targets and 62% of miR-17~92 targets; Figure 6B and Supplementary Table 7). Thus, EBV miRNAs co-target a majority of miR-17~92 regulated mRNAs, which are assigned to a variety of pathways, most notably regulating transcription, apoptosis, and the cell cycle (Figure 6C). Similarly, other abundant immunologically relevant miRNAs, 142-3p and miR-155, co-target with EBV miRNAs a large fraction of their Ago-bound 3'UTRs, representing ~60% of the targets for each of these host miRNAs (Supplementary Figure 5). |