Basic Information:

  VIRBase ID:  

HHID00026184

  Virus:  

Hantaan orthohantavirus (Hantaan virus 76-118)

  Host:  

Homo sapiens

  Confidence Score:  

0.6040

  Interaction Type:  

Host-Host interaction

  Predicted Binding:

 

      hsa-miR-3614-5p:  MIMAT0017992          APOBEC3D:  NM_152426     

      *It may take a few minutes to display results.

Interactor Information:

	Interactor1	Interactor2
Symbol	hsa-miR-3614-5p	APOBEC3D
miRBase Accession/Entrez ID	MIMAT0017992	140564
Organism	Homo sapiens	Homo sapiens
Category	miRNA	mRNA
Alias	-	A3D//A3DE//APOBEC3DE//APOBEC3E//ARP6

ncRNA SNP information:

Resource	Symbol	SNP ID	SNP Position	Ref/Alt
miRNASNP-v3	hsa-miR-3614-5p	rs1276310586 chr17:56891320    G/A rs1422621595 chr17:56891335    C/A rs1422621595 chr17:56891335    C/G rs533715139 chr17:56891339    T/C

RNA Editing:

Resource	Symbol	Editing Position	Change	Genetic Region
RADAR	APOBEC3D	chr22:39427060(+) A-I      intronic chr22:39422886(+) A-I      intronic chr22:39429095(+) A-I      3'UTR chr22:39422857(+) A-I      intronic chr22:39422882(+) A-I      intronic chr22:39422922(+) A-I      intronic chr22:39422936(+) A-I      intronic chr22:39424686(+) A-I      intronic chr22:39424789(+) A-I      intronic chr22:39424842(+) A-I      intronic chr22:39424862(+) A-I      intronic chr22:39424868(+) A-I      intronic chr22:39425720(+) A-I      intronic chr22:39425683(+) A-I      intronic chr22:39425788(+) A-I      intronic chr22:39426985(+) A-I      intronic chr22:39426995(+) A-I      intronic chr22:39427073(+) A-I      intronic chr22:39427106(+) A-I      intronic chr22:39428673(+) A-I      3'UTR chr22:39428985(+) A-I      3'UTR chr22:39428907(+) A-I      3'UTR chr22:39428903(+) A-I      3'UTR chr22:39428698(+) A-I      3'UTR chr22:39429073(+) A-I      3'UTR chr22:39429070(+) A-I      3'UTR chr22:39429039(+) A-I      3'UTR chr22:39429107(+) A-I      3'UTR chr22:39429168(+) A-I      3'UTR chr22:39428680(+) A-I      3'UTR chr22:39428734(+) A-I      3'UTR chr22:39429047(+) A-I      3'UTR chr22:39429010(+) A-I      3'UTR chr22:39422801(+) A-I      intronic chr22:39427465(+) A-I      intronic chr22:39422860(+) A-I      intronic chr22:39427364(+) A-I      intronic chr22:39427028(+) A-I      intronic chr22:39422781(+) A-I      intronic chr22:39424763(+) A-I      intronic chr22:39424865(+) A-I      intronic chr22:39424753(+) A-I      intronic chr22:39427078(+) A-I      intronic chr22:39422874(+) A-I      intronic chr22:39422939(+) A-I      intronic chr22:39427428(+) A-I      intronic chr22:39429065(+) A-I      3'UTR chr22:39428829(+) A-I      3'UTR chr22:39429011(+) A-I      3'UTR chr22:39428679(+) A-I      3'UTR chr22:39428737(+) A-I      3'UTR chr22:39429072(+) A-I      3'UTR chr22:39428739(+) A-I      3'UTR chr22:39429063(+) A-I      3'UTR chr22:39417252(+) A-I      5'UTR chr22:39428655(+) A-I      3'UTR chr22:39429142(+) A-I      3'UTR chr22:39429150(+) A-I      3'UTR chr22:39428647(+) A-I      3'UTR chr22:39417242(+) A-I      5'UTR chr22:39429198(+) A-I      3'UTR chr22:39429101(+) A-I      3'UTR chr22:39429079(+) A-I      3'UTR chr22:39429111(+) A-I      3'UTR chr22:39428699(+) A-I      3'UTR chr22:39428727(+) A-I      3'UTR chr22:39422898(+) A-I      intronic chr22:39426980(+) A-I      intronic chr22:39422930(+) A-I      intronic chr22:39424628(+) A-I      intronic chr22:39425796(+) A-I      intronic chr22:39422861(+) A-I      intronic chr22:39424879(+) A-I      intronic chr22:39425703(+) A-I      intronic chr22:39424829(+) A-I      intronic chr22:39427034(+) A-I      intronic chr22:39427024(+) A-I      intronic chr22:39427050(+) A-I      intronic chr22:39424793(+) A-I      intronic chr22:39427454(+) A-I      intronic chr22:39424783(+) A-I      intronic chr22:39426923(+) A-I      intronic chr22:39422921(+) A-I      intronic chr22:39424819(+) A-I      intronic chr22:39422838(+) A-I      intronic chr22:39425760(+) A-I      intronic chr22:39426924(+) A-I      intronic chr22:39426904(+) A-I      intronic

Resource	Symbol	Editing Position	Change	SeqReg	exReg	PMID
DARNED	APOBEC3D	chr22:39428727(+) A-I exon 3'UTR    15258596   //22327324 chr22:39428737(+) A-I exon 3'UTR    15258596 chr22:39428739(+) A-I exon 3'UTR    15258596 chr22:39428854(+) A-I exon 3'UTR    15258596   //22327324 chr22:39422861(+) A-I intron -    22327324 chr22:39422883(+) A-I intron -    22327324 chr22:39424628(+) A-I intron -    22327324 chr22:39424819(+) A-I intron -    22327324 chr22:39424865(+) A-I intron -    22327324 chr22:39426868(+) A-I intron -    22327324 chr22:39426980(+) A-I intron -    22327324 chr22:39428716(+) A-I intron -    22327324 chr22:39429068(+) A-I intron -    21960545   //22327324 chr22:39429101(+) A-I intron -    22327324 chr22:39429125(+) A-I intron -    22327324 chr22:39429150(+) A-I intron -    22327324 chr22:39429166(+) A-I intron -    22327324 chr22:39428727(+) A-G intron -    21725310   //22484847 chr22:39428854(+) A-G intron -    21725310   //22484847 chr22:39422861(+) A-G intron -    22484847 chr22:39422882(+) A-T intron -    22484847 chr22:39422883(+) A-G intron -    22484847 chr22:39422896(+) A-G intron -    22484847 chr22:39422921(+) A-G intron -    22484847 chr22:39422930(+) A-G intron -    22484847 chr22:39422939(+) A-G intron -    22484847 chr22:39424628(+) A-G intron -    22484847 chr22:39424753(+) A-G intron -    22484847 chr22:39424763(+) A-G intron -    22484847 chr22:39424783(+) A-G intron -    22484847 chr22:39424793(+) A-G intron -    22484847 chr22:39424819(+) A-G intron -    22484847 chr22:39424865(+) A-G intron -    22484847 chr22:39424875(+) A-G intron -    22484847 chr22:39424879(+) A-G intron -    22484847 chr22:39425742(+) A-G intron -    22484847 chr22:39425760(+) A-G intron -    22484847 chr22:39425799(+) A-G intron -    22484847 chr22:39425825(+) A-G intron -    22484847 chr22:39425884(+) A-G intron -    22484847 chr22:39426980(+) A-G intron -    22484847 chr22:39427024(+) A-G intron -    22484847 chr22:39427028(+) A-G intron -    22484847 chr22:39427051(+) A-G intron -    22484847 chr22:39427078(+) A-G intron -    22484847 chr22:39427454(+) A-G intron -    22484847 chr22:39428716(+) A-G intron -    22484847 chr22:39429065(+) A-G intron -    22484847 chr22:39429068(+) A-G intron -    22484847 chr22:39429069(+) A-G intron -    22484847 chr22:39429079(+) A-G intron -    22484847 chr22:39429101(+) A-G intron -    22484847 chr22:39429125(+) A-G intron -    22484847 chr22:39429150(+) A-G intron -    22484847 chr22:39429166(+) A-G intron -    22484847

RNA Modification:

Resource	Symbol	ModificationPosition	Type	Genomic Context	PMID
RMBase	APOBEC3D	chr22:39411601-39411602(+) m6A intron       24284625//24209618//24981863//26404942//22575960//22608085 chr22:39411649-39411650(+) m6A intron       24284625//24981863//26404942//22575960//22608085 chr22:39414467-39414468(+) m6A intron       24284625 chr22:39414565-39414566(+) m6A intron       24284625//25456834//24981863 chr22:39414620-39414621(+) m6A intron       24284625//25456834//24981863 chr22:39414692-39414693(+) m6A intron       24284625//24981863 chr22:39414787-39414788(+) m6A intron       24981863 chr22:39414942-39414943(+) m6A intron       25456834//24981863 chr22:39414961-39414962(+) m6A intron       25456834//24981863 chr22:39414986-39414987(+) m6A intron       25456834//24981863 chr22:39415015-39415016(+) m6A intron       24981863 chr22:39415026-39415027(+) m6A intron       24981863 chr22:39415053-39415054(+) m6A intron       24981863 chr22:39415070-39415071(+) m6A intron       25456834//24981863 chr22:39415127-39415128(+) m6A intron       25456834//24981863//22608085 chr22:39415188-39415189(+) m6A intron       24284625//25456834//24981863//22608085 chr22:39415214-39415215(+) m6A intron       24284625//25456834//24981863//22608085 chr22:39415234-39415235(+) m6A intron       24284625//25456834//24981863//22608085 chr22:39415280-39415281(+) m6A intron       24284625//24981863//22608085 chr22:39415315-39415316(+) m6A intron       24284625//24981863//22608085 chr22:39415370-39415371(+) m6A intron       24981863 chr22:39429133-39429134(+) m6A 3'UTR       25456834 chr22:39429167-39429168(+) m6A 3'UTR       25456834 chr22:39429186-39429187(+) m6A 3'UTR       25456834 chr22:39429211-39429212(+) m6A 3'UTR       25456834

RNA Localization:

Resource	Symbol	Subcellular Localization	Tissue or Cell Line	PMID
RNALocate	hsa-miR-3614-5p	Exosome Plasma     23663360 Exosome Breast milk|Cell lines|Epididymal epithelial cells|Osteoblast|Plasma|Primary glioblastoma neurosphere cells|Primary keratinocyte|Saliva|Serum|Urine     - Microvesicle Fibroblasts|Mesenchymal stem cells     -
	APOBEC3D	Chromatin K562 cells     - Cytoplasm Nasopharyngeal carcinoma cells     20498841 Exosome Blood     - Nucleus Nasopharyngeal carcinoma cells     20498841

Interaction Network (The top 100 interactions):

Interactor1: hsa-miR-3614-5p
Interactor2: APOBEC3D

Evidence Support:

Weak-Evidence	RNA-Seq
Prediction-Evidence	miRDB//miRTarBase//miRWalk//Targetscan
Support Database	ViRBase

References:

PMID	32232013	Target region	None
Source	ViRBase	Interactor1 expression	None
Tissue or cell line	HUVEC cells	Interactor2 expression	Upregulation
Description	Then we predicted 320 target genes of these 16 DE miRNAs and constructed a miRNA-mRNA interaction network (Figure 5B, Table S5).