Detail Information

Basic Information:


  VIRBase ID:  

HHID00025902

  Virus:  

Hantaan orthohantavirus (Hantaan virus 76-118)

  Host:  

Homo sapiens

  Confidence Score:  

0.6040

  Interaction Type:  

Host-Host interaction

  Predicted Binding:

 

      hsa-miR-3182:           APOL1:      

      *It may take a few minutes to display results.

Interactor Information:


Interactor1 Interactor2
Symbol hsa-miR-3182 APOL1
miRBase
Accession/Entrez ID		 MIMAT0015062 8542
Organism Homo sapiens Homo sapiens
Category miRNA mRNA
Alias - APO-L//APOL//APOL-I//FSGS4

ncRNA SNP information:


Resource Symbol SNP ID SNP Position Ref/Alt
miRNASNP-v3 hsa-miR-3182
rs1367036983 chr16:83508358    G/A
rs564683390 chr16:83508360    G/A
rs923654044 chr16:83508365    C/T

RNA Editing:


Resource Symbol Editing Position Change Genetic Region
RADAR APOL1
chr22:36662289(+) A-I      3'UTR
chr22:36662292(+) A-I      3'UTR
chr22:36656390(+) A-I      intronic
chr22:36656366(+) A-I      intronic
chr22:36662941(+) A-I      3'UTR
chr22:36662916(+) A-I      3'UTR
chr22:36662905(+) A-I      3'UTR
chr22:36662853(+) A-I      3'UTR
chr22:36662349(+) A-I      3'UTR
chr22:36662322(+) A-I      3'UTR
chr22:36662812(+) A-I      3'UTR
chr22:36662262(+) A-I      3'UTR
chr22:36662796(+) A-I      3'UTR
chr22:36662211(+) A-I      3'UTR
chr22:36662201(+) A-I      3'UTR
chr22:36662187(+) A-I      3'UTR
chr22:36662157(+) A-I      3'UTR
chr22:36662705(+) A-I      3'UTR
chr22:36662792(+) A-I      3'UTR
chr22:36662791(+) A-I      3'UTR
chr22:36662766(+) A-I      3'UTR
chr22:36662751(+) A-I      3'UTR
chr22:36662745(+) A-I      3'UTR
chr22:36662358(+) A-I      3'UTR
chr22:36662836(+) A-I      3'UTR
chr22:36662411(+) A-I      3'UTR
chr22:36662732(+) A-I      3'UTR
chr22:36662955(+) A-I      3'UTR
chr22:36662764(+) A-I      3'UTR
chr22:36662278(+) A-I      3'UTR
chr22:36662303(+) A-I      3'UTR
chr22:36662871(+) A-I      3'UTR
chr22:36662697(+) A-I      3'UTR
chr22:36662754(+) A-I      3'UTR
chr22:36662790(+) A-I      3'UTR
chr22:36662800(+) A-I      3'UTR
chr22:36662921(+) A-I      3'UTR
chr22:36662772(+) A-I      3'UTR
chr22:36662935(+) A-I      3'UTR
chr22:36662857(+) A-I      3'UTR
chr22:36662903(+) A-I      3'UTR
chr22:36662862(+) A-I      3'UTR
chr22:36662743(+) A-I      3'UTR
chr22:36662911(+) A-I      3'UTR
chr22:36662892(+) A-I      3'UTR
chr22:36662740(+) A-I      3'UTR
chr22:36662798(+) A-I      3'UTR
chr22:36662217(+) A-I      3'UTR
chr22:36662346(+) A-I      3'UTR
chr22:36662773(+) A-I      3'UTR
chr22:36662396(+) A-I      3'UTR
chr22:36662804(+) A-I      3'UTR
chr22:36662799(+) A-I      3'UTR
chr22:36662263(+) A-I      3'UTR
chr22:36662879(+) A-I      3'UTR
chr22:36662830(+) A-I      3'UTR
chr22:36662840(+) A-I      3'UTR
chr22:36662181(+) A-I      3'UTR
chr22:36662713(+) A-I      3'UTR
chr22:36662946(+) A-I      3'UTR
chr22:36662311(+) A-I      3'UTR
chr22:36662192(+) A-I      3'UTR
chr22:36662241(+) A-I      3'UTR
chr22:36662418(+) A-I      3'UTR
chr22:36662788(+) A-I      3'UTR
chr22:36662735(+) A-I      3'UTR
chr22:36662395(+) A-I      3'UTR
chr22:36662366(+) A-I      3'UTR
chr22:36662374(+) A-I      3'UTR
chr22:36662872(+) A-I      3'UTR
chr22:36662334(+) A-I      3'UTR
chr22:36662801(+) A-I      3'UTR
chr22:36662206(+) A-I      3'UTR
chr22:36662789(+) A-I      3'UTR
chr22:36662320(+) A-I      3'UTR
chr22:36662317(+) A-I      3'UTR
chr22:36662237(+) A-I      3'UTR
chr22:36660958(+) A-I      intronic
Resource Symbol Editing Position Change SeqReg exReg PMID
DARNED APOL1
chr22:36662696(+) A-I exon 3'UTR    15258596   //16100382   //22028664
chr22:36662697(+) A-I exon 3'UTR    15258596   //22028664   //22327324
chr22:36662735(+) A-I exon 3'UTR    15258596   //22028664
chr22:36662740(+) A-I exon 3'UTR    15258596   //22028664   //22327324
chr22:36662768(+) A-I exon 3'UTR    15258596   //22028664
chr22:36662788(+) A-I exon 3'UTR    15258596   //22028664
chr22:36662161(+) A-I intron -    22327324
chr22:36662181(+) A-I intron -    22327324
chr22:36662193(+) A-I intron -    22327324
chr22:36662266(+) A-I intron -    22327324
chr22:36662276(+) A-I intron -    22327324
chr22:36662298(+) A-I intron -    22327324
chr22:36662317(+) A-I intron -    22327324
chr22:36662318(+) A-I intron -    22327324
chr22:36662366(+) A-I intron -    22327324
chr22:36662374(+) A-I intron -    22327324
chr22:36662382(+) A-I intron -    22327324
chr22:36662396(+) A-I intron -    22327324
chr22:36662397(+) A-I intron -    22327324
chr22:36662409(+) A-I intron -    22327324
chr22:36662797(+) A-I intron -    22028664   //22327324
chr22:36662804(+) A-I intron -    22028664   //22327324
chr22:36662719(+) A-I intron -    22028664
chr22:36662743(+) A-I intron -    22028664
chr22:36662754(+) A-I intron -    22028664
chr22:36662764(+) A-I intron -    22028664
chr22:36662772(+) A-I intron -    22028664
chr22:36662774(+) A-I intron -    22028664
chr22:36662789(+) A-I intron -    22028664
chr22:36662790(+) A-I intron -    22028664
chr22:36662794(+) A-I intron -    22028664
chr22:36662798(+) A-I intron -    22028664
chr22:36662830(+) A-I intron -    22028664   //21960545
chr22:36662840(+) A-I intron -    22028664
chr22:36662857(+) A-I intron -    22028664
chr22:36662862(+) A-I intron -    22028664
chr22:36662863(+) A-I intron -    22028664
chr22:36662871(+) A-I intron -    22028664   //21960545
chr22:36662872(+) A-I intron -    22028664   //21960545
chr22:36662892(+) A-I intron -    22028664
chr22:36662901(+) A-I intron -    22028664
chr22:36662911(+) A-I intron -    22028664
chr22:36662921(+) A-I intron -    22028664
chr22:36662935(+) A-I intron -    22028664
chr22:36662397(+) A-G intron -    21725310   //22484847
chr22:36662161(+) A-G intron -    22484847
chr22:36662181(+) A-G intron -    22484847
chr22:36662193(+) A-G intron -    22484847
chr22:36662206(+) A-G intron -    22484847
chr22:36662217(+) A-G intron -    22484847
chr22:36662236(+) A-G intron -    22484847
chr22:36662237(+) A-G intron -    22484847
chr22:36662263(+) A-G intron -    22484847
chr22:36662266(+) A-G intron -    22484847
chr22:36662276(+) A-G intron -    22484847
chr22:36662278(+) A-G intron -    22484847
chr22:36662298(+) A-G intron -    22484847
chr22:36662302(+) A-G intron -    22484847
chr22:36662311(+) A-G intron -    22484847
chr22:36662317(+) A-G intron -    22484847
chr22:36662318(+) A-G intron -    22484847
chr22:36662334(+) A-G intron -    22484847
chr22:36662337(+) A-G intron -    22484847
chr22:36662346(+) A-G intron -    22484847
chr22:36662366(+) A-G intron -    22484847
chr22:36662374(+) A-G intron -    22484847
chr22:36662382(+) A-G intron -    22484847
chr22:36662396(+) A-G intron -    22484847
chr22:36662409(+) A-G intron -    22484847
chr22:36662418(+) A-G intron -    22484847
chr22:36662696(+) A-G intron -    22484847
chr22:36662697(+) A-G intron -    22484847
chr22:36662702(+) A-G intron -    22484847
chr22:36662719(+) A-G intron -    22484847
chr22:36662740(+) A-G intron -    22484847
chr22:36662774(+) A-G intron -    22484847
chr22:36662788(+) A-G intron -    22484847
chr22:36662797(+) A-G intron -    22484847
chr22:36662800(+) A-G intron -    22484847
chr22:36662801(+) A-G intron -    22484847
chr22:36662804(+) A-G intron -    22484847
chr22:36662830(+) A-G intron -    22484847
chr22:36662840(+) A-G intron -    22484847
chr22:36662841(+) A-G intron -    22484847
chr22:36662863(+) A-G intron -    22484847
chr22:36662871(+) A-G intron -    22484847
chr22:36662872(+) A-G intron -    22484847
chr22:36662879(+) A-G intron -    22484847
chr22:36662901(+) A-G intron -    22484847
chr22:36662903(+) A-G intron -    22484847
chr22:36662933(+) A-G intron -    22484847
chr22:36662946(+) A-G intron -    22484847
chr22:36662950(+) C-A intron -    22484847
chr22:36662952(+) A-G intron -    22484847
chr22:36662957(+) A-G intron -    22484847

RNA Modification:


Resource Symbol ModificationPosition Type Genomic Context PMID
RMBase APOL1
chr22:36649158-36649159(+) m6A 5'UTR       24981863
chr22:36649166-36649167(+) m6A 5'UTR       24981863
chr22:36649222-36649223(+) m6A 5'UTR//exon       24981863
chr22:36649906-36649907(+) m6A 5'UTR//exon//intron       24981863
chr22:36649945-36649946(+) m6A 5'UTR//exon//intron       24981863
chr22:36657759-36657760(+) m6A CDS       24209618//24981863
chr22:36661228-36661229(+) m6A CDS       24209618//24981863
chr22:36661241-36661242(+) m6A CDS       24209618//24981863
chr22:36661258-36661259(+) m6A CDS       24209618//24981863
chr22:36661264-36661265(+) m6A CDS       24209618//24981863
chr22:36661294-36661295(+) m6A CDS       24209618//24981863
chr22:36661508-36661509(+) m6A CDS       24209618//24981863//22575960
chr22:36661567-36661568(+) m6A CDS       24209618//24981863//27773535//22575960
chr22:36661587-36661588(+) m6A CDS       24209618//24981863//27773535//22575960
chr22:36661663-36661664(+) m6A CDS       24209618//24981863//22575960
chr22:36661726-36661727(+) m6A CDS       24209618//24981863//22575960
chr22:36661829-36661830(+) m6A CDS       24209618//24981863
chr22:36661850-36661851(+) m6A CDS       24209618//24981863
chr22:36661980-36661981(+) m6A CDS       24209618//24981863//22575960
chr22:36662029-36662030(+) m6A CDS       24209618//24981863//22575960
chr22:36662065-36662066(+) m6A CDS       24209618//24981863//22575960
chr22:36662072-36662073(+) m6A CDS       24209618//24981863//22575960
chr22:36662128-36662129(+) m6A 3'UTR       24209618//24981863//22575960
chr22:36662139-36662140(+) m6A 3'UTR       24209618//24981863//22575960
chr22:36662158-36662159(+) m6A 3'UTR//intron       24209618//24981863
chr22:36662272-36662273(+) m6A 3'UTR//intron       24209618
chr22:36662443-36662444(+) m6A 3'UTR//intron       24209618
chr22:36662487-36662488(+) m6A 3'UTR//intron       24209618//24981863
chr22:36662501-36662502(+) m6A 3'UTR//intron       24209618//24981863
chr22:36662577-36662578(+) m6A 3'UTR//intron       24209618//24981863
chr22:36662609-36662610(+) m6A 3'UTR//intron       24209618//24981863
chr22:36662650-36662651(+) m6A 3'UTR//intron       24209618//24981863
chr22:36662750-36662751(+) m6A 3'UTR//intron       24209618
chr22:36662773-36662774(+) m6A 3'UTR//intron       24209618
chr22:36662871-36662872(+) m6A 3'UTR//intron       24209618
chr22:36662940-36662941(+) m6A 3'UTR       24209618//24981863
chr22:36663006-36663007(+) m6A 3'UTR       24209618//24981863//27773535
chr22:36663067-36663068(+) m6A 3'UTR       24209618//24981863//27773535
chr22:36663089-36663090(+) m6A 3'UTR       24209618//24981863//27773535
chr22:36663107-36663108(+) m6A 3'UTR       24209618//24981863
chr22:36663312-36663313(+) m6A 3'UTR       24981863
chr22:36663376-36663377(+) m6A 3'UTR       24981863
chr22:36663382-36663383(+) m6A 3'UTR       24981863
chr22:36663404-36663405(+) m6A 3'UTR       24981863
chr22:36663418-36663419(+) m6A 3'UTR       24981863
chr22:36663448-36663449(+) m6A 3'UTR       -

RNA Localization:


Resource Symbol Subcellular Localization Tissue or Cell Line PMID
RNALocate hsa-miR-3182
Exosome Breast milk|Cell lines|Epididymal epithelial cells|Osteoblast|Plasma|Primary glioblastoma neurosphere cells|Primary keratinocyte|Saliva|Serum|Urine     -
Microvesicle Cell lines(GBM46|GBM8|HaCaT|K562|MCF-10A|MCF-7|MGG75)|Plasma|Primary glioblastoma neurosphere cells|Primary keratinocytes     -
APOL1
Chromatin K562 cells     -
Cytoplasm Nasopharyngeal carcinoma cells     20498841
Cytoplasm Nasopharyngeal carcinoma cells     20498841
Exosome Blood     -
Nucleus Nasopharyngeal carcinoma cells     20498841
Nucleus Nasopharyngeal carcinoma cells     20498841
Nucleus HCC cell line (HepG2)     -

Interaction Network (The top 100 interactions):


Interactor1: hsa-miR-3182
Interactor2: APOL1

Evidence Support:


Weak-Evidence RNA-Seq
Prediction-Evidence miRDB//miRTarBase//miRWalk//Targetscan
Support Database ViRBase

References:


PMID 32232013 Target region None
Source ViRBase Interactor1 expression None
Tissue or cell line HUVEC cells Interactor2 expression Upregulation
Description Then we predicted 320 target genes of these 16 DE miRNAs and constructed a miRNA-mRNA interaction network (Figure 5B, Table S5).

Starting a new search, please wait ...