Basic Information:

  VIRBase ID:  

HHID00007874

  Virus:  

Zaire ebolavirus (ZEBOV)

  Host:  

Homo sapiens

  Confidence Score:  

0.5711

  Interaction Type:  

Host-Host interaction

  Predicted Binding:

 

      hsa-miR-19b-2-5p:  MIMAT0004492          PI4K2B:  NR_144633     

      *It may take a few minutes to display results.

Interactor Information:

	Interactor1	Interactor2
Symbol	hsa-miR-19b-2-5p	PI4K2B
miRBase Accession/Entrez ID	MIMAT0004492	55300
Organism	Homo sapiens	Homo sapiens
Category	miRNA	mRNA
Alias	-	PI4KIIB//PIK42B

ncRNA SNP information:

Resource	Symbol	SNP ID	SNP Position	Ref/Alt
miRNASNP-v3	hsa-miR-19b-2-5p	rs193073651 chrX:134169728    G/A rs749008511 chrX:134169737    A/C rs755951722 chrX:134169731    A/G rs779795647 chrX:134169732    T/C rs747654746 chrX:134169746    A/G rs754566533 chrX:134169743    A/G rs778397250 chrX:134169744    A/G

RNA Editing:

Resource	Symbol	Editing Position	Change	Genetic Region
RADAR	PI4K2B	chr4:25273530(+) A-I      intronic chr4:25276688(+) A-I      intronic chr4:25276661(+) A-I      intronic chr4:25271049(+) A-I      intronic chr4:25277523(+) A-I      intronic chr4:25277471(+) A-I      intronic chr4:25277470(+) A-I      intronic chr4:25277464(+) A-I      intronic chr4:25274442(+) A-I      intronic chr4:25271590(+) A-I      intronic chr4:25239262(+) A-I      intronic chr4:25253501(+) A-I      intronic chr4:25257731(+) A-I      intronic chr4:25257732(+) A-I      intronic chr4:25257769(+) A-I      intronic chr4:25262513(+) A-I      intronic chr4:25267906(+) A-I      intronic chr4:25269137(+) A-I      intronic chr4:25277039(+) A-I      intronic chr4:25271081(+) A-I      intronic chr4:25271083(+) A-I      intronic chr4:25271088(+) A-I      intronic chr4:25271094(+) A-I      intronic chr4:25271109(+) A-I      intronic chr4:25271110(+) A-I      intronic chr4:25271134(+) A-I      intronic chr4:25271141(+) A-I      intronic chr4:25271150(+) A-I      intronic chr4:25271181(+) A-I      intronic chr4:25271429(+) A-I      intronic chr4:25271453(+) A-I      intronic chr4:25271477(+) A-I      intronic chr4:25271520(+) A-I      intronic chr4:25272011(+) A-I      intronic chr4:25272023(+) A-I      intronic chr4:25272032(+) A-I      intronic chr4:25272037(+) A-I      intronic chr4:25272047(+) A-I      intronic chr4:25272085(+) A-I      intronic chr4:25272097(+) A-I      intronic chr4:25272170(+) A-I      intronic chr4:25272179(+) A-I      intronic chr4:25273737(+) A-I      intronic chr4:25274233(+) A-I      intronic chr4:25277031(+) A-I      intronic chr4:25267875(+) A-I      intronic chr4:25267914(+) A-I      intronic chr4:25274448(+) A-I      intronic chr4:25274440(+) A-I      intronic chr4:25267928(+) A-I      intronic chr4:25277047(+) A-I      intronic chr4:25271599(+) A-I      intronic chr4:25274345(+) A-I      intronic chr4:25273510(+) A-I      intronic chr4:25273515(+) A-I      intronic chr4:25273524(+) A-I      intronic chr4:25276473(+) A-I      intronic chr4:25267876(+) A-I      intronic chr4:25276660(+) A-I      intronic chr4:25272068(+) A-I      intronic chr4:25272107(+) A-I      intronic chr4:25239389(+) A-I      intronic chr4:25267859(+) A-I      intronic chr4:25267892(+) A-I      intronic chr4:25266696(+) A-I      intronic chr4:25271003(+) A-I      intronic chr4:25266400(+) A-I      intronic chr4:25273717(+) A-I      intronic chr4:25239379(+) A-I      intronic chr4:25277057(+) A-I      intronic chr4:25253575(+) A-I      intronic chr4:25239053(+) A-I      intronic chr4:25269056(+) A-I      intronic chr4:25271073(+) A-I      intronic chr4:25267893(+) A-I      intronic chr4:25271106(+) A-I      intronic chr4:25267848(+) A-I      intronic chr4:25272153(+) A-I      intronic chr4:25271991(+) A-I      intronic chr4:25276584(+) A-I      intronic chr4:25273555(+) A-I      intronic chr4:25269089(+) A-I      intronic chr4:25277207(+) A-I      intronic chr4:25267918(+) A-I      intronic chr4:25269605(+) A-I      intronic chr4:25273540(+) A-I      intronic chr4:25272134(+) A-I      intronic chr4:25274208(+) A-I      intronic chr4:25277448(+) A-I      intronic chr4:25269116(+) A-I      intronic chr4:25271987(+) A-I      intronic chr4:25276518(+) A-I      intronic chr4:25273755(+) A-I      intronic chr4:25269587(+) A-I      intronic chr4:25271465(+) A-I      intronic chr4:25276498(+) A-I      intronic chr4:25271600(+) A-I      intronic chr4:25274427(+) A-I      intronic chr4:25273644(+) A-I      intronic chr4:25273488(+) A-I      intronic chr4:25269126(+) A-I      intronic chr4:25267889(+) A-I      intronic chr4:25253701(+) A-I      intronic chr4:25274209(+) A-I      intronic chr4:25276559(+) A-I      intronic chr4:25274215(+) A-I      intronic chr4:25272236(+) A-I      intronic chr4:25277076(+) A-I      intronic chr4:25239114(+) A-I      intronic chr4:25267833(+) A-I      intronic chr4:25276497(+) A-I      intronic chr4:25271182(+) A-I      intronic chr4:25277071(+) A-I      intronic chr4:25266706(+) A-I      intronic chr4:25272144(+) A-I      intronic chr4:25271257(+) A-I      intronic chr4:25273670(+) A-I      intronic chr4:25277484(+) A-I      intronic chr4:25272024(+) A-I      intronic chr4:25277084(+) A-I      intronic chr4:25277103(+) A-I      intronic chr4:25276443(+) A-I      intronic chr4:25266408(+) A-I      intronic chr4:25263950(+) A-I      intronic chr4:25271512(+) A-I      intronic chr4:25276511(+) A-I      intronic chr4:25270987(+) A-I      intronic chr4:25239097(+) A-I      intronic chr4:25273679(+) A-I      intronic chr4:25239122(+) A-I      intronic chr4:25266372(+) A-I      intronic chr4:25272048(+) A-I      intronic chr4:25277543(+) A-I      intronic chr4:25267877(+) A-I      intronic chr4:25239393(+) A-I      intronic chr4:25277497(+) A-I      intronic chr4:25276469(+) A-I      intronic chr4:25267888(+) A-I      intronic

Resource	Symbol	Editing Position	Change	SeqReg	exReg	PMID
DARNED	PI4K2B	chr4:25272236(+) A-I intron -    22327324 chr4:25276469(+) A-I intron -    22327324 chr4:25276547(+) A-I intron -    22327324 chr4:25239053(+) A-G intron -    22484847 chr4:25239114(+) A-G intron -    22484847 chr4:25239122(+) A-G intron -    22484847 chr4:25239393(+) A-G intron -    22484847 chr4:25253701(+) A-G intron -    22484847 chr4:25266696(+) A-G intron -    22484847 chr4:25266697(+) A-G intron -    22484847 chr4:25267848(+) A-G intron -    22484847 chr4:25267859(+) A-G intron -    22484847 chr4:25267876(+) A-G intron -    22484847 chr4:25267877(+) A-G intron -    22484847 chr4:25267888(+) A-G intron -    22484847 chr4:25267892(+) A-G intron -    22484847 chr4:25269056(+) A-G intron -    22484847 chr4:25270987(+) A-G intron -    22484847 chr4:25271003(+) A-G intron -    22484847 chr4:25271009(+) A-G intron -    22484847 chr4:25271072(+) A-G intron -    22484847 chr4:25271073(+) A-G intron -    22484847 chr4:25271106(+) A-G intron -    22484847 chr4:25271140(+) A-G intron -    22484847 chr4:25271167(+) A-G intron -    22484847 chr4:25271182(+) A-G intron -    22484847 chr4:25271216(+) A-G intron -    22484847 chr4:25271246(+) A-G intron -    22484847 chr4:25271359(+) A-G intron -    22484847 chr4:25271465(+) A-G intron -    22484847 chr4:25271475(+) A-G intron -    22484847 chr4:25271512(+) A-G intron -    22484847 chr4:25271545(+) A-G intron -    22484847 chr4:25271600(+) A-G intron -    22484847 chr4:25271987(+) A-G intron -    22484847 chr4:25271991(+) A-G intron -    22484847 chr4:25272024(+) A-G intron -    22484847 chr4:25272061(+) A-G intron -    22484847 chr4:25272067(+) A-G intron -    22484847 chr4:25272068(+) A-G intron -    22484847 chr4:25272107(+) A-G intron -    22484847 chr4:25272144(+) A-G intron -    22484847 chr4:25272167(+) A-G intron -    22484847 chr4:25272236(+) A-G intron -    22484847 chr4:25273488(+) A-G intron -    22484847 chr4:25274174(+) A-G intron -    22484847 chr4:25274208(+) A-G intron -    22484847 chr4:25276441(+) A-G intron -    22484847 chr4:25276443(+) A-G intron -    22484847 chr4:25276457(+) A-G intron -    22484847 chr4:25276469(+) A-G intron -    22484847 chr4:25276473(+) A-G intron -    22484847 chr4:25276497(+) A-G intron -    22484847 chr4:25276498(+) A-G intron -    22484847 chr4:25276511(+) A-G intron -    22484847 chr4:25276517(+) A-G intron -    22484847 chr4:25276518(+) A-G intron -    22484847 chr4:25276547(+) A-G intron -    22484847 chr4:25276557(+) A-G intron -    22484847 chr4:25276559(+) A-G intron -    22484847 chr4:25276646(+) A-G intron -    22484847 chr4:25276660(+) A-G intron -    22484847 chr4:25277030(+) A-G intron -    22484847 chr4:25277057(+) A-G intron -    22484847 chr4:25277084(+) A-G intron -    22484847 chr4:25277207(+) A-G intron -    22484847 chr4:25277448(+) A-G intron -    22484847 chr4:25277497(+) A-G intron -    22484847 chr4:25277543(+) A-G intron -    22484847

RNA Modification:

Resource	Symbol	ModificationPosition	Type	Genomic Context	PMID
RMBase	PI4K2B	chr4:25252184-25252185(+) Gm intron       16381836 chr4:25252190-25252191(+) Gm intron       16381836 chr4:25252199-25252200(+) Y intron       16381836 chr4:25279782-25279783(+) m6A 3'UTR       - chr4:25280222-25280223(+) m6A 3'UTR       24981863//22608085 chr4:25280298-25280299(+) m6A 3'UTR       24981863//22608085 chr4:25280304-25280305(+) m6A 3'UTR       24981863//22608085 chr4:25280324-25280325(+) m6A 3'UTR       24981863//22608085 chr4:25280603-25280604(+) m6A 3'UTR       27773535 chr4:25280613-25280614(+) m6A 3'UTR       27773535

RNA Localization:

Resource	Symbol	Subcellular Localization	Tissue or Cell Line	PMID
RNALocate	hsa-miR-19b-2-5p	Exosome Breast milk|Cell lines|Epididymal epithelial cells|Osteoblast|Plasma|Primary glioblastoma neurosphere cells|Primary keratinocyte|Saliva|Serum|Urine     - Microvesicle Cell lines(GBM46|GBM8|HaCaT|K562|MCF-10A|MCF-7|MGG75)|Plasma|Primary glioblastoma neurosphere cells|Primary keratinocytes     -
	PI4K2B	Chromatin K562 cells     - Exosome Blood     - Nucleolus K562 cells     - Nucleoplasm K562 cells     - Nucleus HCC cell line (HepG2)     - Ribosome Colon cancer cells     24393600

Interaction Network (The top 100 interactions):

Interactor1: hsa-miR-19b-2-5p
Interactor2: PI4K2B

Evidence Support:

Weak-Evidence	RNA-Seq
Prediction-Evidence	Targetscan
Support Database	ViRBase

References:

PMID	31570108	Target region	None
Source	ViRBase	Interactor1 expression	None
Tissue or cell line	ARPE-19 human RPE cells	Interactor2 expression	None
Description	Table 1 List of miRNAs that were differentially expressed between EBOV- and mock-infected human RPE cells at 24 h post-infection.Putative target genes in EBOV-infected human RPE cells were predicted from the 15 highly differentially expressed miRNAs using algorithms: 2629 targets by Diana microT; 1799 targets by miRDB; and 14315 targets by TargetScan (Additional file 5).